-
Pagtuki sa Genome-wide Association
Ang tumong sa Genome-Wide Association Studies (GWAS) mao ang pag-ila sa genetic variants (genotypes) nga nalambigit sa piho nga mga kinaiya (phenotypes). Pinaagi sa pag-usisa sa mga genetic marker sa tibuok genome sa daghang mga indibidwal, ang GWAS nag-extrapolate sa mga asosasyon sa genotype-phenotype pinaagi sa lebel sa populasyon nga statistical analysis. Kini nga metodolohiya nakakaplag ug halapad nga aplikasyon sa pagpanukiduki sa mga sakit sa tawo ug pagsuhid sa functional genes nga may kalabutan sa komplikadong mga kinaiya sa mga mananap o mga tanom.
Sa BMKGENE, nagtanyag kami og duha ka mga paagi sa pagpahigayon sa GWAS sa dagkong populasyon: paggamit sa Whole-Genome Sequencing (WGS) o pagpili alang sa usa ka pagkunhod sa representasyon nga genome sequencing nga pamaagi, ang in-house-developed nga Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Samtang ang WGS mohaum sa mas gagmay nga mga genome, ang SLAF mitumaw isip usa ka cost-effective nga alternatibo alang sa pagtuon sa mas dagkong mga populasyon nga adunay mas taas nga genome, epektibo nga pagpamenos sa mga gasto sa pagkasunodsunod, samtang naggarantiya sa usa ka taas nga genetic marker discovery efficiency.
-
Tanum/Animal Tibuok Genome Sequencing
Ang Whole Genome Sequencing (WGS), nailhan usab nga resequencing, nagtumong sa tibuok genome sequencing sa lain-laing mga indibidwal sa mga espisye nga adunay nailhan nga reference genome. Niini nga basehan, ang genomic nga mga kalainan sa mga indibidwal o populasyon mahimong mas mailhan. Gitugotan sa WGS ang pag-ila sa Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure variation (SV), ug Copy Number Variation (CNV). Ang mga SV naglangkob sa usa ka mas dako nga bahin sa base sa kalainan kaysa sa mga SNP ug adunay mas dako nga epekto sa genome, nga nakaapekto sa mga buhing organismo. Samtang ang mubo nga pagbasa nga resequencing epektibo sa pag-ila sa mga SNP ug InDels, ang dugay nga pagbasa nga resequencing nagtugot alang sa mas tukma nga pag-ila sa dagkong mga tipik ug komplikado nga mga kalainan.
-
Ebolusyonaryong Genetika
Ang Evolutionary Genetics usa ka komprehensibo nga serbisyo sa pagsunud-sunod nga gilaraw aron maghatag usa ka makahuluganon nga interpretasyon sa ebolusyon sa sulod sa usa ka dako nga grupo sa mga indibidwal, base sa mga kalainan sa genetic, lakip ang mga SNP, InDels, SV, ug CNV. Kini nga serbisyo naglangkob sa tanang importanteng pag-analisa nga gikinahanglan aron sa pagpatin-aw sa ebolusyonaryong mga pagbalhin ug genetic nga mga kinaiya sa mga populasyon, lakip ang mga pagtasa sa istruktura sa populasyon, genetic diversity, ug phylogenetic nga mga relasyon. Dugang pa, gisusi niini ang mga pagtuon sa dagan sa gene, nga makapaarang sa pagbanabana sa epektibo nga gidak-on sa populasyon ug oras sa pagkalainlain. Ang mga pagtuon sa ebolusyonaryong genetics naghatag ug bililhong pagsabot sa mga sinugdanan ug pagpahaom sa mga espisye.
Sa BMKGENE, nagtanyag kami og duha ka paagi sa pagpahigayon og evolutionary genetics studies sa dagkong populasyon: paggamit sa whole-genome sequencing (WGS) o pagpili sa pagkunhod sa representasyon nga genome sequencing method, ang in-house-developed Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Samtang ang WGS mohaum sa mas gagmay nga mga genome, ang SLAF mitumaw isip usa ka cost-effective nga alternatibo alang sa pagtuon sa mas dagkong mga populasyon nga adunay mas taas nga genome, nga epektibo nga nagpamenos sa mga gasto sa pagsunud-sunod.
-
Comparative Genomics
Ang comparative genomics naglakip sa pagsusi ug pagtandi sa tibuok genome sequence ug istruktura sa lain-laing mga espisye. Kini nga natad nagtinguha sa pagpadayag sa ebolusyon sa mga espisye, pag-decode sa mga function sa gene, ug pagpatin-aw sa genetic regulatory mechanisms pinaagi sa pag-ila sa gitipigan o divergent sequence structures ug mga elemento sa lain-laing mga organismo. Ang usa ka komprehensibo nga pagtandi nga pagtuon sa genomics naglangkob sa mga pag-analisar sama sa mga pamilya sa gene, pag-uswag sa ebolusyon, mga panghitabo sa pagdoble sa tibuuk nga genome, ug ang epekto sa mga pinili nga pagpamugos.
-
Hi-C Based Genome Assembly
Ang Hi-C usa ka pamaagi nga gidisenyo aron makuha ang chromosome configuration pinaagi sa paghiusa sa probing proximity-based nga interaksyon ug high-throughput sequencing. Ang intensity niini nga mga interaksyon gituohan nga negatibo nga may kalabutan sa pisikal nga gilay-on sa mga chromosome. Busa, ang Hi-C nga datos gigamit sa paggiya sa pag-cluster, pag-order, ug pag-orient sa mga assembled sequence sa usa ka draft genome ug pag-angkla niadtong sa usa ka piho nga gidaghanon sa mga chromosome. Kini nga teknolohiya naghatag gahum sa usa ka chromosome-level genome assembly kung wala ang usa ka mapa sa genetic nga nakabase sa populasyon. Ang matag genome nanginahanglan usa ka Hi-C.
-
Pagsunodsunod sa Genome sa Tanum/Animal De Novo
De NovoAng sequencing nagtumong sa pagtukod sa tibuok genome sa usa ka espisye gamit ang mga teknolohiya sa sequencing kung walay reference genome. Ang pagpaila ug kaylap nga pagsagop sa ikatulo nga henerasyon nga pagsunud-sunod, nga adunay mas taas nga mga pagbasa, labi nga nakapauswag sa genome nga asembliya pinaagi sa pagdugang sa pagsapaw taliwala sa mga pagbasa. Ang kini nga pag-uswag labi ka hinungdanon kung mag-atubang sa mga mahagiton nga genome, sama sa mga nagpakita sa taas nga heterozygosity, taas nga ratio sa nagbalik-balik nga mga rehiyon, polyploid, ug mga rehiyon nga adunay nagbalik-balik nga mga elemento, dili normal nga sulud sa GC, o taas nga pagkakomplikado nga kasagaran dili maayo nga natipon gamit ang mubo nga pagbasa nga pagkasunod-sunod. nag-inusara.
Ang among one-stop nga solusyon naghatag ug integrated sequencing services ug bioinformatic analysis nga naghatag ug de-kalidad nga de novo assembled genome. Usa ka inisyal nga survey sa genome uban sa Illumina naghatag ug mga banabana sa gidak-on ug kakomplikado sa genome, ug kini nga impormasyon gigamit sa paggiya sa sunod nga lakang sa dugay na nga pagbasa nga pagkasunodsunod sa PacBio HiFi, gisundan sade novoasembliya sa contigs. Ang sunod nga paggamit sa HiC nga asembliya makapahimo sa pag-angkla sa mga contigs sa genome, nga makakuha og chromosome-level assembly. Sa katapusan, ang genome gi-annotate pinaagi sa pagtagna sa gene ug pinaagi sa pagsunud sa gipahayag nga mga gene, nga gigamit ang mga transcriptome nga adunay mubo ug taas nga pagbasa.
-
Tawo nga Tibuok Exome Sequencing
Ang Human Whole exome sequencing (hWES) kaylap nga giila isip usa ka cost-effective ug gamhanan nga sequencing approach para sa pagtino sa mutation nga hinungdan sa sakit. Bisan pa nga naglangkob lamang sa mga 1.7% sa tibuok genome, ang mga exon adunay importante nga papel pinaagi sa direktang pagpakita sa profile sa kinatibuk-ang function sa protina. Ilabi na, sa genome sa tawo, labaw sa 85% sa mga mutasyon nga may kalabutan sa mga sakit nga makita sa sulod sa mga rehiyon sa pag-coding sa protina. Nagtanyag ang BMKGENE og usa ka komprehensibo ug flexible nga serbisyo sa pagsunud sa exome sa tawo nga adunay duha ka lainlaing mga estratehiya sa pagkuha sa exon nga magamit aron makab-ot ang lainlaing mga katuyoan sa panukiduki.
-
Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Ang high-throughput genotyping, ilabina sa dagkong populasyon, maoy sukaranang lakang sa genetic association studies ug naghatag ug genetic nga basehan para sa functional gene discovery, evolutionary analysis, ug uban pa. Imbes sa lawom nga tibuok genome re-sequencing,Gipakunhod ang Representasyon sa Genome Sequencing (RRGS)sagad gigamit sa kini nga mga pagtuon aron maminusan ang pagsunud sa gasto sa matag sample samtang gipadayon ang makatarunganon nga kahusayan sa pagdiskobre sa genetic marker. Nakab-ot kini sa RRGS pinaagi sa paghilis sa DNA nga adunay mga restriction enzymes ug pagtutok sa usa ka piho nga gidak-on sa gidak-on sa tipik, sa ingon nagsunud-sunod lamang sa usa ka tipik sa genome. Taliwala sa lainlain nga mga pamaagi sa RRGS, ang Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF) usa ka napasadya ug taas nga kalidad nga pamaagi. Kini nga pamaagi, nga gihimo nga independente sa BMKGene, nag-optimize sa restriction enzyme nga gitakda alang sa matag proyekto. Gipaneguro niini ang pagmugna og daghang ihap sa mga tag sa SLAF (400-500 bps nga mga rehiyon sa genome nga gisunod-sunod) nga parehas nga giapod-apod sa tibuuk nga genome samtang epektibo nga naglikay sa nagbalikbalik nga mga rehiyon, sa ingon nagsiguro sa labing kaayo nga pagdiskobre sa genetic marker.
