Sequenza Amplicon (16S/18S/ITS)

A sequenza di Amplicon (16S/18S/ITS) cù Illumina hè un metudu per analizà a diversità microbica identificendu profili microbiani secondu e so sequenze è dopu tentativu di decifrare a ricchezza è a diversità di a cumunità in ogni mostra è trà e mostre. U pipeline BMKCloud Amplicon (NGS) permette l'analisi di 16S, 18S, ITS è geni funzionali multipli. Accumincia cù a tagliata di lettura, l'assemblea di lettura in coppia è a valutazione di a qualità, seguita da un raggruppamentu di letture simili per generà Unità Tassonomiche Operative (OTU) usate in sei sezioni di analisi diverse. L'annotazione tassonomica furnisce infurmazioni nantu à l'abbundanza relativa è a cumpusizioni di ogni campione, mentre chì l'analisi di diversità alfa è beta si concentranu in a diversità microbica in e trà e campioni, rispettivamente. L'analisi differenziale trà i gruppi trova l'OTU chì differenu utilizendu teste parametriche è non parametriche, mentre chì l'analisi di correlazione mette in relazione sti diffirenzii cù fatturi ambientali. Infine, l'abbundanza di geni funzionali hè prevista in basa di l'abbundanza di geni marcatori, chì furnisce una visione di a funzione è l'ecologia in ogni mostra.