DNA / rna sequengine -pacbio sequencer
Caratteristiche
Dui modi di sequenza nantu à Pacbio Sequencer: LOG LOG (CLR) è Consensu CIRCULAR LEAD (CCS)
| Modalità sequencing | Taglia di biblioteca | Dati teorichiRendimentu (per cellula) | Base solaPrecisione | APPLICAZIONI |
| Cldr | 20kb, 30KB, etc. | 80 GB à 130 GB | Circa. 85% | De Novo, Chjave SV, Etc. |
| CCI | 15-20 kb | 14 à 40 GB / Cell (Sequel II) 70 à 110 GB / Cell (Revio) Dipende da i mostri | Circa. 99% | De Novo, Chjave SNP /DD / SV, ISO-SIQ, |
Paraguni di u rendiment è caratteristiche di Revio è Sequel II
| Termini | Sistema di Sequel II | Sistema Reviio | Aumenta |
| Densità superiore | 8 milioni ZMW | 25 milioni zmws | 3x |
| Tappe indipendenti | 1 | 4 | 4x |
| Tempi più corti | 30 ore | 24 ore | 1.25x |
| 30x genomi umani o annu | 88 | 1,300 | 15X generale |
Vantaghji di serviziu
● più di 8 anni sperimentazione nantu à a piattaforma di sequenza Pacbio cù millaie di prughjetti chiusi cun varie spezie.
● Risposti cumplettamente cù l'ultime e piattaforme di sequenche Pacbio, ripio à garanzia suficiente straziu di sequenza.
● U tempu di volta più veloce, u tempu di dati più altu è di dati più precisi.
● Cuntribuitu in centinaia di publicazioni basate in alta qualità.
Esigenze di mostra
| Tipu di mostra | Quantità | Cuncentrazione (Qubit®) | Volume | PURITUZA | Altri |
| L'abbina genomica | Dipende di u requisitu di dati | ≥50 ng / μl | ≥15μl | Od260 / 280 = 1.7-2.2; Od260 / 230 = 1.8-2,5; Peak chjaru à 260 NM,senza contaminazioni | A cuncentrazione deve esse misurata da Qubit è Qubit / Nanopore = 0,8-2,5 |
| Rna totale | ≥1.2μg | ≥120 ng / μl | ≥15μl | Od260 / 280 = 1,7-2.5; Od260 / 230 = 0,5-2,5;senza contaminazioni | Valore di rin ≥7,5 5 ____88 / 18s1 |
Serviziu flussu di u travagliu
Preparazione di mostra
Custruzione di Biblioteca
SEQUENZZA
Analisi di dati
Consegna di u Prughjettu
1.in-house rendimentu
Dati generati da 63 cellule CC (da 26 spezie)
| DATI-Pacchio-ccs-15 kb | Media | Massimu | Min | Mediu |
| Rendimentu - Subreude (GB) | 421.12 | 544,27 $ | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS (GB) | 25,93 | 38,59 | 10.86 | 25.43 |
| POLIMERASE N50 | 145.651 | 175.44 | 118.118 | 144.689 |
| Subreads n50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 1754 |
| CCS n50 | 14,490 | 19,034 | 9.876 | 14,747 |
| Media-polimerase | 67.995 | 89.379 | 49.664 | 66.433 |
| Subrezza media di lunghezza | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16,012 |
| A Lunghezza media-CCS | 14,489 | 19,074 | 8.575 | 14.655 |
Dati generati da 16 cellule CLR (da 76 spezie)
| Dati-pacbio-clr-30kb | Media | Massimu | Min | Mediu |
| Rendimentu - Subreude (GB) | 142.20 | 291,40 | 50.55 | 142.49 |
| POLIMERASE N50 | 39,456 | 121,191 | 15.389 | 35.231 |
| Subreads n50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29.063 |
| Media-polimerase | 22 ,063 | 48.886 | 8.747 | 21.555 |
| Subrezza media di lunghezza | 17,720 | 27,225 | 8.293 | 17.799 |
2.Data QC - DEMOStatistiche nantu à u rendimentu di dati
| SAMPLE | I CC sò numeri num | Basi CCS Totali (BP) | CC hè leghje n50 (bp) | CCS significa lunghezza (bp) | CC sò Leggi più longu (BP) | basi brutte (bp) | Rate di CCS (%) |
| Pb_bmkxxx | 3,444,159 | 54.164,1222.586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863.326,330.465 | 6.27 |
