Hi-C Based Genome Assembly
Ang Hi-C usa ka pamaagi nga gidisenyo aron makuha ang chromosome configuration pinaagi sa paghiusa sa probing proximity-based nga interaksyon ug high-throughput sequencing. Ang intensity niini nga mga interaksyon gituohan nga negatibo nga may kalabutan sa pisikal nga gilay-on sa mga chromosome. Busa, ang Hi-C nga datos gigamit sa paggiya sa pag-cluster, pag-order, ug pag-orient sa mga assembled sequence sa usa ka draft genome ug pag-angkla niadtong sa usa ka piho nga gidaghanon sa mga chromosome. Kini nga teknolohiya naghatag gahum sa usa ka chromosome-level genome assembly kung wala ang usa ka mapa sa genetic nga nakabase sa populasyon. Ang matag genome nanginahanglan usa ka Hi-C.
Mga Feature sa Serbisyo
● Pagsunodsunod sa Illumina NovaSeq nga adunay PE150.
● Ang serbisyo nanginahanglan mga sample sa tisyu, imbes sa mga gikuha nga nucleic acid, nga mag-cross-link sa formaldehyde ug makatipig sa mga interaksyon sa DNA-protein.
● Ang eksperimento sa Hi-C naglakip sa pagdili ug pagtapos sa pag-ayo sa mga sticky end nga adunay biotin, gisundan sa circularization sa resulta nga blunt ends samtang gipreserbar ang mga interaksyon. Ang DNA gibira dayon gamit ang streptavidin beads ug giputli alang sa sunod nga pag-andam sa librarya.
Mga Bentaha sa Serbisyo
Overview sa Hi-C
(Lieberman-Aiden Et al.,Siyensiya, 2009)
●Pagwagtang sa Panginahanglan alang sa Genetic Population Data:Gipuli sa Hi-C ang hinungdanon nga kasayuran nga gikinahanglan alang sa contig anchoring.
●Taas nga marka Densidad:padulong sa taas nga contig anchoring ratio labaw sa 90%.
●Daghang Eksperto ug mga rekord sa publikasyon:Ang BMKGene adunay daghang kasinatian nga adunay labaw pa sa 2000 nga mga kaso sa Hi-C Genome Assembly gikan sa 1000 nga lainlaing mga espisye ug lainlaing mga patente. Kapin sa 200 ka gipatik nga mga kaso adunay usa ka accumulative impact factor nga kapin sa 2000.
●Taas nga hanas nga bioinformatics team:uban sa in-house nga mga patente ug software copyrights para sa Hi-C nga mga eksperimento ug data analysis, ang self-developed visualization data software makapahimo sa manual block sa paglihok, pagbali, pagbawi, ug pag-usab.
●Suporta sa Post-Sales:Ang among pasalig labaw pa sa pagkompleto sa proyekto nga adunay 3 ka bulan nga pagkahuman sa pagbaligya nga panahon sa serbisyo. Niining panahona, nagtanyag kami nga pag-follow-up sa proyekto, tabang sa pag-troubleshoot, ug mga sesyon sa Q&A aron matubag ang bisan unsang mga pangutana nga may kalabotan sa mga resulta.
●Komprehensibo nga Anotasyon: naggamit kami og daghang mga database aron magamit ang anotasyon sa mga gene nga adunay giila nga mga kabag-ohan ug ipahigayon ang katugbang nga pagtuki sa pagpalambo, paghatag og mga panabut sa daghang mga proyekto sa panukiduki.
Mga Detalye sa Serbisyo
| Pag-andam sa librarya | Estratehiya sa pagkasunodsunod | Girekomenda nga data output | Pagkontrol sa kalidad |
| Hi-C librarya | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Sample nga Kinahanglanon
| Tissue | Gikinahanglan nga kantidad |
| Animal Viscera | ≥ 2 g |
| Kaunuran sa Hayop | |
| Dugo sa Mamalya | ≥ 2 mL |
| Dugo sa Manok/ Isda | |
| Tanum- Lab-as nga Dahon | ≥ 3 g |
| Kultura nga mga Selyula | ≥ 1x107 |
| Insekto | ≥ 2 g |
Daloy sa Trabaho sa Serbisyo
Eksperimento nga disenyo
Sample nga paghatod
Pagtukod sa librarya
Pagsunodsunod
Pagtuki sa datos
After-sale nga serbisyo
1) Hilaw nga datos QC
2) Hi-C library QC: banabana sa balido nga Hi-C interaksyon
3) Hi-C assembly: clustering sa contigs sa mga grupo, gisundan sa contig ordering sulod sa matag grupo ug pag-assign sa contig orientation
4) Hi-C evaluation
Hi-C Library QC – banabana sa Hi-C balido nga mga pares sa interaksyon
Hi-C Assembly – estadistika
Post-assembly evaluation – heatmap sa signal intensity tali sa mga bin
Susihon ang mga pag-uswag nga gipadali sa mga serbisyo sa asembliya sa Hi-C sa BMKGene pinaagi sa usa ka curated nga koleksyon sa mga publikasyon.
Tian, T. ug uban pa. (2023) 'Genome assembly ug genetic dissection sa usa ka prominenteng huwaw-resistant nga germplasm sa mais', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL ug uban pa. (2020) 'Usa ka Chromosome-Scale Assembly sa Asian Honeybee Apis cerana Genome', Frontiers sa Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. ug uban pa. (2023) 'Pagpadayag sa ebolusyon sa tropane alkaloid biosynthesis pinaagi sa pag-analisar sa duha ka genome sa pamilyang Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. ug uban pa. (2020) 'Mga Genome sa Banyan Tree ug Pollinator Wasp Naghatag og mga Insight sa Fig-Wasp Coevolution', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
