Tanum/Animal Tibuok Genome Sequencing
Mga Feature sa Serbisyo
● Ang pag-andam sa librarya mahimong standard o walay PCR
● Anaa sa 4 ka sequencing platform: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, o PacBio Revio.
● Ang bioinformatic analysis naka-focus sa pag-ila sa mga variant: SNP, InDel, SV ug CNV
Mga Bentaha sa Serbisyo
●Daghang Eksperto ug Mga Rekord sa Publikasyon: Ang natigom nga kasinatian sa genome sequencing alang sa kapin sa 1000 ka espisye miresulta sa kapin sa 1000 ka napatik nga mga kaso nga adunay kumulative impact factor nga kapin sa 5000.
●Komprehensibo nga Bioinformatics Analysis: Naglakip sa pagtawag sa kalainan ug anotasyon sa function.
● Post-Sales nga Suporta:Ang among pasalig labaw pa sa pagkompleto sa proyekto nga adunay 3 ka bulan nga pagkahuman sa pagbaligya nga panahon sa serbisyo. Niining panahona, nagtanyag kami nga pag-follow-up sa proyekto, tabang sa pag-troubleshoot, ug mga sesyon sa Q&A aron matubag ang bisan unsang mga pangutana nga may kalabotan sa mga resulta.
●Komprehensibo nga Anotasyon: Gigamit namo ang daghang mga database aron ma-annotate ang mga gene nga adunay giila nga mga kalainan ug ipahigayon ang katugbang nga pagtuki sa pagpalambo, paghatag og mga panabut sa daghang mga proyekto sa panukiduki.
Mga Detalye sa Serbisyo
| Mga variant nga mailhan | Estratehiya sa pagkasunodsunod | Girekomenda nga giladmon |
| SNP ug InDel | Illumina NovaSeq PE150 o MGI T7 | 10x |
| SV ug CNV (dili tukma) | 30x | |
| SV ug CNV (mas tukma) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV ug CNV | PacBio Revio | 10x |
Sample nga Kinahanglanon
| Tissue o gikuha nga nucleic acid | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Animal Viscera | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Kaunuran sa Hayop | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Dugo sa Mamalya | 1.5 mL | ≥ 0.5 mL
| ≥ 5 mL
| ||
| Dugo sa Manok/ Isda | ≥ 0.1 mL
| ≥ 0.5 mL
| |||
| Tanum- Lab-as nga Dahon | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Kultura nga mga Selyula |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Insekto nga humok nga tisyu/Indibidwal | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Gikuha nga DNA
| Konsentrasyon: ≥ 1 ng/µL Gidaghanon: ≥ 30 ng Limitado o walay pagkadaot o kontaminasyon
| Konsentrasyon kantidad
OD260/280
OD260/230
Limitado o walay pagkadaot o kontaminasyon
| ≥ 40 ng/ µL 4 µg/flow cell/sample
1.7-2.2
≥1.5 | Konsentrasyon kantidad
OD260/280
OD260/230
Limitado o walay pagkadaot o kontaminasyon | ≥ 50 ng/ µL 10 µg/flow cell/sample
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Pagpangandam sa Library nga walay PCR: Konsentrasyon ≥ 40 ng/ µL Gidaghanon≥ 500 ng | |||||
Daloy sa Trabaho sa Serbisyo
Sample nga paghatod
Pagkuha sa DNA
Pagtukod sa librarya
Pagsunodsunod
Pagtuki sa datos
Paghatud sa datos
Naglakip sa mosunod nga pagtuki:
- Pagkontrol sa Kalidad sa Hilaw nga Data
- Mga istatistika sa pag-align sa paghisgot sa genome
- Variant identification: SNP, InDel, SV ug CNV
- Functional nga anotasyon sa mga variant
Mga istatistika sa pag-align sa paghisgot sa genome - pagsunud sa giladmon nga pag-apod-apod
Pagtawag sa SNP taliwala sa daghang mga sample
Pag-ila sa InDel - estadistika sa gitas-on sa InDel sa rehiyon sa CDS ug sa tibuuk nga rehiyon sa genome
Pag-apod-apod sa lainlain sa genome - laraw sa Circos
Functional nga anotasyon sa mga gene nga adunay giila nga mga variant - Gene Ontology
Chai, Q. ug uban pa. (2023) 'Ang usa ka glutathione S-transferase GhTT19 nagtino sa bulak nga petal pigmentation pinaagi sa pag-regulate sa anthocyanin accumulation sa gapas', Plant Biotechnology Journal, 21(2), p. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. ug uban pa. ' doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. ug uban pa. (2021) 'Ang genome sa estuarine oyster naghatag ug pagsabot sa epekto sa klima ug adaptive plasticity', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), pp. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Pagtuki sa genome ug methylation kausaban sa Chinese lumad nga manok sa paglabay sa panahon naghatag ug pagsabot sa espisye conservation', Communications Biology, 5(1), pp. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
