Assemblea de novo di u genoma fungicu
BMKGENE offre soluzioni versatili per i genomi fungi, rispondendo a diverse esigenze di ricerca e completezza desiderata del genoma. L'usu di a sequenza di Illumina di lettura corta permette solu a generazione di un genoma di draft. Lecture brevi è sequenza di lettura longa cù Nanopore o Pacbio sò cumminati per un genoma fungicu più raffinatu cù contigs più longu. Inoltre, l'integrazione di a sequenza Hi-C aumenta ancu e capacità, chì permette di ottene un genoma cumpletu à livellu di cromosomi.
Funzioni di serviziu
Cù trè opzioni pussibuli per sceglie secondu u gradu desideratu di cumpletezza di u genoma:
● Draft Genome Option: Sequenza di lettura corta cù Illumina NovaSeq PE150.
● Opzione Fungal Fine Genome:
Sondage Genome: Illumina NovaSeq PE150.
Assemblea Genome: PacBio Revio (lettura HiFi) o Nanopore PromethION 48.
● Genoma fungicu à livellu di cromosoma:
Sondage Genome: Illumina NovaSeq PE150.
Assemblea Genome: PacBio Revio (lettura HiFi) o Nanopore PromethION 48.
Ancoraggio contigu cù assemblea Hi-C.
Vantaghji di serviziu
●Strategie di Sequenza Multiple Disponibile: Per diversi scopi di ricerca è esigenze di completezza di u genoma
●Flussu di travagliu cumpletu di Bioinformatica:Questu include l'assemblea di u genoma è a predizione di parechji elementi genomici, l'annotazione di geni funzionali è l'ancoraggio contig.
●Vasta Competenza: Cù più di 12,000 genomi microbiali assemblati, purtamu più di una dicada di sperienza, una squadra di analisi altamente qualificata, cuntenutu cumpletu è un eccellente supportu post-vendita.
●Assistenza post-vendita:U nostru impegnu si estende oltre u cumpletu di u prughjettu cù un periodu di serviziu dopu a vendita di 3 mesi. Duranti stu tempu, offremu seguitu di u prughjettu, assistenza per a risoluzione di prublemi, è sessioni di Q&A per affruntà tutte e dumande relative à i risultati.
Specificazioni di serviziu
| serviziu | Strategia di sequenza | Controlu di qualità |
| Draft Genome | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Genoma fine | Studiu di u genoma: Illumina PE150 50 x Assemblage : PacBio HiFi 30x ou Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥2Mb (ONT unicellulare) contig N50 ≥500kb (Altri) |
| Genomu à livellu di cromosomi | Studiu di u genoma: Illumina PE150 50 x Assemblage : PacBio HiFi 30x ou Nanopore 100x Assemblea Hi-C 100x | Rapportu di ancoraggio contig> 90%
|
Requisiti di serviziu
| Concentrazione (ng/µL) | Quantità totale (µg) | Volume (µL) | OD 260/280 | OD 260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,6 |
| Nanoporu | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥ 0,06 | ≥20 | - | - |
Fungo unicellulare: ≥3.5x1010 cellule
Macro Fungus: ≥10 g
Flussu di travagliu di serviziu
Consegna di mostra
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
Include l'analisi seguente:
Indagine di u genoma:
- Sequenza di cuntrollu di qualità di dati
- Stima di u genoma: dimensione, eterozigosità, elementi ripetitivi
Assemblea Genomu Fine:
- Sequencing Data Control Quality
- De novoAssemblea
- Analisi di Componenti di Genome: Predizione di CDS è elementi genomici multipli
- Annotazione funzionale cù parechje basa di dati generale (GO, KEGG, etc.) è basa di dati avanzati (CARD, VFDB, etc.)
Assemblea Hi-C:
- Valutazione di a biblioteca Hi-C.
- Contigs anchoring clustering, urdinamentu è orienting
- Evaluazione di l'Assemblea HI-C: Basatu nantu à u genoma di riferimentu è a mappa di calore
Studiu di u genoma: distribuzione k-mer
Assemblea di u genoma: annotazione omologa di u genu (base di dati NR)
Assemblea di genoma: annotazione genica funzionale (GO)
Esplora l'avanzamenti facilitati da i servizii di assemblea di genoma fungicu di BMKGene attraversu una cullizzioni curata di publicazioni.
Hao, J. et al. (2023) "Profiling omic integratu di u fungo medicinale Inonotus obliquus in cundizioni immersi",BMC Genomica, 24 (1), pp 1-12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) « Le séquençage du génome révèle l'évolution et les mécanismes pathogènes du pathogène des taches oculaires pointues du blé Rhizoctonia cerealis »,U Crop Journal, 11 (2), pp 405-416. doi : 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) "Risorse Genome per Quattru Spezie Clarireedia chì Causanu Spot Dollaru nantu à Diversi Turfgrasses",A malatia di a pianta, 107 (3), pp. 929-934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) "Evidenza genetica è moleculare di un sistema di accoppiamentu tetrapolari in u fungu commestible Grifola frondosa",Journal of Fungi, 9 (10), p. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
