Analisi di l'Associazione Genome-wide
U flussu di travagliu
Vantaghji di serviziu
●Ampia Competenza è registri di pubblicazione: cù l'esperienza accumulata in GWAS, BMKGene hà cumpletu centinaie di prughjetti di spezie in a ricerca di a pupulazione GWAS, hà assistitu i ricercatori à publicà più di 100 articuli, è u fattore di impattu cumulativu hà righjuntu 500.
● Analisi bioinformatica cumpleta: u flussu di travagliu include l'analisi di l'associazione SNP-trait, chì furnisce un inseme di geni candidati è a so annotazione funzionale currispondente.
●Squadra di bioinformatica altamente qualificata è ciclu di analisi brevi: cù una grande sperienza in l'analisi di genomica avanzata, a squadra di BMKGene furnisce analisi cumplete cù un tempu di turnaround rapidu.
●Assistenza post-vendita:U nostru impegnu si estende oltre u cumpletu di u prughjettu cù un periodu di serviziu dopu a vendita di 3 mesi. Duranti stu tempu, offremu seguitu di u prughjettu, assistenza per a risoluzione di prublemi, è sessioni di Q&A per affruntà tutte e dumande relative à i risultati.
Specificazioni di serviziu è esigenze
| Tipu di sequenza | Scala di pupulazione cunsigliata | Strategia di sequenza | Esigenze di nucleotidi |
| Sequenza di u genoma tutale | 200 campioni | 10x | Concentrazione: ≥ 1 ng/µL Quantità tutale ≥ 30 ng Limitata o nulla degradazione o contaminazione |
| Fragmentu amplificatu di locu specificu (SLAF) | Profundità di l'etichetta: 10x Numaru di tag: < 400 Mb: WGS hè cunsigliatu < 1 Gb: 100K tags 1 Gb > 2Gb: 300K tags Max 500.000 etichette | Concentrazione ≥ 5 ng/µL Cantu tutale ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5 Gel d'agarose: nulla o limitata degradazione o contaminazione
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Selezzione di materiale
Diversi variità, sottospecie, razze di terra / genebanks / famiglie miste / risorse salvatichi
Diversi variità, sottospecie, razze di terra
Famiglia mezza fratellanza / famiglia piena di frati / risorse salvatichi
Flussu di travagliu di serviziu
Prughjettu di cuncepimentu
Consegna di mostra
estrazione di RNA
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
Include l'analisi seguente:
- Analisi di l'associazione di u genoma: mudellu LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Annotazione funzionale di geni candidati
Analisi di l'associazione SNP-trait - Trama di Manhattan
Analisi di l'associazione SNP-trait - trama QQ
Esplora i progressi facilitati da i servizii de GWAS di BMKGene attraversu una cullizzioni curata di publicazioni:
Lv, L. et al. (2023) "Insight in a basa genetica di a tolleranza à l'ammoniaca in Razor clam Sinonovacula constricta da u studiu di l'associazione genome-wide".Aquaculture, 569, p. 739351. doi : 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) "L'analisi multi-omiche di 398 accessioni di migliu di coda di volpe revelanu regioni genomiche assuciate cù a domesticazione, i tratti metaboliti è l'effetti antiinflamatori".Pianta Molecular, 15 (8), pp. 1367-1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) "Cartografia di l'Associazione Genome-Wide di Fenotipi Appena Hulless in Ambiente di Siccità",Frontiere in a scienza vegetale, 13, p. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) "GmST1, chì codifica una sulfotransferase, cunferisce resistenza à i ceppi di virus di mosaicu di soia G2 è G3".Pianta, Cella è Ambiente, 44 (8), pp. 2777-2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
