Tanum nga tanum / hayop de novo genome squequencing
De novoAng pagkasunud nagtumong sa pagtukod sa tibuuk nga guma sa usa ka species nga gigamit ang mga teknolohiya sa sunud-sunod nga mga teknolohiya sa pagkawala sa usa ka reperensya nga genome. Ang pasiuna ug kaylap nga pagsagop sa mga ikatulo nga henerasyon nga pagkasunud, nga adunay mas dugay nga mabasa, adunay labi ka labi nga gipalambo nga genome asembliya pinaagi sa pagdugang sa overlap tali sa mga mabasa. Kini nga pagpalambo labi ka hinungdanon sa pag-atubang sa mga mahagiton nga mga genomes, sama sa mga nag-exhibit sa taas nga hetteroyos, mga polyploids, dili maayo nga mga sulud sa sulud nga gigamit sa kanunay nga pag-undang sa paggamit sa sunud-sunod nga pagbasa nag-inusara.
Ang among usa ka hunong nga solusyon naghatag sa integrated nga mga serbisyo sa sunud-sunod nga serbisyo ug pag-analisar sa bioinformatic nga naghatag usa ka taas nga kalidad nga panagtigum nga genome. Usa ka inisyal nga survey sa genome nga adunay Illumina ang naghatag mga banabana sa gidak-on sa genome ug pagkakomplikado, ug kini nga kasayuran gigamit aron maggiya sa packio hifi, gisundan sade novoAssembly sa mga Contigs. Ang sunud-sunod nga paggamit sa HIC Assembly nagtugot sa pag-angkon sa mga kontrobasyon sa genome, pagkuha sa usa ka kromata nga kromosome. Sa katapusan, ang genome gipahibalo sa panagna sa gene ug pinaagi sa pagsunud sa mga gipahayag nga mga gene, nga gigamit ang mga transcriptionomes nga adunay mubo ug dugay nga pagbasa.
Mga Tampok sa Serbisyo
● Pag-apil sa daghang mga sunud-sunod nga sunud-sunod ug bioinformatic nga serbisyo sa usa ka hunong nga solusyon:
Ang survey sa genome nga adunay Illumina aron mabanabana nga gidak-on ang genome ug giya ang mga sunod nga mga lakang;
Dugay nga pagbasa sa pagsunud alang sade novoAssembly of Contigs;
Hi-c squequencing alang sa chromosome ngakla;
Ang MRNA nag-ingon alang sa annotation of gen;
Pag-validate sa asembliya.
● Pag-alagad nga angay alang sa pagtukod sa nobela nga genomes o pagpaayo sa naglungtad nga mga genomes nga pakisayran alang sa mga espisye nga interes.
Mga Buluhaton sa Serbisyo
Pag-uswag sa mga sunud-sunod nga mga platform ug bioinformatics sade novogenome nga asembleya
(Amarasinghe sl et al.,Genome biology, 2020)
●Daghang kahanas ug rekord sa publikasyon: Si Bmkgene nakakuha og daghang kasinatian sa taas nga kalidad nga asembleya sa genome sa lainlaing mga species, lakip ang mga klase sa diploid ug labi ka komplikado nga mga klase sa polyploid ug allopolyploid. Sukad sa 2018, nakatampo kami sa300 nga mga high-epekto nga mga publikasyon, ug 20+ sa kanila gipatik sa kinaiyahan genetics.
● Usa ka hunong nga solusyon: Ang among nahiusa nga pamaagi naghiusa sa daghang mga sunud-sunod nga mga teknolohiya ug bioinInformatiformatiformation nga pag-analisar sa usa ka cohesive workflow, paghatud sa usa ka taas nga kalidad nga pagtigum nga genome.
●Gipahiangay sa imong mga panginahanglan: Ang among serbisyo sa serbisyo dili mapugngan, gitugotan ang pagpahiangay alang sa mga genomes nga adunay lainlaing mga dagway ug piho nga mga kinahanglanon sa panukiduki. Naglakip kini sa pag-abut sa higanteng genomes, polyploid genomes, labi ka heterozygous genomes, ug daghan pa.
●Labing maayo nga mga Bioinformatics ug Havatoratorial Team: Uban ang dako nga kasinatian sa parehas nga eksperimento ug bioinformatics sa atubang sa komplikado nga genome asembliya ug usa ka serye sa mga patente ug software copyrights.
●Suporta sa Post-Sales:Ang among pasalig molungtad pa sa pagkompleto sa proyekto nga adunay 3-bulan nga pagkahuman sa pag-alagad sa serbisyo. Niining panahona, nagtanyag kami sa pag-follow-up sa proyekto, pagsulbad sa tabang, ug Q & usa ka sesyon aron matubag ang bisan unsang mga pangutana nga may kalabutan sa mga sangputanan.
Mga Estudyante sa Serbisyo
| Survey sa genome | Genome nga asembleya | Ang lebel sa chromosome | Genome annotation |
| 50x Illamina Novasq Pe150
| 30x Pacbio CCS HIFI Basahon | 100x Hi-C | RNA-SEQ Illandina PE150 10 GB + (Opsyonal) Tibuok nga gitas-on nga RNA-SEQ Pacbio 40 GB o Nanopore 12 GB |
Mga Kinahanglanon sa Pag-alagad
Alang sa genome survey, genome asembliya ug hi-c nga katiguman:
| Tisyu o nakuha nga nucleic acid | Survey sa genome | Genome nga asembliya nga adunay Pacbio | Kumusta-C Assembly |
| Mga Balay sa Bansa | 0.5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Kaloran sa Animal | ≥ 5 g | ||
| Dugo sa Mammalian | 1.5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Dugo sa manok / isda | ≥ 0.5 ml | ||
| Plant-as nga dahon | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Mga Sulud nga CLELS |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Insekto | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Gikuha ang DNA | Konsentrasyon: ≥1 ng / μl Kantidad ≥ 30 ng Limitado o wala'y pagdaut o kontaminasyon | Konsentrasyon: ≥ 50 ng / μl Kadaghanan: 10 μg / flow cell / sample Od260 / 280 = 1.7-2.2 Od260 / 230 = 1.8-2.5 Limitado o wala'y pagdaut o kontaminasyon |
-
|
Alang sa genome annotation nga adunay mga transcripomics:
| Tisyu o nakuha nga nucleic acid | Translriptome sa Illlenina | Pacbio Transcriptome | Nanopore Transcriptome |
| Tanum- gamut / stem / petal | 450 mg | 600 mg | |
| Tanum - dahon / Binhi | 300 mg | 300 mg | |
| Tanum - prutas | 1.2 g | 1.2 g | |
| Hearts sa hayop / tinai | 300 mg | 300 mg | |
| Bisti sa Bansa / Brain sa Bansa | 240 mg | 240 mg | |
| Kaloran sa Animal | 450 mg | 450 mg | |
| Mga Bato / Buhok / Buhok | 1 g | 1 g | |
| Arthropod - Insekto | 6 | 6 | |
| Arthropod -crustea | 300 mg | 300 mg | |
| Bug-os nga dugo | 1 tube | 1 tube | |
| Gikuha nga RNA | Konsentrasyon: ≥ 20 ng / μl Kantidad ≥ 0.3 μg Od260 / 280 = 1.7-2.5 Od260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 6 5≥28s / 18s≥1 | Konsentrasyon: ≥ 100 ng / μl Kantidad ≥ 0.75 μg Od260 / 280 = 1.7-2.5 Od260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 8 5≥28s / 18s≥1 | Konsentrasyon: ≥ 100 ng / μl Kantidad ≥ 0.75 μg Od260 / 280 = 1.7-2.5 Od260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 7.5 5≥28s / 18s≥1 |
Girekomenda nga Sample nga Paghatud
Sudlanan: 2 ml centrifuge tube (Tin Foil dili girekomenda)
(Alang sa kadaghanan sa mga sample, girekomenda namon nga dili mapreserbar sa ethanol.)
Mga sampol nga labeling: Ang mga sample kinahanglan nga tin-aw nga gimarkahan ug parehas sa gisumite nga porma sa kasayuran sa sample.
Pagpadala: Pag-uga sa Ice: Ang mga sample kinahanglan nga ma-pack sa mga bag ug gilubong sa uga nga yelo.
Pag-trabaho
Pag-agos sa Pag-alagad
Disenyo sa Pag-eksperimento
Sample nga Paghatud
Pagkuha sa DNA
Pagtukod sa Library
Sunud-sunod
Data Analysis
Pagkahuman sa mga serbisyo nga gibaligya
Kompleto ang pag-analisa sa Bioinformatic, nga gibulag sa 4 nga mga lakang:
1) Ang survey sa genome, base sa K-Mer nga pag-analisar sa mga NGS mabasa:
Pagbanabana sa gidak-on sa genome
Pagbanabana sa hetterozymity
Gibanabana nga nagbalik-balik nga mga rehiyon
2) genome nga asembliya nga adunay Pacbio Hifi:
De novotigom
Pagsusi sa Assembly: Naglakip sa pag-analisa sa Busco alang sa pagkompleto sa genome ug pag-mapa sa NGS ug Pacbio Hifi
3) Hi-C Assembly:
Hi-C Library QC: Ang pagbanabana sa mga valid nga mga interaksyon sa Hi-C
Hi-C Assembly: Pag-cluster sa mga Contigs sa mga grupo, gisundan sa Catig Ordering sa sulod sa matag grupo ug pag-assign sa Contig Orientation
Kumusta-C Evaluation
4) HUMOME INNOGNATION:
Dili panagna nga dili coding rna
Balik-balik nga mga sunud-sunod nga pag-ila (mga transposon ug tandem nga gisubli)
Prediksyon sa Gen
§De novo: AB initio algorithms
§ Pinasukad sa Homology
§ Pinasukad sa transcriptome, nga adunay taas ug mubu nga pagbasa: ang pagbasade novogitigum o mapa sa draft genome
§ Pagpili sa gitagna nga mga gene nga adunay daghang mga database
1) Genome Survey- K-Mer Analysis
2) genome nga asembleya
2) Ang Assembly sa genome - gibasa ni Pacbio Hifi ang mapa sa pag-draft sa asembleya
2) Hi-C nga katiguman - pagbanabana sa mga pares sa panag-uban sa Hi-C
3) Hi-C Post-Assembly Evaluation
4) HUMOME INNOGNATION - PAGTUON SA PRESICTED GENES
4) HUMOME INNOGNATION - Gitagna nga mga Geneng Annotation
Susihon ang mga kauswagan nga gipadali sa mga serbisyo sa genome sa BMKGENE
Li, C. et al. . DOI: 10.1038 / S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. . DOI: 10.1093 / MLBEV / MSAD006.
Tian, T. et al. . DOI: 10.1038 / S41588-023-01297-Y.
Zhang, F. et al. . DOI: 10.1038 / S41467-0233333-4.
Mga HINUNGDANON NGA KASINGKASING:
Telomere-to-Telomere Assembly:FU, A. AT. . DOI: 10.1093 / HR / UHAC228.
Haplotype Assembly:Hu, W. et al. . Doi: 10.1016 / J.Molp.2021.04.009.
Higanteng asembliya sa genome:Yuan, J. ATON AL. . DOI: 10.1038 / S41467-022363-1.
Polyploid genome nga asembliya:Zhang, Q. et al. . DOI: 10.1038 / S41588-022-01084-1.
