Evolasyon sa genome
Plan
Ang Ebolusyonaryo nga Sinugdanan ug Kasaysayan sa Domestication sa Goldfish (Carasaus Auratus)
Pacbio | Illlamina | Bionano genome Map | Hi-C genome asembliya | Mapa sa Genetic | Gwas | RNA-SEQ
Mga Pangunang Punto
1.Gin-update ang genome nga genome sa usa ka taas nga kalidad nga bersyon sa Assembly, 95.75% sa mga kontrata sa 50 pseudochromosomes (scaffold n50 = 31.84 MB). Duha ka mga subgenom ang nabungkag.
Ang mga 2.genomic nga mga rehiyon sa mga selyyo nga pag-agay sa panahon sa pag-ila gikan sa pag-okupar sa datos sa 201 mga indibidwal, nga wala magbag-o sa mga kinaiya nga 390 nga may kalabutan sa mga kinaiya sa balay nga lagmit nga may kalabutan sa mga kinaiya sa balay nga lagmit nga may kalabutan sa mga kinaiya sa balay nga lagmit nga may kalabutan sa mga kinaiya sa balay.
3.Gwas sa dorsal fin sa domesticated goldfish gipadayag nga 378 nga mga kandidato nga adunay kalabutan nga may kalabutan. Ang usa ka tigbalita nga kinas sa Tyrosine-Prootin giila nga usa ka kandidato nga causal gene nga may kalabutan sa transparency
Kaagi
Ang Goldfish (Carassius Auratus) usa sa labing hinungdanon nga mga isda nga nag-uma, nga gipuy-an gikan sa Cruchion Carp sa karaang China. Gi-komentaryo sila ni Charles Darwin nga "pagpasa sa hapit usa ka walay katapusan nga pagkalainlain sa kolor sa kolor, nagkita kami sa labing talagsaon nga mga pagbag-o sa istruktura". Labing lahi nga mga dagway ug taas nga kasaysayan sa domestication ug pag-anak nga naghimo sa goldfish nga usa ka maayo kaayo nga sistema sa genetic nga genetic alang sa pisyolohiya sa isda ug ebolusyon.
Mga nahimo
Goldfish genome
JAng Oint Analysis sa PACBIO ug Illand Pire-End Sentaincing Data naghatag usa ka pasiuna nga 1.657 g draft asembliya (Contig N50 = 474 KB). Ang Bionano optical nga mapa gihimo ug gitul-id ang asembleya sa 1.73 GB nga gidak-on (gibanabana nga gidak-on sa genome: 1.8 GB). Hi-C nga nakabase sa asembleya nga dugang nga pag-ayo sa scaffold n50 gikan sa 606 KB hangtod sa 31.84 MB ug nakab-ot ang 95.75% (1.65% (1.65 GB) nga oriented ug 1.65% (1.65 GB). Ang genome naglangkob sa 56,251 coding gen ug 10,098 nga taas nga dili coding transcript. Dugang pa, 38 ka potensyal nga mga rehiyon sa sentimo ang gitagna sa 50 nga mga chromosom.
Fig.1 bulawan nga isda nga genome
THulaton ang tin-aw nga mga set sa mga subgenomes nga giila sa 50 Goldfish Chomosome nga miresulta gikan sa usa ka karaang hitabo sa hybridization. Ang set sa mga kromosom nga adunay mas taas nga bahin sa mga pagbasa nga nahiuyon tali sa goldfish ug barbinae gihubit ingon nga subgenome a (Chra01 ~ A25), ie nga mga subgenome nga sagad sa Barbinae, ug ang mga nahabilin ingon nga subgenome nga Barbinae, ug ang mga nahabilin ingon nga subgenome B (CHRB01 ~ B25).
Domestication ug selective sweeps
AAng kinatibuk-an nga 16 nga type nga tipo sa Crucian Carps ug 185 nga representante nga Goldfish Variant ang mga sangputanan sa usa ka average nga pagsunud sa giladmon nga gibana-bana nga mga 12.5x, Ang pagtukod pag-usab sa Phylogenetic ug PCA nga pag-analisar sa usa ka mas suod nga relasyon tali sa kasagarang goldfish ug crucian carp kaysa sa ubang mga goldfish, nga gibahin sa duha ka mga linya.
LD Ang pag-analisar sa pagkadunot sa ibabaw sa upat nga mga subpopulasyon nagsuporta sa paglungtad sa usa ka populasyon nga genetic nga bottleneck sa panahon sa domestication ug kusog nga artipisyal nga pagpili sa goldfish. Ang pagdugang sa genetic nga pagkalainlain (π) gikan sa Cruchion Carp hangtod sa Kinaandan nga Goldfish sa Wen Goldfish ug itlog sa Goldfish nagpaila sa usa ka hinungdanon nga pagtipon sa mga genetic variations sa ilang balay. 50 Pilion nga Strep Genomic nga mga rehiyon nga naglangkob sa 25.2 MB ug 946 nga gen ang giila gikan sa representante nga datos (33 goldfish nga cruchian crap). Ang pagpalapad sa pag-analisar sa 201 sa mga indibidwal, 393 nga mga gen ang nagpaila sa mga rehiyon nga nahuman nga selective sweep. Kini nga mga gen nakit-an nga ubos-nga-kalainan, nga lagmit nakatampo sa mga phenotypes nga may kalabutan sa mga nag-una nga mga kinaiya sa balay sa goldfish.
Ang FIG.3 genome-halapad nga pag-analisar sa pag-asoy sa domestication-Associated
Gwas sa domesticated goldfish
DAng Orsal Fin usa ka hinungdan nga bahin nagpalahi ni Wen Goldfish gikan sa itlog nga goldfish. Gwas sa dorsal fin sa 96 Wen Goldfish ug 87 ka itlog nga goldfish nga gipadayag sa 378 nga mga kandidato nga mikaylap sa 13 nga mga kromosom ug usa ka dili patas nga pag-apod-apod sa mga subgenome nga naobserbahan. Ang pag-analisar sa function sa kini nga mga kandidato nga gipasiugda sa biolohikal nga mga proseso lakip ang "cell event receptor nga nagpirma sa", "Transmembrane Transportation", ug uban pa.
FIG.4 GWAS SA ORSAL FIN SA DIGHESTICATICATION
In gwas sa transparent scale-may kalabutan nga mga kinaiya, usa ka lig-on nga peak sa asosasyon ang nakit-an. Usa ka Gene nga Pag-encode sa usa ka Tyrosine-Trotin Kinase Receptor giila sa usa sa mga rehiyon sa kandidato.
FIG.5 GWAS SA TRANSPARENT SCALENT SCALE-May Kitahang mga kinaiya
Tigpasalig
Chen d et al. Ang Ebolusyon nga Ebolusyonaryo ug Kasaysayan sa Domesikasyon sa Goldfish (Carasaus Auratus). PNA (2020)
Balita Tumong sa pagpaambit sa labing bag-o nga malampuson nga mga kaso sa mga teknolohiya sa biomarker, nga nakuha ang mga nahimo sa siyensya sa Biomarker ingon man mga prominente nga pamaagi nga gigamit sa pagtuon.
Post Oras: Jan-04-2022