-
Usa ka nuclei RNA Sequencing
Ang pagpalambo sa single-cell capture ug custom library construction techniques, inubanan sa high-throughput sequencing, nakapabag-o sa gene expression studies sa cell level. Kini nga kauswagan nagtugot alang sa mas lawom ug mas komprehensibo nga pagtuki sa komplikadong mga populasyon sa selula, pagbuntog sa mga limitasyon nga nalangkit sa aberids nga ekspresyon sa gene sa tanang mga selula ug pagpreserbar sa tinuod nga heterogeneity sulod niini nga mga populasyon. Samtang ang single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) adunay dili ikalimod nga mga bentaha, nakasugat kini og mga hagit sa pipila ka mga tisyu diin ang paghimo sa usa ka single-cell suspension napamatud-an nga lisud ug nanginahanglan mga bag-ong sample. Sa BMKGene, among gitubag kini nga babag pinaagi sa pagtanyag og single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) gamit ang state-of-the-art nga 10X Genomics Chromium nga teknolohiya. Kini nga pamaagi nagpalapad sa spectrum sa mga sample nga madawat sa transcriptome analysis sa single-cell level.
Ang pag-inusara sa nuclei nahimo pinaagi sa bag-ong 10X Genomics Chromium chip, nga adunay walo ka channel nga microfluidics nga sistema nga adunay doble nga pagtabok. Sulod niini nga sistema, ang gel beads nga naglakip sa barcodes, primers, enzymes, ug usa ka nucleus gisulod sa nanoliter-sized nga oil drops, nga nahimong Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Pagsunod sa GEM formation, cell lysis ug barcode release mahitabo sulod sa matag GEM. Pagkahuman, ang mga molekula sa mRNA moagi sa reverse transcription sa mga cDNA, nga gilakip ang 10X barcode ug Unique Molecular Identifiers (UMIs). Kini nga mga cDNA gipailalom sa standard sequencing library construction, nga nagpadali sa usa ka lig-on ug komprehensibo nga eksplorasyon sa mga gene expression profile sa single-cell level.
Platform: 10 × Genomics Chromium ug Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Ang spatial transcriptomics usa ka cutting-edge nga teknolohiya nga nagtugot sa mga tigdukiduki sa pag-imbestigar sa mga pattern sa ekspresyon sa gene sulod sa mga tisyu samtang gipreserbar ang ilang spatial nga konteksto. Usa ka kusgan nga plataporma sa kini nga domain mao ang 10x Genomics Visium inubanan sa pagsunud sa Illumina. Ang prinsipyo sa 10X Visium naa sa usa ka espesyal nga chip nga adunay gitudlo nga lugar nga makuha kung diin gibutang ang mga seksyon sa tisyu. Kini nga lugar sa pagkuha adunay mga barcoded spot, ang matag usa katumbas sa usa ka talagsaon nga spatial nga lokasyon sa sulod sa tisyu. Ang nakuha nga mga molekula sa RNA gikan sa tisyu dayon gimarkahan nga adunay talagsaon nga mga molekular nga identifier (UMI) sa panahon sa proseso sa reverse transcription. Kini nga mga barcoded spots ug UMIs makahimo sa tukma nga spatial mapping ug quantification sa gene expression sa usa ka single-cell nga resolusyon. Ang kombinasyon sa spatially barcoded samples ug UMIs nagsiguro sa katukma ug specificity sa datos nga namugna. Pinaagi sa paggamit niining Spatial Transcriptomics nga teknolohiya, ang mga tigdukiduki makaangkon og mas lawom nga pagsabot sa spatial nga organisasyon sa mga selula ug sa komplikadong mga interaksyon sa molekula nga nahitabo sulod sa mga tisyu, nga naghatag ug bililhong mga pagsabot sa mga mekanismo nga nagpahiping biological nga mga proseso sa daghang natad, lakip na ang oncology, neuroscience, developmental biology, immunology. , ug botanikal nga pagtuon.
Plataporma: 10X Genomics Visium ug Illumina NovaSeq
-
Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore
Samtang ang pagsunud sa mRNA nga nakabase sa NGS usa ka magamit nga himan alang sa pag-ihap sa ekspresyon sa gene, ang pagsalig niini sa mubu nga mga pagbasa nagpugong sa pagkaepektibo niini sa komplikado nga pag-analisar sa transcriptomic. Sa laing bahin, ang nanopore sequencing naggamit sa dugay nga pagbasa nga teknolohiya, nga makapahimo sa pagkasunod-sunod sa full-length nga mRNA transcripts. Kini nga pamaagi nagpadali sa usa ka komprehensibo nga eksplorasyon sa alternatibong splicing, gene fusions, poly-adenylation, ug ang quantification sa mRNA isoforms.
Nanopore sequencing, usa ka pamaagi nga nagsalig sa nanopore single-molekul real-time nga electrical signal, naghatag og mga resulta sa tinuod nga-time. Gigiyahan sa mga protina sa motor, ang double-stranded nga DNA mogapos sa nanopore nga mga protina nga nasulod sa usa ka biofilm, nga mopahuway samtang kini moagi sa nanopore channel ubos sa kalainan sa boltahe. Ang lahi nga electrical signal nga namugna sa lain-laing mga base sa DNA strand namatikdan ug giklasipikar sa tinuod nga panahon, nga nagpadali sa tukma ug padayon nga nucleotide sequencing. Kini nga bag-ong pamaagi nakabuntog sa mubo nga pagbasa nga mga limitasyon ug naghatag usa ka dinamikong plataporma alang sa makuti nga pagtuki sa genomic, lakip ang komplikado nga mga pagtuon sa transcriptomic, nga adunay dayon nga mga sangputanan.
Plataporma: Nanopore PromethION 48
-
Full-length mRNA sequencing -PacBio
Samtang ang pagsunud sa mRNA nga nakabase sa NGS usa ka daghang gamit nga himan alang sa pag-ihap sa ekspresyon sa gene, ang pagsalig niini sa mubu nga mga pagbasa nagpugong sa paggamit niini sa komplikado nga pag-analisar sa transcriptomic. Sa laing bahin, ang PacBio sequencing (Iso-Seq) naggamit sa dugay nga pagbasa nga teknolohiya, nga makapahimo sa pagkasunod-sunod sa full-length nga mRNA transcripts. Kini nga pamaagi nagpadali sa usa ka komprehensibo nga eksplorasyon sa alternatibong splicing, gene fusions, ug poly-adenylation. Bisan pa, adunay uban nga mga kapilian alang sa pag-ihap sa ekspresyon sa gene tungod sa taas nga kantidad sa datos nga gikinahanglan. Ang teknolohiya sa pagsunud sa PacBio nagsalig sa usa ka molekula, tinuod nga oras (SMRT) nga pagkasunud, nga naghatag usa ka lahi nga bentaha sa pagkuha sa tibuuk nga mga transkrip sa mRNA. Kini nga innovative nga pamaagi naglakip sa paggamit sa zero-mode waveguides (ZMWs) ug microfabricated wells nga makahimo sa real-time nga obserbasyon sa DNA polymerase nga kalihokan atol sa sequencing. Sulod niini nga mga ZMW, ang DNA polymerase sa PacBio nag-synthesize sa usa ka komplementaryong strand sa DNA, nga nagmugna og taas nga mga pagbasa nga naglangkob sa kinatibuk-an nga mga transcript sa mRNA. Ang operasyon sa PacBio sa Circular Consensus sequencing (CCS) mode nagpauswag sa katukma pinaagi sa balik-balik nga pagsunud sa parehas nga molekula. Ang namugna nga HiFi reads adunay tukma nga ikatandi sa NGS, dugang nga nakatampo sa usa ka komprehensibo ug kasaligan nga pagtuki sa komplikadong transcriptomic nga mga bahin.
Plataporma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
Ang pagsunud-sunod sa mRNA, usa ka daghag gamit nga teknolohiya, naghatag gahum sa komprehensibo nga profiling sa tanan nga mga transkrip sa mRNA sa sulod sa mga selyula sa ilawom sa piho nga mga kondisyon. Uban sa halapad nga mga aplikasyon niini, kining cutting-edge nga himan nagpadayag sa makuti nga mga profile sa ekspresyon sa gene, mga istruktura sa gene, ug mga mekanismo sa molekula nga nalangkit sa lain-laing biolohikal nga proseso. Kaylap nga gisagop sa pundamental nga panukiduki, clinical diagnostics, ug drug development, ang mRNA sequencing nagtanyag og mga pagsabot sa mga intricacies sa cellular dynamics ug genetic regulation, nga nagpukaw sa pagkamausisaon mahitungod sa potensyal niini sa nagkalain-laing natad.
Plataporma: Illumina NovaSeq X; DNSSEQ-T7
-
Non-Reference based mRNA Sequencing-NGS
Ang pagsunud sa mRNA naghatag gahum sa komprehensibo nga profiling sa tanan nga mga transcript sa mRNA sa sulod sa mga selyula sa ilawom sa piho nga mga kondisyon. Kining pinakabag-o nga teknolohiya nagsilbi nga usa ka kusgan nga himan, nagpadayag sa makuti nga mga profile sa ekspresyon sa gene, mga istruktura sa gene, ug mga mekanismo sa molekula nga may kalabutan sa lainlaing mga proseso sa biolohikal. Kaylap nga gisagop sa pundamental nga panukiduki, clinical diagnostics, ug drug development, ang mRNA sequencing nagtanyag og mga pagsabot sa mga intricacies sa cellular dynamics ug genetic regulation.
Plataporma: Illumina NovaSeq X; DNSSEQ-T7
-
Long Non-coding Sequencing-Illumina
Ang mga long non-coding RNAs (lncRNAs) mas taas kay sa 200 ka nucleotides nga adunay gamay nga coding potential ug mga importanteng elemento sulod sa non-coding RNA. Makit-an sa nucleus ug cytoplasm, kini nga mga RNA adunay hinungdanon nga papel sa epigenetic, transcriptional, ug post-transcriptional nga regulasyon, nga nagpasiugda sa ilang kamahinungdanon sa pagporma sa mga proseso sa cellular ug molekular. Ang LncRNA sequencing usa ka gamhanan nga himan sa Cell differentiation, Ontogenesis, ug Human nga mga sakit.
Plataporma: Illumina NovaSeq
-
Gamay nga RNA Sequencing-Illumina
Ang gagmay nga mga molekula sa RNA (sRNA), naglakip sa microRNAs (miRNAs), gagmay nga interfering RNAs (siRNAs), ug piwi-interacting RNAs (piRNAs). Taliwala niini, ang mga miRNA, mga 18-25 nga nucleotides ang gitas-on, labi nga hinungdanon alang sa ilang hinungdanon nga mga papel sa regulasyon sa lainlaing mga proseso sa cellular. Uban sa piho nga tisyu ug piho nga yugto sa ekspresyon nga mga pattern, ang mga miRNA nagpakita sa taas nga konserbasyon sa lainlaing mga espisye.
Plataporma: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Ang circular RNA sequencing (circRNA-seq) mao ang pag-profile ug pag-analisar sa mga circular RNA, usa ka klase sa mga molekula sa RNA nga nagporma og closed loops tungod sa non-canonical splicing nga mga panghitabo, nga naghatag niini nga RNA og dugang nga kalig-on. Samtang ang pipila ka mga circRNA gipakita nga molihok ingon nga microRNA nga mga espongha, nag-sequester sa mga microRNA ug nagpugong kanila sa pag-regulate sa ilang mga target nga mRNA, ang uban nga mga circRNA mahimong makig-uban sa mga protina, modulate nga ekspresyon sa gene, o adunay mga papel sa mga proseso sa cellular. Ang pag-analisa sa ekspresyon sa circRNA naghatag mga panan-aw sa mga papel sa regulasyon sa kini nga mga molekula ug ang ilang kamahinungdanon sa lainlaing mga proseso sa cellular, yugto sa pag-uswag, ug mga kondisyon sa sakit, nga nakatampo sa usa ka mas lawom nga pagsabut sa pagkakomplikado sa regulasyon sa RNA sa konteksto sa ekspresyon sa gene.
-
Tibuok Transcriptome Sequencing - Illumina
Ang tibuuk nga pagsunud sa transcriptome nagtanyag usa ka komprehensibo nga pamaagi sa pag-profile sa lainlaing mga molekula sa RNA, nga naglangkob sa coding (mRNA) ug non-coding RNAs (lncRNA, circRNA, ug miRNA). Gikuha sa kini nga teknik ang tibuuk nga transcriptome sa piho nga mga cell sa usa ka gihatag nga higayon, nga nagtugot alang sa usa ka holistic nga pagsabut sa mga proseso sa cellular. Nailhan usab nga "total RNA sequencing," kini nagtumong sa pag-unveil sa makuti nga mga regulatory network sa transcriptome level, nga makapahimo sa lawom nga pag-analisar sama sa kompetisyon nga endogenous RNA (ceRNA) ug joint RNA analysis. Kini nagtimaan sa inisyal nga lakang padulong sa functional characterization, labi na sa pag-unrave sa mga regulatory network nga naglambigit sa circRNA-miRNA-mRNA-based nga mga interaksyon sa ceRNA.
