T2T genome asembliya, Gap Free Genome
1stDuha ka genomes nga bugas1
Pamagat: Ang Assembly ug Pag-validate sa Duha ka Gap-Free Reference Genomes alang sa Xian / Indica Rice nagpadayag sa mga panan-aw sa estado nga arkitektura
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Gi-post nga Oras: Enero 01, 2021.
Institute: Huazhong Agricultural University, China
Materyal
O. Sativa Xian / IndicaMga barayti sa bugas nga 'Zhenshan 97 (ZS97)' ug 'Minghui 63 (MH63)
SEQUENCING SCHATEGY
Gibasa sa NGS + ang HIFI + nga gibasa sa CLR + Bionano + Kumusta
Data:
ZS97: 8.34 GB (~ 23x) Gibasa ni Hifi ang + 48.39 GB (~ 131x) nga CLR * 25 GB (~ 69x) NGS + 2 Bionoan IRYs Cells
MH63: 37.88 GB (~ 103x) Ang HIFI nagbasa + 48.97 GB (~ 132x) nga clr nagbasa + 28 GB (~ 76x) NGS + 2 Bionoan IRYS CELLS
Hulagway 1 Duha ka Gap-Free Genomes nga bugas (MH63 ug ZS97)
2ndBanana genome2
Pamagat: Telomere-to-Telomere Gapeless Cromosome sa Banana gamit ang Nanopore SEQUENCECEC
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Gi-post nga Oras: Abril 17, 2021.
Institute: Universitéé Paris-Scrance, France
Materyal
Dobleng HaploidMusa acuminatapapinoMalaccensis(Dh-Pahang)
SEQUENCING SCHATEGAY UG DATA:
HEEEQ2500 PE250 MODE + MINION / PROMETHONYON (93GB, ~ 200X) + Optical Map (DLE-1 + BSPQ1)
Talaan 1 Pagtandi sa Musa Acuminata (DH-Pahang) genome asembliya
Hulagway 2 musa genomes arkitecture nga pagtandi
3rdPhaeodactylum tricornutum genome3
Pamagat: Telomere-to-Telomere Genome Assembly saP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Gi-post nga Oras: Mayo 04, 2021
Institute: Western University, Canada
Materyal
Pheodactylum tricornutum(Koleksyon sa Kultura sa Algae ug Protozoa CCAP 1055/1)
SEQUENCING SCHATEGAY UG DATA:
1 Oxford Nanopore Miniion Cell + A 2 × 75 nga gipares nga Midato sa Mid-output SetSEQ 550 Run
Figure 3 Workflow alang sa Telomere-to-Telomere Genome Assembly
4thHuman Chm13 genome4
Pamagat: Ang kompleto nga pagkasunud sa usa ka genome sa tawo
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.44575798
Gi-post nga Oras: Mayo 27, 2021
Institute: National Institutes of Health (NIH), USA
Mga Materyal: Cell Line CHM13
SEQUENCING SCHATEGAY UG DATA:
30 × Pacbio Circular Consensus Sentaincing (HIFI), 120 × Oxford Nanopore Ultra-Dade Sintaincing, 70 olomo genomics hi-C (Bionano Optical Maps, ug strand-seq
Table 2 Pagtandi sa Grch38 ug T2T-CHM13 Human Genome Assemblies
Tigpasalig
1. Segremey Nurk et al. Ang kompleto nga pagkasunud sa usa ka genome sa tawo. Biorxiv 2021.05.26.445798; Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.44575798
2. Pag-abli sa Belser et al. Telomere-to-Telomere GAPLELES CHROMOSOMES SA BANIA Gamit ang Nanopore squencing. Biorxiv 2021.04.16.440017; Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.daniel j. giguere ug al. Telomere-to-Telomere genome nga asembliya sa Tricornutumlum tricornutum. Biorxiv 2021.05.04.442596; Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Si-Ming song et al. Ang panagtagbo ug pag-validate sa duha ka genomes nga genom sa GAP-FREE alang sa Xian / Indica nga bugas nagpadayag sa mga panan-aw sa tanum nga arkitektura. Biorxiv 2020.12.24.424073; Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Post Oras: Jan-06-2022