Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Log in

Mga produkto

Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore

Samtang ang pagsunud sa mRNA nga nakabase sa NGS usa ka magamit nga himan alang sa pag-ihap sa ekspresyon sa gene, ang pagsalig niini sa mubu nga mga pagbasa nagpugong sa pagkaepektibo niini sa komplikado nga pag-analisar sa transcriptomic. Sa laing bahin, ang nanopore sequencing naggamit sa dugay nga pagbasa nga teknolohiya, nga makapahimo sa pagkasunod-sunod sa full-length nga mRNA transcripts. Kini nga pamaagi nagpadali sa usa ka komprehensibo nga eksplorasyon sa alternatibong splicing, gene fusions, poly-adenylation, ug ang quantification sa mRNA isoforms.

Nanopore sequencing, usa ka pamaagi nga nagsalig sa nanopore single-molekul real-time nga electrical signal, naghatag og mga resulta sa tinuod nga-time. Gigiyahan sa mga protina sa motor, ang double-stranded nga DNA mogapos sa nanopore nga mga protina nga nasulod sa usa ka biofilm, nga mopahuway samtang kini moagi sa nanopore channel ubos sa kalainan sa boltahe. Ang lahi nga electrical signal nga namugna sa lain-laing mga base sa DNA strand namatikdan ug giklasipikar sa tinuod nga panahon, nga nagpadali sa tukma ug padayon nga nucleotide sequencing. Kini nga bag-ong pamaagi nakabuntog sa mubo nga pagbasa nga mga limitasyon ug naghatag usa ka dinamikong plataporma alang sa makuti nga pagtuki sa genomic, lakip ang komplikado nga mga pagtuon sa transcriptomic, nga adunay dayon nga mga sangputanan.

Plataporma: Nanopore PromethION 48

Kontaka Kami

Mga Detalye sa Serbisyo

Bioinformatics

Mga Resulta sa Demo

Gipili nga mga Publikasyon

Mga bahin

● Pagkuha sa poly-A mRNA nga gisundan sa cDNA synthesis ug pag-andam sa librarya

● Pagsunud-sunod sa tibuuk nga mga transcript

● Bioinformatic analysis base sa pag-align sa usa ka reference genome

● Ang bioinformatic analysis naglakip dili lamang sa ekspresyon sa gene ug isoform-level kondili sa pagtuki usab sa lncRNA, gene fusions, poly-adenylation ug gene structure

Mga Bentaha sa Serbisyo

●Pag-ihap sa ekspresyon sa lebel sa isoform: makapahimo sa detalyado ug tukma nga pagtuki sa ekspresyon, pagpadayag sa pagbag-o nga mahimong matabonan sa dihang mag-analisar sa tibuok gene nga ekspresyon

●Gipamubu nga mga Panginahanglan sa Data:Kung itandi sa Next-Generation Sequencing (NGS), ang Nanopore sequencing nagpakita sa ubos nga mga kinahanglanon sa datos, nga nagtugot alang sa katumbas nga lebel sa gene expression quantification saturation nga adunay mas gamay nga datos.

●Mas taas nga katukma sa pag-quantification sa ekspresyon: pareho sa lebel sa gene ug isoform

●Pag-ila sa dugang nga transcriptomic nga impormasyon: alternatibong polyadenylation, fusion genes ug lcnRNA ug ang ilang target nga mga gene

●Lapad nga Eksperto: Ang among team nagdala og daghang kasinatian sa matag proyekto, nga nakakompleto sa 850 Nanopore full-length transcriptome nga mga proyekto ug nagproseso sa kapin sa 8,000 ka mga sample.

●Suporta sa Post-Sales: ang among pasalig molapas pa sa pagkompleto sa proyekto nga adunay 3 ka bulan nga human sa pagbaligya nga panahon sa serbisyo. Niining panahona, nagtanyag kami nga pag-follow-up sa proyekto, tabang sa pag-troubleshoot, ug mga sesyon sa Q&A aron matubag ang bisan unsang mga pangutana nga may kalabotan sa mga resulta.

Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud

Library	Estratehiya sa pagkasunodsunod	Girekomenda ang datos	Pagkontrol sa Kalidad
Poly A gipadato	Illumina PE150	6/12 Gb	Average nga marka sa kalidad: Q10

Sample nga Kinahanglanon:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Gidaghanon (μg)

Kaputli

Integridad

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Limitado o walay kontaminasyon sa protina o DNA nga gipakita sa gel.

Para sa mga tanom: RIN≥7.0;

Para sa mga mananap: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

limitado o walay baseline elevation

● Mga tanom:

Root, Stem o Petal: 450 mg

Dahon o Binhi: 300 mg

Mga prutas: 1.2 g

● Hayop:

Kasingkasing o Tinai: 300 mg

Viscera o Utok: 240 mg

Kaunoran: 450 mg

Mga bukog, Buhok o Panit: 1g

● Mga Arthropod:

Mga insekto: 6g

Crustacea: 300 mg

● Tibuok dugo: 1 tubo

● Mga selula: 10⁶mga selula

Girekomenda nga Sample Delivery

Kontainer: 2 ml centrifuge tube (Tin foil dili girekomendar)

Sample nga pag-label: Grupo+kopya eg A1, A2, A3; B1, B2, B3.

pagpadala:

1. Dry-ice: Ang mga sample kinahanglang ibutang sa mga bag ug ilubong sa dry-ice.

2. RNAstable tubes: Ang mga sample sa RNA mahimong mamala sa RNA stabilization tube(eg RNAstable®) ug ipadala sa temperatura sa lawak.

Daloy sa Trabaho sa Serbisyo

Nucleotides:

Sample nga paghatod

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

After-sale nga serbisyo

Daloy sa Trabaho sa Serbisyo

Tissue:

Eksperimento nga disenyo

Sample nga paghatod

Pagkuha sa RNA

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

After-sale nga serbisyo

Kaniadto: Full-length mRNA sequencing -PacBio

Sunod: 10x Genomics Visium Spatial Transcriptome

● Hilaw nga pagproseso sa datos

● Transcript identification

● Alternatibong splicing

● Pagsukod sa ekspresyon sa lebel sa gene ug lebel sa isoform

● Pagtuki sa lain-laing ekspresyon

● Function annotation ug enrichment (DEGs ug DETs)

Alternatibong pagtuki sa splicing Alternatibong Polyadenylation Analysis (APA)

Pagtagna sa lncRNA

Anotasyon sa nobela nga mga gene

Clustering sa mga DET

Mga Network nga Protein-Protein sa mga DEG

Susihon ang mga pag-uswag nga gipadali sa Nanopore nga tibuuk nga serbisyo sa pagsunud sa mRNA sa BMKGene pinaagi sa usa ka curated nga koleksyon sa mga publikasyon.

Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetic ug transcriptional activation sa secretory kinase FAM20C isip oncogene sa glioma', Journal of Genetics ug Genomics, 50 (6), pp. 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.

Siya, Z. et al. (2023) 'Full-length transcriptome sequencing of lymphocytes motubag sa IFN-γ nagpadayag sa Th1-skewed immune response sa flounder (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.

Ma, Y. ug uban pa. (2023) 'Comparative analysis sa PacBio ug ONT RNA sequencing nga mga pamaagi alang sa Nemopilema Nomurai venom identification', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Yu, D. ug uban pa. (2023) 'Ang pagtuki sa Nano-seq nagpadayag sa lain-laing functional tendency tali sa mga exosome ug microvesicles nga nakuha gikan sa hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.