mRNA-seq (NGS) - De novo

Ang pagsunud sa mRNA nagtugot sa pag-profile sa tanan nga mga transcript sa mRNA sa mga selyula sa ilawom sa piho nga mga kondisyon ug usa ka kaylap nga gigamit nga teknolohiya sa lainlaing mga lugar sa panukiduki. Ang BMKCloud De novo mRNA-seq pipeline gidisenyo aron analisahon ang poly-A enriched sequencing libraries kung wala’y magamit nga reference genome. Ang pipeline nagsugod sa pagkontrol sa kalidad, gisundan sade novotranscript assembly ug unigene set selection. Ang unigene structure analysis nagtagna sa coding sequence (CDS) ug simple sequence repeats (SSR). Pagkahuman, ang pag-analisa sa ekspresyon sa paglainlain nakit-an ang mga lahi nga gipahayag nga mga gene (DEG) taliwala sa nasulayan nga mga kondisyon, gisundan sa functional annotation ug pagpauswag sa mga DEG aron makuha ang mga biolohikal nga panan-aw.