Tibuok genome bisulfite sequencing (WGBS)
Ang Tibuok Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) nagbarog ingon nga gold-standard nga metodolohiya alang sa lawom nga pagsuhid sa DNA methylation, ilabi na ang ikalima nga posisyon sa cytosine (5-mC), usa ka pivotal regulator sa gene expression ug cellular activity. Ang prinsipyo nga nagpahipi sa WGBS naglakip sa bisulfite nga pagtambal, nga nag-aghat sa pagkakabig sa unmethylated cytosines ngadto sa uracil (C to U), samtang gibiyaan ang methylated cytosines nga wala mausab. Kini nga teknik nagtanyag usa ka base nga resolusyon, nga nagtugot sa mga tigdukiduki nga komprehensibo nga mag-imbestiga sa methylome ug madiskubre ang dili normal nga mga pattern sa methylation nga adunay kalabotan sa lainlaing mga kondisyon, labi na ang kanser. Pinaagi sa paggamit sa WGBS, ang mga siyentipiko makakuha og dili hitupngan nga mga panabut sa genome-wide methylation landscapes, nga naghatag ug nuanced nga pagsabot sa epigenetic nga mga mekanismo nga nagpailalum sa lain-laing biological nga proseso ug mga sakit.
Mga Feature sa Serbisyo
● Nagkinahanglan ug reference genome.
● Ang Lambda DNA gidugang aron mamonitor ang kahusayan sa pagkakabig sa bisulfite.
● Pagsunodsunod sa Illumina NovaSeq.
Mga Bentaha sa Serbisyo
●Gold Standard alang sa DNA Methylation Research: Kining hamtong nga teknolohiya sa pagproseso sa pagkakabig sa methylation adunay taas nga katukma ug maayo nga pag-reproducibility.
●Wide Coverage ug Single-base Resolution:detection sa methylation sites sa genome-wide nga lebel.
●Kompleto nga Plataporma:paghatag ug one-stop nga labing maayo nga serbisyo gikan sa sample processing, library construction, sequencing sa bioinformatics analysis.
●Lapad nga Eksperto: uban sa WGBS sequencing nga mga proyekto nga malampusong nahuman sa lain-laing matang sa mga espisye, ang BMKGENE nagdala og kapin sa usa ka dekada nga kasinatian, usa ka hanas kaayo nga grupo sa pagtuki, komprehensibo nga sulod, ug maayo kaayo nga post-sales nga suporta.
●Posibilidad sa Pag-apil sa Pagtuki sa Transcriptomics: nagtugot alang sa hiniusa nga pagtuki sa WGBS uban sa ubang mga datos sa omics sama sa RNA-seq.
Sample nga mga Detalye
| Library | Estratehiya sa Pagsunodsunod | Girekomenda nga data output | Pagkontrol sa kalidad |
| Gitratar ang bisulfite | Illumina PE150 | 30x nga giladmon | Q30 ≥ 85% Bisulfite pagkakabig> 99% |
Sample nga Kinahanglanon
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kinatibuk-ang kantidad (µg) | Dugang nga mga kinahanglanon | |
| Genomic nga DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Limitado nga pagkadaot o kontaminasyon |
Daloy sa Trabaho sa Serbisyo
Sample nga paghatod
Pagkuha sa DNA
Pagtukod sa librarya
Pagsunodsunod
Pagtuki sa datos
Paghatud sa datos
Naglakip sa mosunod nga pagtuki:
● Raw sequencing quality control;
● Pagmapa sa paghisgot sa genome;
● Detection sa 5mC methylated base;
● Pagtuki sa methylation distribution ug annotation;
● Pagtuki sa Differentially Methylated Regions (DMRs);
● Functional nga anotasyon sa mga gene nga nalangkit sa DMRs.
5mC methylation detection: mga tipo sa methylated nga mga site
Mapa sa methylation. 5mC methylation genome-wide distribution
Anotasyon sa kaayo nga methylated nga mga rehiyon
Differentially Methylated nga mga Rehiyon: kaubang mga gene
Differentially Methylated nga mga Rehiyon: annotation sa kaubang mga gene (Gene Ontology)
Susihon ang mga pag-uswag sa panukiduki nga gipadali sa tibuok genome bisulfite sequencing nga mga serbisyo sa BMKGene pinaagi sa usa ka curated nga koleksyon sa mga publikasyon.
Fan, Y. ug uban pa. (2020) 'Pag-analisa sa mga profile sa DNA methylation sa panahon sa pag-uswag sa kalamnan sa kalabera sa karnero gamit ang tibuuk nga genome bisulfite sequencing',BMC Genomics, 21(1), pp. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. ug uban pa. (2022) 'Novel deoxyribonucleic acid methylation perturbations sa mga trabahante nga naladlad sa vinyl chloride',Toxicology ug Industrial Health, 38(7), pp. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. ug uban pa. (2020) 'Mga relasyon tali sa genome methylation, lebel sa non-coding RNAs, mRNAs ug metabolites sa nagkahinog nga bunga sa kamatis',Ang Plant Journal, 103(3), pp. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
