Gipamub-an ang Representasyon sa Bisulfite Sequencing (RRBS)
Ang Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) mitumaw isip usa ka cost-effective ug episyente nga alternatibo sa Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) sa DNA methylation research. Samtang ang WGBS naghatag komprehensibo nga mga panabut pinaagi sa pagsusi sa tibuuk nga genome sa usa ka base nga resolusyon, ang taas nga gasto niini mahimong usa ka limitasyon nga hinungdan. Ang RRBS estratehikong nagpagaan niini nga hagit pinaagi sa pinili nga pag-analisar sa usa ka representante nga bahin sa genome. Kini nga pamaagi nagsalig sa pagpauswag sa mga rehiyon nga adunahan sa isla sa CpG pinaagi sa cleavage sa MspI nga gisundan sa pagpili sa gidak-on nga 200-500/600 bps nga mga tipik. Tungod niini, ang mga rehiyon lamang nga duol sa mga isla sa CpG ang gisunod-sunod, samtang ang mga adunay layo nga mga isla sa CpG wala iapil sa pagtuki. Kini nga proseso, inubanan sa bisulfite sequencing, nagtugot alang sa high-resolution detection sa DNA methylation, ug ang sequencing approach, PE150, nagtutok ilabi na sa mga tumoy sa mga insert kay sa tunga-tunga, nga nagdugang sa efficiency sa methylation profiling. Ang RRBS usa ka bililhon nga himan nga makahimo sa gasto nga epektibo nga panukiduki sa DNA methylation ug pagpauswag sa kahibalo sa mga mekanismo sa epigenetic.
Mga Feature sa Serbisyo
● Nagkinahanglan ug reference genome.
● Ang Lambda DNA gigamit sa pagmonitor sa bisulfite conversion efficiency.
● Ang kaepektibo sa paghilis sa MspI gibantayan usab.
● Dobleng paghilis sa enzyme alang sa mga sample sa tanom.
● Pagsunodsunod sa Illumina NovaSeq.
Mga Bentaha sa Serbisyo
●Epektibo sa gasto ug Episyente nga Alternatibo sa WGBS: makapahimo sa pagtuki nga ipahigayon sa mas mubu nga gasto ug adunay ubos nga sample nga kinahanglanon.
●Kompleto nga Plataporma:paghatag ug one-stop nga labing maayo nga serbisyo gikan sa sample processing, library construction, ug sequencing sa bioinformatics analysis.
●Lapad nga Eksperto: uban sa RRBS sequencing nga mga proyekto nga malampusong nahuman sa lain-laing matang sa mga espisye, ang BMKGENE nagdala og kapin sa usa ka dekada nga kasinatian, usa ka hanas kaayo nga grupo sa pagtuki, komprehensibo nga sulod, ug maayo kaayo nga post-sales nga suporta.
Mga Detalye sa Serbisyo
| Library | Estratehiya sa Pagsunodsunod | Girekomenda nga data output | Pagkontrol sa kalidad |
| MspI digested ug Bisulfite treated library | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Bisulfite pagkakabig> 99% MspI cutting efficiency> 95% |
Sample nga Kinahanglanon
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kinatibuk-ang kantidad (µg) |
| |
| Genomic nga DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Limitado nga pagkadaot o kontaminasyon |
Daloy sa Trabaho sa Serbisyo
Sample nga paghatod
Pagtukod sa librarya
Pagsunodsunod
Pagtuki sa datos
After-sale nga serbisyo
Naglakip sa mosunod nga pagtuki:
● Raw sequencing quality control;
● Pagmapa sa paghisgot sa genome;
● Detection sa 5mC methylated base ug motif identification;
● Pagtuki sa apod-apod sa methylation ug pagtandi sa sample;
● Pagtuki sa Differentially Methylated Regions (DMRs);
● Functional nga anotasyon sa mga gene nga nalangkit sa DMRs.
Pagkontrol sa kalidad: kahusayan sa paghilis (sa genome mapping)
Pagkontrol sa kalidad: pagkakabig sa bisulfite (sa pagkuha sa impormasyon sa methylation)
Mapa sa methylation: 5mC methylation genome-wide distribution
Sampol nga pagtandi: Panguna nga Component Analysis
Differentially Methylated Regions (DMRs) analysis: heatmap
Susihon ang mga pag-uswag sa panukiduki nga gipadali sa tibuok genome bisulfite sequencing nga mga serbisyo sa BMKGene pinaagi sa usa ka curated nga koleksyon sa mga publikasyon.
Li, Z. ug uban pa. (2022) 'High-fidelity reprogramming sa Leydig-like cells pinaagi sa CRISPR activation ug paracrine factors',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. ug uban pa. (2023) 'Genome-wide DNA methylation analysis sa komposisyon sa lawas sa Chinese monozygotic twins',European Journal of Clinical Investigation, 53(11), p. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. ug uban pa. (2022) 'DNA methylation ug waist-to-hip ratio: usa ka epigenome-wide association study sa Chinese monozygotic twins',Journal sa Endocrinological Investigation, 45(12), pp. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
