MRNA-SEQ (NGS) nga adunay reperensya nga genome

MRNA-SEQ (NGS) nga adunay reperensya nga genome

Ang RNA-SEQ usa ka sumbanan nga himan sa tibuuk nga kinabuhi ug mga siyensya sa ani, nga gipunting ang gintang tali sa mga genomes ug proteomes. Ang kalig-on niini anaa sa pagdiskubre sa mga bag-ong transkrip ug pag-ihap sa ilang ekspresyon sa usa ka asaysay. Kini kaylap nga gigamit alang sa pagtandi sa mga pagtuon sa transcriptomic, pag-ayo sa mga gen nga may kalabutan sa lainlaing mga kinaiya o phenotypes, sama sa pagtandi sa mga mutya sa mga klase sa wild-type o pagpadayag sa ekspresyon sa wild. Ang BMKCloud MRNA (Reference) nga app nag-apil sa pag-apil sa ekspresyon, pag-analisar sa pagpahayag (DEP), ug pag-angkon sa mga kalig-on sa MRNA-Bio-Seq (ng Ang mga tiggamit mahimong i-upload ang ilang datos sa RNA-SEQ sa panganod, diin ang app nagtanyag usa ka komprehensibo, usa-hunong ang Bioinformatic nga solusyon sa pag-analisa. Dugang pa, giuna niini ang kasinatian sa kustomer, nga nagtanyag mga personal nga operasyon nga gipahiangay sa piho nga mga panginahanglanon sa mga tiggamit. Ang mga tiggamit mahimo'g magbutang mga parameter ug isumite ang Pipeline Mission sa ilang kaugalingon, susihon ang interactive report, tan-awa ang mga datos / diagram ug kompleto nga pagmina sa ginoo, pag-function sa clustering, ug uban pa.

Mga resulta sa Demo

Data Mining

Kinahanglanon ang import

Panguna nga pag-analisar

Tigpasalig

Mga resulta sa Demo

Data Mining

Kinahanglanon ang import

Platform:Illlamina, MGI
Estratehiya:RNA-SEQ
Plano: Paried, limpyo-data.
Type sa Library:Fr-unstranded, fr-firststrand o fr-ikaduha nga segundo
Basaha ang gitas-on:150 BP
Tipo sa file:* .mayloq, * .fq, *. Ang sistemaAwtomatikong ipares ang mga file sa.eg * _1.pyq ang gipares sa * ._ Mibalipas.
Kadaghan sa mga sample:Wala'y mga pagdili sa numerosa mga sample, apan ang oras sa pag-analisar modaghan ingon ang gidaghanon samga sample motubo.
Girekomenda nga kantidad sa datos:6g matag sample

Panguna nga pag-analisar

Ang nag-unang pag-analisar ug bioinformatic nga mga himan sa MRNA-SEQ (reperensya)Ang Pipeline mao ang mga musunud:

1. Rawdata kalidad nga pagkontrol:

• Pagtangtang sa mga lahi nga kalidad nga pagkasunud, mga sunud-sunod sa adapter,ug uban pa;

• Mga himan: Ang in-balay naugmad nga pipeline;

2. Pag-align sa datos sa usa ka reperensya nga genome:

• Ang pag-align sa pagbasa sa usa ka algorithm nga nahibal-an sa splice batok sareperensya nga genome.

• Mga Tool:HEARAT2, Samtools

3. Ang pag-analisar sa kalidad sa Librarya:

• I-insert ang pag-analisar sa gitas-on sa gitas-on, pag-analisar sa sunud-sunod nga pag-analisar, ug uban pa;

• Mga Tool:Samtools;

4. Pag-analisa sa Section Sectar Strapruction:

• Alternatibong Pag-analisar sa Splicing, Pag-optimize sa Paagi sa Gene,Ang panagna sa gene sa nobela, ug uban pa;

• Mga Tool:Stringtie, gffompompare, Gatk,Diamante, Interproscan, ugHmmer.

5. Pag-analisar sa Pagpahayag sa Pagpahayag:

• deg screening, pag-analisar sa relasyon sa co-relasyon, functionpagpalambo;

•Nagkalainlain nga mga Resulta sa Pagbiyahe;

•RubanSegseq, DESEQ2, GGPLOT2, DEXSEQ

Tigpasalig

1. Kim, Daehwan et al. "Pag-align sa gred nga gibase sa gredograpiya uggenotyping sa Hyat2 ug Hyat-genotype. "KinaiyahanBiotechnology37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron et al. "Ang Toolkit sa Genome Timankit: AAng balangkas sa mapa sa mapa alang sa pag-analisar sa sunod-sunod nga DNAsunud-sunod nga datos. "Pagsusi sa genome20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng et al. "Ang han-ay sa sunod-sunod / Format sa Mapa ugSammol. "Bioinformatics25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perţea, Mihaela et al. Ang "Stringtie nagpalamboAng pagtukod pag-usab sa usa ka transcriptoke gikan sa RNA-SEQ mabasa. "KinaiyahanBiotechnology33 (2015): 290-295.

5. Gugma, Michael I. et al. "Angayan nga pagbanabana sa pagbag-o sa pilo ugPagkatakda alang sa Data-Seq Data sa Deseq2. "GenomeBiyolohiya15 (2014): n. Pag.

6. Eddy, Sean R .. "Gipadali nga Profile HMM Searches."Plos Compututational Biology7 (2011): n. Pag.

MRNA-SEQ (NGS) nga adunay reperensya nga genome

MRNA-SEQ (NGS) nga adunay reperensya nga genome

Pagkuha usa ka kinutlo

Ipadala ang imong mensahe sa amon: