-
Mga Toolkit
Ang BMKCloud usa ka nag-unang bioinformatic nga plataporma nga naghatag og one-stop nga solusyon alang sa genomic nga mga programa, nga kaylap nga gisaligan sa mga tigdukiduki sa nagkalain-laing arena lakip na ang medikal, agrikultura, kinaiyahan, ug uban pa. , computing resources, public database, bioinformtic online nga mga kurso, ug uban pa. mga galamiton sa genetiko, ncRNA, pagkontrol sa kalidad sa datos, asembliya, pag-align, pagkuha sa datos, mutation, statistics, figure generator, sequence analysis, ug uban pa.
-
De novo Bacterial Genome Assembly
Naghatag kami usa ka kompleto nga serbisyo sa pagpupulong sa genome sa bakterya, nga naggarantiya sa 0 nga mga gintang. Posible kini pinaagi sa pag-integrate sa dugay na nga pagbasa nga mga teknolohiya sa pagsunud-sunod, sama sa Nanopore ug PacBio para sa asembliya ug mubo nga pagbasa nga pagkasunodsunod sa Illumina alang sa pag-validate sa asembliya ug pagtul-id sa sayup sa mga pagbasa sa ONT. Ang among serbisyo naghatag sa kompleto nga bioinformatic workflow gikan sa asembliya, functional annotation, ug advanced bioinformatic analysis, pagtuman sa piho nga mga tumong sa panukiduki. Kini nga serbisyo makahimo sa pagpalambo sa tukma nga reference genome alang sa nagkalain-laing genetic ug genomic nga mga pagtuon. Dugang pa, kini nahimong basehan sa mga aplikasyon sama sa strain optimization, genetic engineering, ug microbial technology development, pagsiguro nga kasaligan ug walay gap-free genomic data nga hinungdanon alang sa pag-uswag sa siyentipikong pagsabot ug biotechnological innovation.
-
gamay nga RNA
Ang gagmay nga RNA kay tipo sa mugbo nga non-coding RNA nga adunay average nga gitas-on nga 18-30 nt, lakip ang miRNA, siRNA ug piRNA. Kining gagmay nga mga RNA kay dako nga gitaho nga nalambigit sa nagkalain-laing biological nga proseso sama sa mRNA degradation, translation inhibition, heterochromatin formation, ug uban pa. SmallRNA sequencing analysis kaylap nga gigamit sa mga pagtuon sa animal/plant development, disease, virus, etc. Ang sequencing analysis platform naglangkob sa standard analysis ug advanced data mining. Sa base sa datos sa RNA-seq, ang standard nga pag-analisa mahimong makab-ot ang pag-ila ug panagna sa miRNA, pagtagna sa target sa miRNA sa gene, annotation ug pagtuki sa ekspresyon. Ang advanced nga pag-analisa makapahimo sa gipahiangay nga pagpangita ug pagkuha sa miRNA, paghimo sa diagram sa Venn, miRNA ug pagtukod sa target nga gene network.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
Ang NGS-WGS usa ka tibuok genome re-sequencing analysis platform, nga gimugna base sa adunahang kasinatian sa Biomarker Technologies. Kining sayon gamiton nga plataporma nagtugot sa dali nga pagsumite sa usa ka integrated analysis workflow pinaagi lamang sa pagtakda sa pipila ka batakang parameter, nga mohaum sa DNA sequencing data nga namugna gikan sa Illumina platform ug BGI sequencing platform. Kini nga plataporma gipakatap sa high performance computing server, nga naghatag ug gahom sa episyente kaayo nga pagtuki sa datos sa limitado kaayong panahon. Ang personalized data mining anaa sa base sa standard analysis, lakip ang mutated gene query, PCR primer design, etc.
-
mRNA(Reperensya)
Ang Transcriptome mao ang sumpay tali sa genomic genetic nga impormasyon ug ang proteome sa biological function. Ang regulasyon sa lebel sa transkripsyon mao ang labing hinungdanon ug labing kaylap nga gitun-an nga mode sa regulasyon sa mga organismo. Ang transcriptome sequencing mahimong magsunodsunod sa transcriptome sa bisan unsang punto sa panahon o ubos sa bisan unsa nga kondisyon, nga adunay usa ka resolusyon nga tukma sa usa ka nucleotide. Kini mahimong dinamikong magpakita sa lebel sa transkripsyon sa gene, dungan nga makaila ug makaihap sa talagsaon ug normal nga mga transcript, ug maghatag sa istruktura nga impormasyon sa sample nga piho nga mga transcript.
Sa pagkakaron, ang teknolohiya sa transcriptome sequencing kay kaylap nga gigamit sa agronomy, medisina ug uban pang natad sa panukiduki, lakip na ang regulasyon sa pagpalambo sa hayop ug tanum, pagpahiangay sa kalikopan, interaksyon sa imyunidad, lokalisasyon sa gene, ebolusyon sa genetic sa espisye ug pagtuki sa tumor ug genetic nga sakit.
-
Metagenomics (NGS)
Kini nga plataporma sa pagtuki gidisenyo alang sa shotgun metagenomic data analysis base sa mga tuig nga kasinatian. Naglangkob kini sa integrated workflow nga adunay lain-laing mga kasagarang gikinahanglan nga metagenomics analysis lakip na ang pagproseso sa datos, mga pagtuon sa lebel sa espisye, mga pagtuon sa lebel sa function sa gene, metagenome binning, ug uban pa. , setting sa parameter, personalized figure generating, etc.
-
LncRNA
Ang mga long non-coding RNAs (lncRNA) maoy usa ka matang sa mga transcript nga adunay gitas-on nga mas taas kay sa 200 nt, nga dili maka-code sa mga protina. Ang natipon nga ebidensya nagsugyot nga kadaghanan sa mga lncRNA lagmit nga magamit. Ang high-throughput sequencing technologies ug bioinformatic analyzing tools naghatag ug gahom kanamo sa pagpadayag sa lncRNA sequence ug positioning information nga mas episyente ug mogiya kanamo sa pagdiskubre sa mga lncRNA nga adunay mahinungdanong regulatory functions. Mapasigarbuhon ang BMKCloud sa paghatag sa among mga kustomer nga lncRNA sequencing analysis platform aron makab-ot ang paspas, kasaligan ug flexible nga pagsusi sa lncRNA.
-
GWAS
Ang Genome-wide association study (GWAS) nagtumong sa pag-ila sa mga variant sa genetic (genotype) nga may kalabutan sa piho nga mga kinaiya (phenotype). Gisusi sa mga pagtuon sa GWA ang mga genetic marker nga nagtabok sa tibuuk nga genome sa daghang mga indibidwal ug nagtagna sa mga asosasyon sa genotype-phenotype pinaagi sa pagtuki sa istatistika sa lebel sa populasyon. Ang whole-genome resequencing posibling makadiskubre sa tanang genetic variants. Uban sa phenotypic data, ang GWAS mahimong maproseso aron mahibal-an ang mga SNP nga may kalabutan sa phenotype, QTL ug mga kandidato nga gene, nga kusganong nagpaluyo sa modernong pagpasanay sa hayop/tanom. Ang SLAF kay usa ka self-developed nga gipasimple nga genome sequencing nga estratehiya, nga nakadiskubre sa genome-wide distributed markers, SNP. Kini nga mga SNP, ingon nga molekula nga genetic marker, mahimong maproseso alang sa mga pagtuon sa asosasyon nga adunay gipunting nga mga kinaiya. Kini usa ka cost-effective nga estratehiya sa pag-ila sa mga komplikadong kinaiya nga may kalabutan sa genetic variation.
-
Nanopore Full-length transcriptomics
Ang komplikado ug lainlain nga alternatibong mga isoform sa mga organismo hinungdanon nga mekanismo sa genetic para sa pag-regulate sa ekspresyon sa gene ug pagkalainlain sa protina. Ang tukma nga pag-ila sa mga istruktura sa transcript mao ang sukaranan alang sa lawom nga pagtuon sa mga pattern sa regulasyon sa ekspresyon sa gene. Ang plataporma sa pagsunud sa Nanopore malampuson nga nagdala sa transcriptomic nga pagtuon sa lebel sa isoform. Kini nga plataporma sa pag-analisa kay gilaraw aron analisahon ang datos sa RNA-Seq nga namugna sa Nanopore nga plataporma base sa reference genome, nga nakab-ot ang qualitative ug quantitative nga pagtuki sa gene level ug transcripts level.
-
circ-RNA
Ang Circular RNA(circular) maoy usa ka matang sa non-coding RNA, nga bag-o lang nakit-an nga adunay importante nga papel sa regulatory networks nga nalangkit sa pagpalambo, environmental resistance, ug uban pa. Lahi sa linear RNA molecules, eg mRNA, lncRNA, 3′ ug 5′ Ang mga tumoy sa circRNA gidugtong aron mahimong usa ka lingin nga istruktura, nga makaluwas kanila gikan sa paghilis sa exonuclease ug mas lig-on kay sa kadaghanan sa linear RNA. Ang CircRNA nakit-an nga adunay lainlaing mga gimbuhaton sa pag-regulate sa ekspresyon sa gene. Ang CircRNA mahimo’g mahimo ingon ceRNA, nga nagbugkos sa miRNA nga kompetisyon, nailhan nga miRNA sponge. Ang plataporma sa pag-analisa sa pagsunud sa CircRNA naghatag gahum sa istruktura sa circRNA ug pagtuki sa ekspresyon, pagtagna sa target ug hiniusang pagtuki sa ubang mga lahi sa molekula sa RNA
-
BSA
Ang Bulked Segregant Analysis nga plataporma naglangkob sa usa ka lakang nga standard analysis ug advanced analysis nga adunay customized parameter setting. Ang BSA usa ka teknik nga gigamit aron dali nga mailhan ang mga phenotype nga may kalabotan nga genetic marker. Ang nag-unang dagan sa trabaho sa BSA naglangkob sa: 1. pagpili sa duha ka grupo sa mga indibidwal nga adunay hilabihang kaatbang nga mga phenotypes; 2. paghiusa sa DNA, RNA o SLAF-seq(Gihimo sa Biomarker) sa tanang indibidwal aron mahimong duha ka bulto sa DNA; 3. pag-ila sa mga pagkasunod-sunod sa kalainan batok sa reference genome o sa taliwala, 4. pagtagna sa mga kandidato nga nalambigit nga mga rehiyon pinaagi sa ED ug SNP-index algorithm; 5. Functional analysis ug enrichment sa mga gene sa mga kandidato nga rehiyon, ug uban pa. Mas abante nga pagmina sa datos lakip na ang genetic marker screening ug primer design anaa usab.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Ang plataporma sa Amplicon (16S/18S/ITS) gipalambo uban ang mga tuig nga kasinatian sa microbial diversity project analysis, nga naglangkob sa standardized basic analysis ug personalized analysis: basic analysis naglangkob sa mainstream analysis content sa kasamtangan nga microbial research, ang analysis content dato ug komprehensibo, ug ang mga resulta sa pagtuki gipresentar sa porma sa mga taho sa proyekto; Lainlain ang sulod sa personalized analysis. Ang mga sampol mahimong mapili ug ang mga parameter mahimong itakda nga flexible sumala sa sukaranan nga taho sa pagtuki ug katuyoan sa panukiduki, aron maamgohan ang personal nga mga kinahanglanon. Windows operating system, yano ug paspas.
-
Ebolusyonaryong Genetika
Ang Evolutionary Genetics usa ka komprehensibo nga serbisyo sa pagsunud-sunod nga gilaraw aron maghatag usa ka makahuluganon nga interpretasyon sa ebolusyon sa sulod sa usa ka dako nga grupo sa mga indibidwal, base sa mga kalainan sa genetic, lakip ang mga SNP, InDels, SV, ug CNV. Kini nga serbisyo naglangkob sa tanang importanteng pag-analisa nga gikinahanglan aron sa pagpatin-aw sa ebolusyonaryong mga pagbalhin ug genetic nga mga kinaiya sa mga populasyon, lakip ang mga pagtasa sa istruktura sa populasyon, genetic diversity, ug phylogenetic nga mga relasyon. Dugang pa, gisusi niini ang mga pagtuon sa dagan sa gene, nga makapaarang sa pagbanabana sa epektibo nga gidak-on sa populasyon ug oras sa pagkalainlain. Ang mga pagtuon sa ebolusyonaryong genetics naghatag ug bililhong pagsabot sa mga sinugdanan ug pagpahaom sa mga espisye.
Sa BMKGENE, nagtanyag kami og duha ka paagi sa pagpahigayon og evolutionary genetics studies sa dagkong populasyon: paggamit sa whole-genome sequencing (WGS) o pagpili sa pagkunhod sa representasyon nga genome sequencing method, ang in-house-developed Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Samtang ang WGS mohaum sa mas gagmay nga mga genome, ang SLAF mitumaw isip usa ka cost-effective nga alternatibo alang sa pagtuon sa mas dagkong mga populasyon nga adunay mas taas nga genome, nga epektibo nga nagpamenos sa mga gasto sa pagsunud-sunod.
