Non-Reference based mRNA Sequencing-NGS
Mga bahin
● Pagkuha sa poly mRNA sa dili pa ang pag-andam sa librarya
● Independente sa bisan unsang reference genome: base sa de novo assembly of transcripts, paghimo ug lista sa mga unigenes nga gi-annotate sa daghang mga database (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Comprehensive bioinformatic analysis sa gene expression ug transcript structure
Mga Bentaha sa Serbisyo
●Lapad nga Eksperto: nga adunay track record sa pagproseso sa kapin sa 600,000 ka sample sa BMKGENE, nga naglangkob sa lain-laing mga sample type sama sa cell culture, tissues, ug body fluids, ang among team nagdala og daghang kasinatian sa matag proyekto. Malampuson namong gisirado ang kapin sa 100,000 ka mRNA-Seq nga mga proyekto sa lain-laing natad sa panukiduki.
●Hugot nga Pagkontrol sa Kalidad: gipatuman namo ang mga core control point sa tanang yugto, gikan sa sample ug pag-andam sa library ngadto sa sequencing ug bioinformatics. Kini nga makuti nga pag-monitor nagsiguro sa paghatud sa kanunay nga taas nga kalidad nga mga sangputanan.
● Komprehensibo nga Anotasyon: naggamit kami og daghang mga database aron magamit nga i-annotate ang Differentially Expressed Genes (DEGs) ug ipahigayon ang katugbang nga pagtuki sa pagpauswag, paghatag og mga panabut sa mga proseso sa cellular ug molekula nga nagpahipi sa tubag sa transcriptome.
●Suporta sa Post-Sales: ang among pasalig molapas pa sa pagkompleto sa proyekto nga adunay 3 ka bulan nga human sa pagbaligya nga panahon sa serbisyo. Niining panahona, nagtanyag kami nga pag-follow-up sa proyekto, tabang sa pag-troubleshoot, ug mga sesyon sa Q&A aron matubag ang bisan unsang mga pangutana nga may kalabotan sa mga resulta.
Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud
| Library | Estratehiya sa pagkasunodsunod | Girekomenda ang datos | Pagkontrol sa Kalidad |
| Poly A gipadato | Illumina PE150 DNSSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Sample nga Kinahanglanon:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Gidaghanon (μg) | Kaputli | Integridad |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walay kontaminasyon sa protina o DNA nga gipakita sa gel. | Para sa mga tanom: RIN≥4.0; Para sa mga mananap: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walay baseline elevation |
● Mga tanom:
Root, Stem o Petal: 450 mg
Dahon o Binhi: 300 mg
Mga prutas: 1.2 g
● Hayop:
Kasingkasing o Tinai: 300 mg
Viscera o Utok: 240 mg
Kaunoran: 450 mg
Mga bukog, Buhok o Panit: 1g
● Mga Arthropod:
Mga insekto: 6g
Crustacea: 300 mg
● Tibuok dugo: 1 tubo
● Mga selula: 106 mga selula
Girekomenda nga Sample Delivery
Kontainer: 2 ml centrifuge tube (Tin foil dili girekomendar)
Sample nga pag-label: Grupo+kopya eg A1, A2, A3; B1, B2, B3.
pagpadala:
1. Dry-ice: Ang mga sample kinahanglang ibutang sa mga bag ug ilubong sa dry-ice.
2. RNAstable tubes: Ang mga sample sa RNA mahimong mamala sa RNA stabilization tube(eg RNAstable®) ug ipadala sa temperatura sa lawak.
Daloy sa Trabaho sa Serbisyo
Eksperimento nga disenyo
Sample nga paghatod
Pagkuha sa RNA
Pagtukod sa librarya
Pagsunodsunod
Pagtuki sa datos
After-sale nga serbisyo
Bioinformatics
Transcriptome assembly ug unigene selection
Unigene nga anotasyon
Sample nga correlation ug assessment sa biological replicates
Differentially Expressed Genes (DEGs)
Functional nga Annotation sa mga DEG
Functional Enrichment sa mga DEG
Susihon ang mga pag-uswag nga gipadali sa eukaryotic NGS mRNA nga serbisyo sa pagsunud sa BMKGene pinaagi sa usa ka curated nga koleksyon sa mga publikasyon.
Shen, F. ug uban pa. (2020) 'De novo transcriptome assembly ug sex-biased gene expression sa mga gonad sa Amur catfish (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. ug uban pa. (2016) 'Transcriptome analysis sa sucrose metabolism sa panahon sa bulb hubag ug kalamboan sa sibuyas (Allium cepa L.)', Frontiers sa Plant Science, 7 (Septiyembre), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. ug uban pa. (2017) 'De novo assembly, characterization ug annotation alang sa transcriptome sa Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. ug uban pa. (2021) 'Ang de novo transcriptome analysis naghatag og mga panabut sa pagtugot sa asin sa Podocarpus macrophyllus ubos sa stress sa kaasinan', BMC Plant Biology, 21(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
