Piho nga Lofus Amplified Fragment Stequencing (SLAF-SEQ)
Pag-trabaho
Teknikal nga Scheme
Mga Tampok sa Serbisyo
● Pagsunud sa Novaseq nga adunay PE150.
● Pag-andam sa Library nga adunay doble nga barcoding, nga nagpadako sa pooling sa sobra sa 1000 nga mga sample.
● Kini nga teknik mahimong magamit sa o wala'y pakisayran nga genome, nga adunay lainlaing mga bioinformatic nga pipelines alang sa matag kaso:
Sa paghisgot sa genome: SNP ug Discovery Discovery
Kung wala'y pakiluoy nga genome: sample clustering and SNP Discovery
● SaSa SilicoAng pre-disenyo nga yugto sa daghang mga kombinasyon sa enzyme nga gi-screen aron makit-an ang mga nakahatag usa ka uniporme nga pag-apod-apod sa mga tag sa silid sa genome.
● Sa panahon sa pre-eksperimento, tulo nga mga kombinasyon sa enzyme ang gisulayan sa 3 nga mga sampol aron makamugna ang 9 nga mga librarya sa pagdili sa impormasyon.
Mga Buluhaton sa Serbisyo
●Taas nga nadiskobrehan nga genetic marker: Ang pag-apil sa usa ka taas nga sistema sa barcode nga gitugotan sa dungan nga pagsunud sa daghang mga populasyon, ug ang piho nga pagpadako sa pag-amping sa mga numero sa lainlaing mga kinahanglanon sa panukiduki.
● Ubos nga pagsalig sa genome: Mahimo kini magamit sa mga species nga adunay o wala'y pakisayran nga genome.
●Flexible Scheme Design: Single-enzyme, dual-enzyme, multi-enzyme digestion, ug lainlaing mga matang sa mga enzyme ang tanan mapili aron sa lainlaing mga katuyoan sa panukiduki o mga espisye. AngSa SilicoAng pre-disenyo gihimo aron masiguro ang usa ka kamalaumon nga laraw sa enzyme.
● Hataas nga Kahusayan sa Enzymatic Dundes: Ang pagdala sa usa kaSa SilicoAng pre-disenyo ug usa ka pre-eksperimento nagpasalig sa kamalaumon nga laraw nga adunay bisan pag-apod-apod sa mga tag sa slaf sa chromosome (1 SLOF TAG / 4KB) ug pagkunhod sa balik-balik nga pagkasunud (<5%).
●Daghang kahanas: Ang among koponan nagdala usa ka katigayunan sa kasinatian sa matag proyekto, nga adunay usa ka track record sa pagtapos sa 5000 nga mga proyekto sa Slaf-Seq, lakip ang mga tanum, mga hayop, mga insekto, ug aquatic organismo.
● Nagpalambo sa kaugalingon nga bioinformatic workflow: Gipalambo ni Bmkgene ang usa ka integrated bioinformatif nga workflow alang sa SLAF-SEQ aron masiguro ang kasaligan ug katukma sa katapusan nga output.
Mga Estudyante sa Serbisyo
| Tipo sa pag-analisar | Girekomenda nga sukod sa populasyon | SEQUENCING SCHATEGY | |
| Giladmon sa pag-una sa tag | Tag Numero | ||
| Mga Mapa sa Genetic | 2 Mga Ginikanan ug> 150 Offspring | Mga Ginikanan: 20x WGS OFSPING: 10X | Sakit sa genome: <400 MB: Girekomenda ang WGS <1GB: 100K tags 1-2GB :: 200K tags > 2GB: 300K TAGS Max 500K Tags |
| Ang mga pagtuon sa genome-halapad nga ASSOCIATION (GWAS) | ≥200 nga mga sampol | 10x | |
| Ebolusyon sa Genetic | ≥30 nga mga sample, nga adunay 10 nga mga sample gikan sa matag subgroup | 10x | |
Mga Kinahanglanon sa Pag-alagad
Konsentrasyon ≥ 5 ng / μl
Total nga kantidad ≥ 80 NG
Nanodrop OD260 / 280 = 1.6-2.5
Agarose Gel: Dili o limitado nga pagkadaot o kontaminasyon
Girekomenda nga Sample nga Paghatud
Sudlanan: 2 ml centrifuge tube
(Alang sa kadaghanan sa mga sample, girekomenda namon nga dili mapreserbar sa ethanol)
Sample labeling: Ang mga sample kinahanglan nga tin-aw nga gimarkahan ug parehas sa pagsumite sa sample impormasyon nga porma.
Pagpadala: Pag-uga sa Ice: Ang mga sample kinahanglan nga ma-pack sa mga bag ug gilubong sa uga nga yelo.
Workflow of Service
Sample QC
Pag-eksperimento sa piloto
SLAF-ECUPIMENTE
Pagpangandam sa Library
Sunud-sunod
Data Analysis
Pagkahuman sa mga serbisyo nga gibaligya
Naglakip sa mosunod nga pag-analisar:
- Pagsunud sa Data QC
- SLAF Tag Development
Pag-mapa sa genome genome
Kung wala'y usa ka pakisayran nga genome: clustering
- Pagtuki sa mga Tags sa SLAF.: Mga estadistika, pag-apod-apod sa genome
- Pagdiskubre sa Marker: SNP, Indel, Snv, CV calling ug annotation
Ang pag-apod-apod sa mga tag sa silid sa mga chromosom:
Pag-apod-apod sa mga Snps sa Mga Chromosome:
SNP andotation
| Tuig | Akta | IF | Titulo | Mga Aplikasyon |
| 2022 | Komunikasyon sa Kinaiyahan | 17.694 | Genomic nga sukaranan sa Giga-Chromosomes ug Giga-genome sa kahoy nga peony Paeonia ostii | Mga slof-gwas |
| 2015 | Bag-ong Phytologist | 7.433 | Ang mga tunob sa pag-adto sa balay sa mga hiniusa nga mga rehiyon sa genomic nga hinungdanon sa agronomic sa soybeans | Mga slof-gwas |
| 2022 | Journal sa Advanced Research | 12.822 | Ang mga artipisyal nga pag-arte sa genome sa Gossypium Barbadense sa G. Hirsuta ipadayag ang superyor nga loci alang sa dungan nga pag-uswag sa kalidad nga gapas fiber ug ani tabo | SLAF-EVOLUTIARY GENETICS |
| 2019 | Molecular nga tanum | 10.81 | Ang pag-analisar sa genomic nga genomic nga genomic ug devo asembliya nagpadayag sa gigikanan sa WEEDY Bugas ingon usa ka dula sa ebolusyon | SLAF-EVOLUTIARY GENETICS |
| 2019 | Kinaiyahan Genetics | 31.616 | Ang pagkasunud-sunod sa genome ug genetic nga pagkalainlain sa sagad nga CARP, CYPINUS CARPIO | Mapa sa SLAF-linkage |
| 2014 | Kinaiyahan Genetics | 25.455 | Ang genome sa kultibat nga peanut naghatag og panan-aw sa mga legume karyotypes, polyploid Ebolusyon ug pag-ani sa balay. | Mapa sa SLAF-linkage |
| 2022 | Itanom biotechnology journal | 9.803 | Ang pag-ila sa ST1 nagpadayag usa ka pagpili nga naglambigit sa hitchhiking sa Morphology sa Seed ug sulud sa lana sa panahon sa toyoan | Pag-uswag sa Slof-Marker |
| 2022 | Internasyonal nga journal sa molekular nga siyensya | 6.208 | Pag-ila ug pag-uswag sa marka sa DNA alang sa usa ka wheat-leymus Mollis 2ns (2D) Disomic Chromosome Puli | Pag-uswag sa Slof-Marker |
| Tuig | Akta | IF | Titulo | Mga Aplikasyon |
| 2023 | Mga frontier sa syensya sa tanum | 6.735 | Ang Qtl Mapping ug transcriptoke nga pag-analisar sa sulud sa asukal sa panahon sa paghinog sa prutas sa Pyrus Pyrifolia | Mapa sa Genetic |
| 2022 | Itanom biotechnology journal | 8.154 | Ang pag-ila sa ST1 nagpadayag sa usa ka pagpili nga naglambigit sa hitchhiking sa mga binhi nga Morphology ug sa sulud sa lana sa panahon sa pag-undang sa Soybean
| SNP Calling |
| 2022 | Mga frontier sa syensya sa tanum | 6.623 | Ang mapa sa genome-halapad nga Association sa mga kawad-an halos mga phenotype sa hulaw nga kalikopan.
| Gwas |
