-
Metagenomic Sequencing -NGS
Ang metagenome usa ka koleksyon sa kinatibuk-ang genetic nga materyal sa usa ka nagkasagol nga komunidad sa mga organismo, sama sa mga metagenom sa kinaiyahan ug sa tawo. Naglangkob kini sa mga genome sa parehas nga maugmad ug dili maugmad nga mga mikroorganismo. Ang Shotgun metagenomic sequencing uban sa NGS makahimo sa pagtuon niining makuti nga genomic nga mga talan-awon nga na-embed sa mga sample sa kalikopan pinaagi sa paghatag labaw pa sa taxonomic profiling, nga naghatag usab og granular nga mga panabut sa pagkalain-lain sa mga espisye, abundance dynamics, ug komplikadong mga istruktura sa populasyon. Labaw sa mga pagtuon sa taxonomic, ang shotgun metagenomics nagtanyag usab usa ka functional genomics nga perspektibo, nga makapahimo sa pagsuhid sa mga naka-encode nga mga gene ug sa ilang mga papel sa mga proseso sa ekolohiya. Sa katapusan, ang pag-establisar sa mga network sa correlation tali sa genetic nga mga elemento ug environmental nga mga hinungdan nakatampo sa usa ka holistic nga pagsabut sa makuti nga interplay tali sa microbial nga mga komunidad ug sa ilang ecological background. Sa konklusyon, ang metagenomic sequencing nagbarug isip usa ka importante nga instrumento alang sa pag-unrave sa genomic intricacies sa nagkalain-laing microbial nga mga komunidad, nga nagdan-ag sa multifaceted nga relasyon tali sa genetics ug ecology sulod niining komplikado nga ekosistema.
Mga plataporma: Illumina NovaSeq ug DNBSEQ-T7
-
Metagenomic Sequencing-TGS
Ang metagenome usa ka koleksyon sa genetic nga materyal sa usa ka nagkasagol nga komunidad sa mga organismo, sama sa mga metagenome sa kinaiyahan ug sa tawo. Naglangkob kini sa mga genome sa parehas nga maugmad ug dili maugmad nga mga mikroorganismo. Ang metagenomic sequencing makahimo sa pagtuon niining makuti nga genomic nga mga talan-awon nga nasulod sa ekolohikal nga mga sampol pinaagi sa paghatag ug labaw pa sa taxonomic profiling. Nagtanyag usab kini og usa ka functional genomics nga perspektibo pinaagi sa pagsuhid sa mga naka-encode nga mga gene ug sa ilang mga papel sa mga proseso sa kinaiyahan. Samtang ang tradisyonal nga mga pamaagi sa shotgun nga adunay pagsunud sa Illumina kaylap nga gigamit sa mga pagtuon sa metagenomic, ang pag-abut sa Nanopore ug PacBio nga dugay nang nabasa nga pagkasunud-sunod nakapausab sa natad. Ang Nanopore ug PacBio nga teknolohiya nagpalambo sa downstream bioinformatic analyses, ilabina ang metagenome assembly, nga nagsiguro sa mas padayon nga mga asembliya. Gipakita sa mga taho nga ang metagenomics nga nakabase sa Nanopore ug ang nakabase sa PacBio malampuson nga nakamugna og kompleto ug sirado nga mga genome sa bakterya gikan sa mga komplikadong microbiome (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Ang paghiusa sa mga pagbasa sa Nanopore sa pagbasa sa Illumina naghatag usa ka estratehikong pamaagi alang sa pagtul-id sa sayup, pagpagaan sa kinaiyanhon nga ubos nga katukma sa Nanopore. Kini nga synergistic nga kombinasyon naggamit sa mga kusog sa matag sequencing platform, nga nagtanyag usa ka lig-on nga solusyon aron mabuntog ang mga potensyal nga limitasyon ug pagpauswag sa katukma ug kasaligan sa mga pag-analisar sa metagenomic.
Plataporma: Nanopore PromethION 48, Illumia ug PacBio Revio
-
Tibuok genome bisulfite sequencing (WGBS)
Ang Tibuok Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) nagbarog ingon nga gold-standard nga metodolohiya alang sa lawom nga pagsuhid sa DNA methylation, ilabi na ang ikalima nga posisyon sa cytosine (5-mC), usa ka pivotal regulator sa gene expression ug cellular activity. Ang prinsipyo nga nagpahipi sa WGBS naglakip sa bisulfite nga pagtambal, nga nag-aghat sa pagkakabig sa unmethylated cytosines ngadto sa uracil (C to U), samtang gibiyaan ang methylated cytosines nga wala mausab. Kini nga teknik nagtanyag usa ka base nga resolusyon, nga nagtugot sa mga tigdukiduki nga komprehensibo nga mag-imbestiga sa methylome ug madiskubre ang dili normal nga mga pattern sa methylation nga adunay kalabotan sa lainlaing mga kondisyon, labi na ang kanser. Pinaagi sa paggamit sa WGBS, ang mga siyentipiko makakuha og dili hitupngan nga mga panabut sa genome-wide methylation landscapes, nga naghatag ug nuanced nga pagsabot sa epigenetic nga mga mekanismo nga nagpailalum sa lain-laing biological nga proseso ug mga sakit.
-
Pagsusi alang sa Transposase-Accessible Chromatin nga adunay High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
Ang ATAC-seq usa ka high-throughput sequencing technique nga gigamit alang sa genome-wide chromatin accessibility analysis. Ang paggamit niini naghatag og mas lawom nga pagsabot sa mga komplikadong mekanismo sa global epigenetic control sa gene expression. Ang pamaagi naggamit sa usa ka hyperactive Tn5 transposase aron dungan nga magbahin ug mag-tag sa bukas nga mga rehiyon sa chromatin pinaagi sa pagsal-ot sa mga sequencing adapter. Ang sunod nga PCR amplification nagresulta sa paghimo sa usa ka sequencing library, nga nagtugot alang sa komprehensibo nga pag-ila sa bukas nga mga rehiyon sa chromatin ubos sa piho nga mga kondisyon sa space-time. Naghatag ang ATAC-seq og usa ka holistic nga pagtan-aw sa ma-access nga chromatin landscapes, dili sama sa mga pamaagi nga nagpunting lamang sa transcription factor binding sites o piho nga histone-modified nga mga rehiyon. Pinaagi sa pagsunud sa kini nga bukas nga mga rehiyon sa chromatin, gipadayag sa ATAC-seq ang mga rehiyon nga mas lagmit nga aktibo nga mga sunud-sunod nga regulasyon ug potensyal nga mga transcription factor nga nagbugkos nga mga site, nga nagtanyag hinungdanon nga mga panan-aw sa dinamikong modulasyon sa ekspresyon sa gene sa tibuuk nga genome.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Ang 16S ug 18S rRNA nga mga gene, kauban ang Internal Trancribed Spacer (ITS) nga rehiyon, nagsilbing pivotal molecular fingerprinting marker tungod sa ilang kombinasyon sa labi ka konserbado ug hyper-variable nga mga rehiyon, nga naghimo kanila nga bililhon nga mga himan alang sa pagkilala sa prokaryotic ug eukaryotic nga mga organismo. Ang pagpadako ug pagkasunud-sunod sa kini nga mga rehiyon nagtanyag usa ka pamaagi nga wala’y pagbulag alang sa pag-imbestiga sa komposisyon sa microbial ug pagkalainlain sa lainlaing mga ekosistema. Samtang ang pagsunud sa Illumina kasagarang gipunting ang mubu nga hypervariable nga mga rehiyon sama sa V3-V4 sa 16S ug ITS1, gipakita nga ang labing maayo nga annotation sa taxonomic makab-ot pinaagi sa pagsunud sa tibuuk nga gitas-on sa 16S, 18S, ug ITS. Kini nga komprehensibo nga pamaagi nagresulta sa mas taas nga porsyento sa tukma nga giklasipikar nga mga han-ay, pagkab-ot sa usa ka lebel sa resolusyon nga moabot sa pag-ila sa mga espisye. Ang PacBio's Single-Molecule Real-Time (SMRT) sequencing platform nagbarug pinaagi sa paghatag og tukma kaayo nga taas nga pagbasa (HiFi) nga naglangkob sa tibuok nga gitas-on nga mga amplicon, nga nag-indigay sa katukma sa Illumina sequencing. Kini nga kapabilidad nagtugot sa mga tigdukiduki nga makab-ot ang usa ka dili hitupngan nga bentaha - usa ka panoramic nga pagtan-aw sa genetic nga talan-awon. Ang gipalapdan nga sakup labi nga nagpataas sa resolusyon sa anotasyon sa mga espisye, labi na sa sulod sa mga komunidad sa bakterya o fungal, nga nagpaarang sa usa ka labi ka lawom nga pagsabut sa mga kakuti sa mga populasyon sa microbial.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Ang pagsunud-sunod sa Amplicon gamit ang teknolohiya sa Illumina, partikular nga gipunting ang 16S, 18S, ug ITS nga mga marka sa genetic, usa ka kusgan nga pamaagi sa pag-unraveling sa phylogeny, taxonomy, ug kadaghan sa mga espisye sa sulod sa mga komunidad sa microbial. Kini nga pamaagi naglakip sa pagsunud sa hypervariable nga mga rehiyon sa housekeeping genetic marker. Orihinal nga gipaila ingon usa ka molekular nga fingerprint niWoeses et alsa 1977, kini nga teknik nagbag-o sa microbiome profiling pinaagi sa pagpagana sa isolation-free nga pag-analisar. Pinaagi sa pagkasunodsunod sa 16S (bakterya), 18S (fungi), ug Internal Transcribed Spacer (ITS, fungi), mailhan sa mga tigdukiduki dili lamang ang daghang mga espisye kondili ang mga talagsaon ug wala mailhi. Kaylap nga gisagop isip usa ka importante nga himan, ang amplicon sequencing nahimong instrumento sa pag-ila sa differential microbial compositions sa lain-laing mga palibot, lakip na ang baba sa tawo, mga tinai, stool, ug uban pa.
-
Bacterial ug Fungal Whole Genome Re-Sequencing
Ang bacterial ug fungal whole-genome re-sequencing nga mga proyekto hinungdanon alang sa pagpauswag sa microbial genomics pinaagi sa pagpagana sa pagkompleto ug pagtandi sa microbial genome. Gipadali niini ang fermentation engineering, ang pag-optimize sa mga proseso sa industriya, ug ang pagsuhid sa mga sekondaryang agianan sa metabolismo. Dugang pa, ang fungal ug bacterial re-sequencing hinungdanon alang sa pagsabot sa pagpahaom sa kinaiyahan, pag-optimize sa mga strain, ug pagpadayag sa genetic evolution dynamics, nga adunay halapad nga implikasyon sa medisina, agrikultura, ug environmental science.
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Ang plataporma sa Amplicon (16S/18S/ITS) gipalambo uban ang mga tuig nga kasinatian sa microbial diversity project analysis, nga naglangkob sa standardized basic analysis ug personalized analysis: basic analysis naglangkob sa mainstream analysis content sa kasamtangan nga microbial research, ang analysis content dato ug komprehensibo, ug ang mga resulta sa pagtuki gipresentar sa porma sa mga taho sa proyekto; Lainlain ang sulod sa personalized analysis. Ang mga sampol mahimong mapili ug ang mga parameter mahimong itakda nga flexible sumala sa sukaranan nga taho sa pagtuki ug katuyoan sa panukiduki, aron maamgohan ang personal nga mga kinahanglanon. Windows operating system, yano ug paspas.
-
PacBio-Full-length Transcriptome (Dili Reference)
Ang pagkuha sa Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sequencing data isip input, kini nga App makahimo sa pag-ila sa bug-os nga gitas-on nga transcript sequences (nga walay assembly). Pinaagi sa pagmapa sa bug-os nga gitas-on nga mga han-ay batok sa reference genome, ang mga transcript mahimong ma-optimize sa nailhan nga mga gene, transcript, coding nga mga rehiyon, ug uban pa. Niini nga kaso, mas tukma nga pag-ila sa mga istruktura sa mRNA, sama sa alternatibong splicing, ug uban pa, mahimong makab-ot. Ang hiniusang pagtuki uban sa NGS transcriptome sequencing data makahimo sa mas komprehensibo nga annotation ug mas tukma nga quantification sa ekspresyon sa transcript level, nga kadaghanan nakabenepisyo sa downstream differential expression ug functional analysis.
-
Gipamub-an ang Representasyon sa Bisulfite Sequencing (RRBS)
Ang Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) mitumaw isip usa ka cost-effective ug episyente nga alternatibo sa Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) sa DNA methylation research. Samtang ang WGBS naghatag komprehensibo nga mga panabut pinaagi sa pagsusi sa tibuuk nga genome sa usa ka base nga resolusyon, ang taas nga gasto niini mahimong usa ka limitasyon nga hinungdan. Ang RRBS estratehikong nagpagaan niini nga hagit pinaagi sa pinili nga pag-analisar sa usa ka representante nga bahin sa genome. Kini nga pamaagi nagsalig sa pagpauswag sa mga rehiyon nga adunahan sa isla sa CpG pinaagi sa cleavage sa MspI nga gisundan sa pagpili sa gidak-on nga 200-500/600 bps nga mga tipik. Tungod niini, ang mga rehiyon lamang nga duol sa mga isla sa CpG ang gisunod-sunod, samtang ang mga adunay layo nga mga isla sa CpG wala iapil sa pagtuki. Kini nga proseso, inubanan sa bisulfite sequencing, nagtugot alang sa high-resolution detection sa DNA methylation, ug ang sequencing approach, PE150, nagtutok ilabi na sa mga tumoy sa mga insert kay sa tunga-tunga, nga nagdugang sa efficiency sa methylation profiling. Ang RRBS usa ka bililhon nga himan nga makahimo sa gasto nga epektibo nga panukiduki sa DNA methylation ug pagpauswag sa kahibalo sa mga mekanismo sa epigenetic.
-
Prokaryotic RNA Sequencing
Ang pagsunud sa RNA naghatag gahum sa komprehensibo nga profiling sa tanan nga mga transcript sa RNA sa sulod sa mga selyula sa ilawom sa piho nga mga kondisyon. Kining pinakabag-o nga teknolohiya nagsilbi nga usa ka kusgan nga himan, nagpadayag sa makuti nga mga profile sa ekspresyon sa gene, mga istruktura sa gene, ug mga mekanismo sa molekula nga may kalabutan sa lainlaing mga proseso sa biolohikal. Kaylap nga gisagop sa pundamental nga panukiduki, clinical diagnostics, ug drug development, ang RNA sequencing nagtanyag og mga pagsabot sa mga intricacies sa cellular dynamics ug genetic regulation. Ang among prokaryotic RNA sample processing gipahaom alang sa prokaryotic transcriptome, nga naglakip sa rRNA depletion ug directional library preparation.
Plataporma: Illumina NovaSeq
-
Metatranscriptome Sequencing
Gigamit ang teknolohiya sa pagsunud-sunod sa Illumina, ang serbisyo sa metatranscriptome sequencing sa BMKGENE nagpadayag sa dinamikong ekspresyon sa gene sa lainlain nga han-ay sa mga mikrobyo, nga naglangkob sa mga eukaryote hangtod sa mga prokaryote ug mga virus, sulod sa natural nga palibot sama sa yuta, tubig, dagat, stool, ug gut. Ang among komprehensibo nga serbisyo naghatag gahum sa mga tigdukiduki sa pagsusi sa kompleto nga mga profile sa ekspresyon sa gene sa komplikado nga mga komunidad sa microbial. Labaw pa sa pag-analisa sa taxonomic, ang among metatranscriptome sequencing nga serbisyo nagpadali sa pagsuhid sa pagpaayo sa pagpaandar, paghatag kahayag sa mga lahi nga gipahayag nga mga gene ug ang ilang mga tahas. Pagdiskubre sa daghang biolohikal nga mga panabut samtang nag-navigate ka sa komplikado nga mga talan-awon sa ekspresyon sa gene, pagkalainlain sa taxonomic, ug dinamikong pag-andar sa sulod niining lainlaing mga niche sa kalikopan.
-
De novo Fungal Genome Assembly
Nagtanyag ang BMKGENE og daghang mga solusyon alang sa mga genome sa fungal, nagsilbi sa lainlaing mga panginahanglanon sa panukiduki ug gitinguha nga pagkakompleto sa genome. Ang paggamit sa mubo nga pagbasa nga pagsunud sa Illumina nga nag-inusara nagtugot sa paghimo sa usa ka draft genome. Ang mubo nga pagbasa ug dugay nga pagbasa nga pagkasunodsunod gamit ang Nanopore o Pacbio gihiusa alang sa usa ka mas dalisay nga fungal genome nga adunay mas taas nga contigs. Dugang pa, ang pag-integrate sa Hi-C sequencing dugang nga nagpauswag sa mga kapabilidad, nga makapahimo sa pagkab-ot sa usa ka kompleto nga chromosome-level genome.
