Interazione cromatina basata in Hi-C
Funzioni di serviziu
● Sequencing nantu à Illumina NovaSeq cù PE150.
● U serviziu richiede campioni di tissuti, invece di l'acidi nucleici estratti, per cross-link cù formaldehyde è cunservà l'interazzione DNA-proteina.
● L'esperimentu Hi-C implica a ristrizzione è a fine di a riparazione di l'estremità appiccicosa cù biotina, seguita da a circularizazione di l'estremità smussata resultanti mentre priservà l'interazzione. L'ADN hè allora tiratu cù perle di streptavidina è purificatu per a preparazione di a biblioteca successiva.
Vantaghji di serviziu
●Disegnu di l'enzimi di restrizzione ottimali: per assicurà una alta efficienza Hi-C nantu à e diverse spezie cù sin'à 93% coppie d'interazzione valide.
●Ampia Competenza è Publicazioni Records:BMKGene hà una vasta sperienza cù> 2000 prughjetti di sequenza Hi-C da 800 spezie diverse è diverse patenti. Più di 100 casi publicati cù un fattore di impattu cumulativu di più di 900.
●Squadra di Bioinformatica altamente qualificata:cù brevetti interni è copyright di software per esperimenti Hi-C è analisi di dati è un software di dati di visualizazione auto-sviluppatu.
●Assistenza post-vendita:U nostru impegnu si estende oltre u cumpletu di u prughjettu cù un periodu di serviziu dopu a vendita di 3 mesi. Duranti stu tempu, offremu seguitu di u prughjettu, assistenza per a risoluzione di prublemi, è sessioni di Q&A per affruntà tutte e dumande relative à i risultati.
●Annotation Comprehensive: usemu parechje basa di dati per annotà funziunalmente i geni cù variazioni identificate è eseguite l'analisi di arricchimentu currispundenti, furnisce insights nantu à parechji prughjetti di ricerca.
Specificazioni di serviziu
| Biblioteca | Strategia di sequenza | Risultato di dati cunsigliatu | Risoluzione di u Segnu Hi-C |
| Biblioteca Hi-C | Illumina PE150 | Ciclo di cromatina: 150x TAD: 50x | Loop di cromatina: 10 Kb TAD: 40 Kb |
Requisiti di serviziu
| Tipu di mostra | Quantità necessaria |
| Tissu animali | ≥ 2 g |
| Sangue sanu | ≥ 2 ml |
| Fungi | ≥ 1 g |
| Pianta - tissutu ghjovanu | 1 g/aliquota, 2-4 aliquotes consigliate |
| Cellule in coltura | ≥1x107 |
Include l'analisi seguente:
● Raw data QC;
● Mapping and Hi-C library QC: coppie d'interazzione valide è Esponenti di Decay d'Interaction (IDE);
● Profiling Interaction Genome-wide: analisi cis / trans è mappa di interazzione Hi-C;
● Analisi di a distribuzione di u compartimentu A / B;
● Identificazione di TAD è cicli di cromatina;
● Analisi differenziale nantu à l'elementi di struttura di cromatina 3D trà i campioni è l'annotazione funziunale currispondente di i geni assuciati.
Distribuzione di proporzioni cis è trans
Heatmap di l'interazzioni cromosomi trà i campioni
Distribuzione genomica di i compartimenti A / B
Distribuzione di i cicli di cromatina in u genoma
Visualizazione di i TAD
Esplora l'avanzamenti di ricerca facilitati da i servizii di sequenza Hi-C di BMKGene attraversu una cullizzioni curata di publicazioni.
Meng, T. et al. (2021) "Una analisi multi-omica integrata comparativa identifica CA2 cum'è un scopu novu per u cordoma".Neuro-oncologia, 23 (10), pp 1709-1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) "A disurganizazione 3D è u riarrangiamentu di u genoma furnisce una visione di a patogenesi di NAFLD da Hi-C integrata, Nanopore, è sequencing RNA".Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), pp. 3150-3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
