Assemblea di Genomu Bacterial De novo
Furnemu un serviziu cumpletu di assemblea di genoma batterica, guarantisci 0 lacune. Questu hè pussibule integrendu tecnulugii di sequenza di lettura longa, cum'è Nanopore è PacBio per l'assemblea è a sequenza di lettura corta cù Illumina per a validazione di l'assemblea è a correzione d'errore di leghje ONT. U nostru serviziu furnisce u flussu di travagliu bioinformaticu cumpletu da l'assemblea, l'annotazione funzionale è l'analisi bioinformatica avanzata, cumpiendu scopi di ricerca specifichi. Stu serviziu permette u sviluppu di genomi di riferimentu precisi per diversi studii genetichi è genomici. Inoltre, costituisce a basa per l'applicazioni cum'è l'ottimisazione di ceppi, l'ingegneria genetica è u sviluppu di a tecnulugia microbiana, assicurendu dati genomici affidabili è senza gap cruciali per avanzà a cunniscenza scientifica è l'innuvazione biotecnologica.
Funzioni di serviziu
● Cù dui ozzione pussibuli à sceglie sicondu u gradu desideratu di cumpleta genoma.
● Draft Genome Option: Sequenza di lettura corta cù Illumina NovaSeq PE150.
● Complete 0 gap genome.
● Sequenza di lettura longa nantu à Nanopore PromethION 48 o PacBio Revio per l'assemblea di u genoma.
● Sequenza di lettura corta nantu à Illumina NovaSeq per a validazione di u genoma è a correzione di l'errore (Nanopore) o per generà un abbozzu di genoma.
Vantaghji di serviziu
●Zero-Gap Genome Garantitu: Questu hè dovutu à l'integrazione di a sequenza Illumina cù a sequenza di lettura longa (Nanopore o PacBio).
●Flussu di travagliu cumpletu di Bioinformatica:Questu include l'assemblea di u genoma è a predizione di parechji elementi genomici, l'annotazione di geni funzionali è e visualizazioni di u genoma cum'è a trama Circos.
●Vasta Competenza: Cù più di 20,000 genomi microbiali assemblati, BMKGENE porta più di una decada di sperienza, una squadra di analisi altamente qualificata, cuntenutu cumpletu, è un eccellente supportu post-vendita.
●Assistenza post-vendita:U nostru impegnu si estende oltre u cumpletu di u prughjettu cù un periodu di serviziu dopu a vendita di 3 mesi. Duranti stu tempu, offremu seguitu di u prughjettu, assistenza per a risoluzione di prublemi, è sessioni di Q&A per affruntà tutte e dumande relative à i risultati.
●Strategie di Sequenza Multiple Disponibile:Per diversi scopi di ricerca è esigenze di completezza di u genoma.
Specificazioni di serviziu
| serviziu | Strategia di sequenza |
| Draft Genome | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (optionnel) |
Requisiti di mostra:
| Concentrazione (ng/µL) | Quantità totale (µg) | Volume (µL) | OD 260/280 | OD 260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥ 1,0 |
| Nanoporu | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥ 0,06 | ≥20 | - | - |
· Batteri: ≥3.5x1010 cellule
Flussu di travagliu di serviziu
Consegna di mostra
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
Include l'analisi seguente:
● Sequencing Data Control Quality
● Assemblea Genome
● Analisi di cumpunenti Genome: Predizione di CDS è elementi genomici multipli
● Annotazione funzionale cù parechje basa di dati generale (GO, KEGG, etc.) è basa di dati avanzati (CARD, VFDB, etc.)
● Visualizazione di Genome
Furnemu u genoma in un furmatu fasta facilmente accessibile è u schedariu di annotazione di u genoma (gff).
Annotazione genetica - GO
Annotazione di geni - carbuidrati CAZY
Visualizazione di u genoma - Circos plot
Esplora i prugressi facilitati da i servizii di assemblea di genoma batterica di BMKGene attraversu una cullizzioni curata di publicazioni.
Dai, W. et al. (2023) "Scoperta di Bacteroides uniformis F18-22 cum'è una bacteria probiotica sicura è nova per u trattamentu di a colite ulcerosa da u colon umanu sano".Rivista Internaziunale di Scienze Moleculari, 24 (19), p. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) "Isolati di Proteus mirabilis multi-resistenti chì portanu blaOXA-1 è blaNDM-1 da a fauna salvatica in Cina: aumenta u risicu per a salute publica",Zoologia Integrativa, 16 (6), pp. 798-809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) "A sequenza completa di u genoma di l'endofita Bacillus flexus KLBMP 4941 revela u so mecanismu di promozione di a crescita di a pianta è a basa genetica per a tolleranza di u sali".Journal of Biotechnology, 260, pp. 38-41. doi : 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) "Plasmidi di resistenza multipla di Klebsiella mediate a diffusione estensiva di i geni antimicrobici",Frontiere in Microbiologia, 12, p. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
