BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
BMKMANU S3000 Spatial Transcriptome Schema Tecnicu
Features
- Risoluzione: 3,5 µM
- Diametru spot: 2,5 µM
- Numero di spots: circa 4 Milioni
- 3 possibili formati di zona di cattura: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm o 15 mm * 20 mm
- Ogni perla di codice a barre è caricata di primer composti da 4 sezioni:
• coda poly(dT) per l'imprimazione di mRNA è a sintesi di cDNA,
• Identificatore Molecular Unicu (UMI) per curregà u bias di amplificazione
• Codice à barre spaziale
• Sequenza di ubligatoriu di prima di sequenza di lettura parziale 1
- Colorazione H&E e fluorescente di sezioni
- Possibilità d'utilizà a tecnulugia di segmentazione cellulare: integrazione di colorazione H&E, colorazione fluorescente è sequenza di RNA per determinà i limiti di ogni cellula è assignà currettamente l'espressione genica à ogni cellula. Trattamentu di l'analisi di prufilu spaziale in a valle basatu nantu à a cell bin.
- Possibilità di ottene una analisi di risoluzione multilivellu: analisi multilivellu flessibile chì varieghja da 100um à 3,5 um per risolve diverse caratteristiche di i tessuti à una risoluzione ottimale.
Vantaghji di BMKMANU S3000
-Duppiu di i punti di cattura à 4 milioni: cù una risuluzione mejorata di 3,5 uM, chì porta à una rilevazione di geni è UMI più altu per cellula. Questu risultatu in un raggruppamentu megliu di e cellule basatu nantu à i profili trascrizionali, cù dettagli più fini chì currispondenu à a struttura di i tessuti.
- Risoluzione subcellulare:Ogni area di cattura cuntene più di 2 milioni di punti spaziali di codice à barre cù un diametru di 2,5 µm è una spaziatura di 5 µm trà i centri spot, chì permette l'analisi di u transcriptoma spaziale cù una risoluzione subcellulare (5 µm).
-Analisi di risoluzione multi-livellu:Analisi multi-livellu flessibile chì varieghja da 100 μm à 5 μm per risolve diverse caratteristiche di i tessuti à una risoluzione ottima.
-Possibilità di utilizà a tecnulugia di segmentazione cellulare "Tre in una diapositiva":cumminendu a tintura di fluorescenza, a tintura H&E è a sequenza di RNA in una sola diapositiva, u nostru algoritmu di analisi "trè-in-unu" permette l'identificazione di i limiti di e cellule per a trascriptomica successiva basata in cellule.
-Compatibile cù parechje piattaforme di sequenza: sia NGS sia sequenza di lettura longa dispunibule.
-Disegnu flessibile di 1-8 zona di cattura attiva: a dimensione di l'area di cattura hè flessibile, essendu pussibule aduprà 3 formati (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm è 15 mm * 20 mm)
-serviziu unicu: integra tutte l'esperienza è i passi basati nantu à e cumpetenze, cumprese crio-sezione, tintura, ottimisazione di tissuti, codici a barre spaziali, preparazione di biblioteca, sequenza è bioinformatica.
-Bioinformatica cumpleta è visualizazione amichevule di i risultati:U pacchettu include 29 analisi è più di 100 figure d'alta qualità, cumminate cù l'usu di software sviluppatu in casa per visualizà è persunalizà a divisione di e cellule è u clustering spot.
-Analisi è visualizazione di dati persunalizati: dispunibule per diverse richieste di ricerca
-Squadra tecnica altamente qualificata: cù sperienza in più di 250 tippi di tissuti è più di 100 spezie cumpresi umani, mouse, mammiferi, pesci è piante.
-Aghjurnamenti in tempu reale nantu à tuttu u prugettu: cù u cuntrollu tutale di u prugressu sperimentale.
-Analisi cumuna opzionale cù sequenza di mRNA unicellulare
Specificazioni di serviziu
| Requisiti di mostra | Biblioteca | Strategia di sequenza | Dati cunsigliati | Controlu di qualità |
| Campioni criogenici integrati in OCT (Diametru ottimale: ca. 6×6×6 mm³) 2 blocchi per mostra 1 per l'esperimentu, 1 per a copia di salvezza | Biblioteca di cDNA S3000 | Illumina PE150 | 160K letture PE per 100µM (250 Gb) | RIN > 7 |
Per più dettagli nantu à a guida di preparazione di mostra è u flussu di travagliu di serviziu, sentite liberu di parlà cun aEspertu BMKGENE
Flussu di travagliu di serviziu
In a fase di preparazione di mostra, un prucessu iniziale di estrazione di RNA in massa hè realizatu per assicurà chì un RNA di alta qualità pò esse acquistatu. In a tappa di ottimisazione di u tissutu, e sezioni sò macchiate è visualizate è e cundizioni di permeabilizazione per a liberazione di mRNA da u tissutu sò ottimisate. U protokollu ottimizatu hè dopu appiicatu durante a custruzzione di a biblioteca, seguita da a sequenza è l'analisi di dati.
U flussu di travagliu cumpletu di u serviziu implica aghjornamenti in tempu reale è cunferma di i clienti per mantene un ciclu di feedback responsive, assicurendu una esecuzione liscia di u prugettu.
I dati generati da BMKMANU S3000 sò analizati cù u software "BSTMatrix", chì hè cuncepitu indipindente da BMKGENE, generendu una matrice d'espressione genetica à livellu di cellula è risoluzione multilivellu. Da quì, un rapportu standard hè generatu chì include u cuntrollu di a qualità di dati, l'analisi di campioni interni è l'analisi intergruppu.
- Controlu di qualità di dati:
- Pruduzzione di dati è distribuzione di puntuazione di qualità
- Rilevazione di geni per spot
- Copertura tissutale
- Analisi di campioni interni:
- Ricchezza genica
- Spot clustering, cumpresa l'analisi di dimensione ridutta
- Analisi di l'espressione differenziale trà clusters : identificazione di geni marcatori
- Annotazione funzionale è arricchimentu di geni marcatori
- Analisi intergruppu
- Re-combinazione di spots da i dui campioni (per esempiu, malati è cuntrollu) è re-cluster
- Identificazione di geni marcatori per ogni cluster
- Annotazione funzionale è arricchimentu di geni marcatori
- Spressione differenziale di u listessu cluster trà gruppi
Inoltre, u BMKGene hà sviluppatu "BSTViewer" hè un strumentu amichevule chì permette à l'utilizatori di visualizà l'espressione genica è spot clustering in diverse risoluzioni.
BMKGene offre servizii di profilazione spaziale à una risoluzione precisa di una sola cellula (basatu nantu à un bin di cellula o un quadru quadratu multilivellu da 100um à 3.5um).
I dati di profilazione spaziale da e sezioni di tissuti nantu à a diapositiva S3000 anu realizatu bè cum'è quì sottu.
Studiu di casu 1: Cervellu di u mouse
L'analisi di una sezione di u cervellu di u mouse cù S3000 hà risultatu in l'identificazione di ~ 94 000 cellule, cù una sequenza mediana di ~ 2000 geni per cellula. A risuluzione mejorata di 3.5 uM hà risultatu in un raggruppamentu assai detallatu di e cellule basatu nantu à mudelli di trascrizzione, cù i clusters di cellule imitanu e strutture differenziate di u cervellu. Questu hè facilmente osservatu visualizendu a distribuzione di e cellule raggruppati cum'è oligodendrociti è cellule di microglia, chì sò casi solu situati in materia grisa è bianca, rispettivamente.
Studiu di casu 2: embriione di mouse
L'analisi di una sezione di embrioni di mouse cù S3000 hà risultatu in l'identificazione di ~ 2200 000 cellule, cù una sequenza mediana di ~ 1600 geni per cellula. A risuluzione mejorata di 3.5 uM hà risultatu in un clustering assai detallatu di e cellule basatu nantu à mudelli di trascrizzione, cù 12 clusters in l'area di l'ochju è 28 clusters in l'area di u cervellu.
Raggruppamento di cellule di analisi di campioni interni:
Identificazione di geni marcatori è distribuzione spaziale:
- Risoluzione sub-cellulare più alta: In cunfrontu cù a diapositiva S1000, ogni area di cattura di S3000 cuntene > 4 milioni di punti spaziali di codice a barre cù un diametru di 2,5 µm è una distanza di 3,5 µm trà i centri spot, chì permette l'analisi di trascriptoma spaziale cù una risoluzione subcellulare più alta. (bacinu quadru: 3,5 µm).
- Efficienza di cattura più alta: cumparatu cù S1000 slide, Median_UMI aumenta da 30% à 70%, Median_Gene aumenta da 30% à 60%
Schema di chip S1000:
Schema di chip S3000:
