-
Hi-C nga nakabase sa Chromatin Interaction
Ang Hi-C usa ka pamaagi nga gidisenyo aron makuha ang genomic configuration pinaagi sa paghiusa sa probing proximity-based nga interaksyon ug high-throughput sequencing. Ang pamaagi gibase sa chromatin crosslinking sa formaldehyde, gisundan sa digestion ug re-ligation sa paagi nga ang mga fragment lang nga covalently linked maoy maporma nga ligation products. Pinaagi sa pagsunud sa kini nga mga produkto sa ligation, posible nga tun-an ang 3D nga organisasyon sa genome. Gitugotan sa Hi-C ang pagtuon sa pag-apod-apod sa mga bahin sa genome nga gaan nga giputos (A compartments, euchromatin) ug mas lagmit nga transcriptionally aktibo, ug ang mga rehiyon nga mas hugot nga giputos (B compartments, Heterochromatin). Ang Hi-C mahimo usab nga gamiton sa pagpunting sa mga Topologically Associated Domains (TADs), mga rehiyon sa genome nga adunay napilo nga mga istruktura ug lagmit adunay parehas nga mga pattern sa ekspresyon, ug aron mahibal-an ang mga chromatin loop, mga rehiyon sa DNA nga gidugtong sa mga protina ug kana. kanunay nga gipadato sa mga elemento sa regulasyon. Ang serbisyo sa pagsunud sa Hi-C sa BMKGene naghatag gahum sa mga tigdukiduki sa pag-usisa sa mga spatial nga sukat sa genomics, nagbukas sa mga bag-ong paagi aron masabtan ang regulasyon sa genome ug ang mga implikasyon niini sa kahimsog ug sakit.
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Ang Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) usa ka teknik nga naggamit sa mga antibodies aron pilion nga mapauswag ang mga protina nga nagbugkos sa DNA ug ang ilang katugbang nga mga target sa genomics. Ang integrasyon niini sa NGS makahimo sa genome-wide profiling sa mga target sa DNA nga nalangkit sa pagbag-o sa histone, transcription factor, ug uban pang DNA-binding proteins. Kini nga dinamikong pamaagi makahimo sa pagtandi sa mga nagbugkos nga mga site sa lainlaing mga tipo sa selula, tisyu, o kondisyon. Ang mga aplikasyon sa ChIP-Seq gikan sa pagtuon sa regulasyon sa transkripsyon ug mga agianan sa pag-uswag hangtod sa pagpatin-aw sa mga mekanismo sa sakit, nga gihimo kini nga usa ka kinahanglanon nga himan alang sa pagsabut sa mga talan-awon sa regulasyon sa genomic ug pagpauswag sa mga panabut sa pagtambal.
Plataporma: Illumina NovaSeq
-
Tibuok genome bisulfite sequencing (WGBS)
Ang Tibuok Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) nagbarog ingon nga gold-standard nga metodolohiya alang sa lawom nga pagsuhid sa DNA methylation, ilabi na ang ikalima nga posisyon sa cytosine (5-mC), usa ka pivotal regulator sa gene expression ug cellular activity. Ang prinsipyo nga nagpahipi sa WGBS naglakip sa bisulfite nga pagtambal, nga nag-aghat sa pagkakabig sa unmethylated cytosines ngadto sa uracil (C to U), samtang gibiyaan ang methylated cytosines nga wala mausab. Kini nga teknik nagtanyag usa ka base nga resolusyon, nga nagtugot sa mga tigdukiduki nga komprehensibo nga mag-imbestiga sa methylome ug madiskubre ang dili normal nga mga pattern sa methylation nga adunay kalabotan sa lainlaing mga kondisyon, labi na ang kanser. Pinaagi sa paggamit sa WGBS, ang mga siyentipiko makakuha og dili hitupngan nga mga panabut sa genome-wide methylation landscapes, nga naghatag ug nuanced nga pagsabot sa epigenetic nga mga mekanismo nga nagpailalum sa lain-laing biological nga proseso ug mga sakit.
-
Pagsusi alang sa Transposase-Accessible Chromatin nga adunay High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
Ang ATAC-seq usa ka high-throughput sequencing technique nga gigamit alang sa genome-wide chromatin accessibility analysis. Ang paggamit niini naghatag og mas lawom nga pagsabot sa mga komplikadong mekanismo sa global epigenetic control sa gene expression. Ang pamaagi naggamit sa usa ka hyperactive Tn5 transposase aron dungan nga magbahin ug mag-tag sa bukas nga mga rehiyon sa chromatin pinaagi sa pagsal-ot sa mga sequencing adapter. Ang sunod nga PCR amplification nagresulta sa paghimo sa usa ka sequencing library, nga nagtugot alang sa komprehensibo nga pag-ila sa bukas nga mga rehiyon sa chromatin ubos sa piho nga mga kondisyon sa space-time. Naghatag ang ATAC-seq og usa ka holistic nga pagtan-aw sa ma-access nga chromatin landscapes, dili sama sa mga pamaagi nga nagpunting lamang sa transcription factor binding sites o piho nga histone-modified nga mga rehiyon. Pinaagi sa pagsunud sa kini nga bukas nga mga rehiyon sa chromatin, gipadayag sa ATAC-seq ang mga rehiyon nga mas lagmit nga aktibo nga mga sunud-sunod nga regulasyon ug potensyal nga mga transcription factor nga nagbugkos nga mga site, nga nagtanyag hinungdanon nga mga panan-aw sa dinamikong modulasyon sa ekspresyon sa gene sa tibuuk nga genome.
-
Gipamub-an ang Representasyon sa Bisulfite Sequencing (RRBS)
Ang Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) mitumaw isip usa ka cost-effective ug episyente nga alternatibo sa Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) sa DNA methylation research. Samtang ang WGBS naghatag komprehensibo nga mga panabut pinaagi sa pagsusi sa tibuuk nga genome sa usa ka base nga resolusyon, ang taas nga gasto niini mahimong usa ka limitasyon nga hinungdan. Ang RRBS estratehikong nagpagaan niini nga hagit pinaagi sa pinili nga pag-analisar sa usa ka representante nga bahin sa genome. Kini nga pamaagi nagsalig sa pagpauswag sa mga rehiyon nga adunahan sa isla sa CpG pinaagi sa cleavage sa MspI nga gisundan sa pagpili sa gidak-on nga 200-500/600 bps nga mga tipik. Tungod niini, ang mga rehiyon lamang nga duol sa mga isla sa CpG ang gisunod-sunod, samtang ang mga adunay layo nga mga isla sa CpG wala iapil sa pagtuki. Kini nga proseso, inubanan sa bisulfite sequencing, nagtugot alang sa high-resolution detection sa DNA methylation, ug ang sequencing approach, PE150, nagtutok ilabi na sa mga tumoy sa mga insert kay sa tunga-tunga, nga nagdugang sa efficiency sa methylation profiling. Ang RRBS usa ka bililhon nga himan nga makahimo sa gasto nga epektibo nga panukiduki sa DNA methylation ug pagpauswag sa kahibalo sa mga mekanismo sa epigenetic.
