PacBio 2+3 Bug-os nga MRNA nga Solusyon
Mga bahin
● Disenyo sa pagtuon:
Gipundok nga sample nga gisunod sa PacBio aron mahibal-an ang mga transcript isoform
Pagbulag sa mga sampol (mga replika ug kondisyon nga sulayan) nga gisundanNGS aron ma-quantify ang transcript expression
● PacBio sequencing sa CCS mode, pagmugna HiFi reads
● Pagsunud-sunod sa tibuuk nga mga transcript
● Ang pagtuki wala magkinahanglan ug reperensiya nga genome; bisan pa, kini mahimong magamit
● Ang bioinformatic analysis naglakip dili lamang sa ekspresyon sa gene ug isoform-level kondili sa pagtuki usab sa lncRNA, gene fusions, poly-adenylation, ug gene structure
Mga bentaha
● Taas nga Katukma: Ang pagbasa sa HiFi nga adunay katukma> 99.9% (Q30), ikatandi sa NGS
● Alternative Splicing Analysis: Ang pagkasunodsunod sa tanang mga transcript makapahimo sa isoform nga pag-ila ug pag-ila.
● Kombinasyon sa PacBio ug NGS Strengths: pagpaarang sa pag-ihap sa ekspresyon sa lebel sa isoform, pagpadayag sa pagbag-o nga mahimong matabonan sa dihang mag-analisar sa tibuok ekspresyon sa gene
● Daghang Eksperto: nga adunay track record sa pagkompleto sa labaw sa 1100 PacBio full-length transcriptome nga mga proyekto ug pagproseso sa labaw sa 2300 nga mga sample, ang among team nagdala og daghang kasinatian sa matag proyekto.
● Post-Sales Support: ang among pasalig molapas pa sa pagkompleto sa proyekto nga adunay 3 ka bulan nga human sa pagbaligya nga panahon sa serbisyo. Niining panahona, nagtanyag kami nga pag-follow-up sa proyekto, tabang sa pag-troubleshoot, ug mga sesyon sa Q&A aron matubag ang bisan unsang mga pangutana nga may kalabotan sa mga resulta.
Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud
| Library | Estratehiya sa pagkasunodsunod | Girekomenda ang datos | Pagkontrol sa Kalidad |
| Gipauswag sa PolyA ang librarya sa mRNA CCS | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A gipadato | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Mga nucleotide
|
| Conc.(ng/μl) | Gidaghanon (μg) | Kaputli | Integridad |
| Illumina Library | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walay kontaminasyon sa protina o DNA nga gipakita sa gel. | Para sa mga tanom: RIN≥4.0; Para sa mga mananap: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walay baseline elevation |
| librarya sa PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walay kontaminasyon sa protina o DNA nga gipakita sa gel. | Mga tanom: RIN≥7.5 Mga mananap: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walay baseline elevation |
Girekomenda nga Sample Delivery
Kontainer: 2 ml centrifuge tube (Tin foil dili girekomendar)
Sample nga pag-label: Grupo+kopya eg A1, A2, A3; B1, B2, B3.
pagpadala:
1. Dry-ice:Ang mga sample kinahanglan nga ibutang sa mga bag ug ilubong sa dry-ice.
2. RNAstable tubes: Ang mga sample sa RNA mahimong mamala sa RNA stabilization tube(eg RNAstable®) ug ipadala sa temperatura sa lawak.
Naglakip sa mosunod nga pagtuki:
Hilaw nga pagkontrol sa kalidad sa datos
Alternatibong Polyadenylation Analysis (APA)
Pagtuki sa transcript sa Fusion
Alternatibong Pagtuki sa Splicing
Pagtuki sa Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) nga pagtuki
Novel transcript analysis: panagna sa coding sequences (CDS) ug functional annotation
Pag-analisar sa lncRNA: panagna sa lncRNA ug mga target
MicroSatelite Identification (SSR)
Pagtuki sa Differentially Expressed Transcripts (DETs).
Pagtuki sa Differentially Expressed Genes (DEGs).
Functional nga anotasyon sa mga DEG ug DET
Pagtuki sa BUSCO
Alternatibong Pagtuki sa Splicing
Alternatibong Polyadenylation Analysis (APA)
Differentially Expressed Genes (DEGs) ug Transcripts (DETs9 anlaysis
Mga network sa interaksyon sa Protein-Protein sa mga DET ug DEG
Susihon ang mga pag-uswag nga gipadali sa PacBio 2+3 nga full-length nga pagsunud sa mRNA sa BMKGene pinaagi sa usa ka curated nga koleksyon sa mga publikasyon.
Chao, Q. ug uban pa. (2019) 'The developmental dynamics of the Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. ug uban pa. (2022) 'Dynamic Changes in Ascorbic Acid Content during Fruit Development and Ripening of Actinidia latifolia (usa ka Ascorbate-Rich Fruit Crop) ug ang Associated Molecular Mechanisms', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. ug uban pa. (2022) 'Epektibo nga panagna sa biosynthetic pathway genes nga nalangkit sa bioactive polyphyllins sa Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. ug uban pa. (2023) 'Gihiusa nga PacBio Iso-Seq ug Illumina RNA-Seq Pagtuki sa Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome ug Cytochrome P450 Genes', Insekto, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun ug uban pa. (2019) 'Usa ka surbey sa transcriptome complexity gamit ang PacBio single-molecule real-time analysis inubanan sa Illumina RNA sequencing alang sa mas maayong pagsabot sa ricinoleic acid biosynthesis sa Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
