Ang DNA / RNA SEQUENCING -PACBIO SEQUENDER
Bahin
Duha ka mga Modelo sa Senta sa Pacbio: Padayon nga Madugay nga pagbasa (CLRR) ug CLACULENTE CONSSNUS Read (CCS)
| SEQUENCECE MODE | Gidak-on sa librarya | Teoretical DataAni (matag selyula) | Usa ka sukarananPagkatukma | Mga Aplikasyon |
| Klilya | 20Kb, 30kb, ug uban pa | 80 GB hangtod sa 130 GB | Hapit. 85% | De novo, Pagtawag sa SV, ug uban pa. |
| CCS | 15-20 KB | 14 hangtod 40 GB / Cell (Sequel II) 70 hangtod 110 GB / Cell (Revio) Nagsalig sa mga sampol | Hapit. 99% | De novo, SNP / Indel / Sv Calling, ISO-SEQ, |
Pagtandi sa pasundayag ug mga bahin sa Revio ug Sequel II
| Termino | SEQUEL II System | Sistema sa Revio | Paglambo |
| Mas Taas nga Densidad | 8 milyon nga zmws | 25 milyon nga zmws | 3x |
| Independente nga yugto | 1 | 4 | 4x |
| Mubo nga mga oras sa pagdagan | 30 oras | 24 oras | 1.25x |
| 30x HIFI Human Genomes / Tuig | 88 | 1,300 | 15x sa kinatibuk-an |
Mga Buluhaton sa Serbisyo
● Kapin sa 8 ka tuig nga kasinatian sa pagkaparirasyon sa Pacbio nga adunay libu-libong mga sirado nga proyekto nga adunay lainlaing mga espisye.
● Hingpit nga nasangkapan sa labing bag-o nga mga platform sa Pacbio, Revio aron makagarantiya sa igo nga pagkasunud-sunod.
● Mas paspas nga turno-sa palibot nga oras, mas taas nga ani sa datos ug mas tukma nga datos.
● Giamot sa gatusan nga mga high-epekto nga mga publikasyon nga nakabase sa Pacbio.
Mga kinahanglanon nga sample
| Sample Type | Kantidad | Konsentrasyon (Quit®) | Libro | Kalig-on | Ang uban |
| Genomic DNA | Pagsalig sa kinahanglan sa datos | ≥50 ng / μl | ≥15μL | Od260 / 280 = 1.7-2.2; Od260 / 230 = 1.8-2.5; Tin-aw nga Peak sa 260 NM,walay kontaminasyon | Ang mga konsentrasyon kinahanglan nga sukdon sa QUBIT ug QUBIT / Nanopore = 0.8-2.5 |
| Total nga RNA | ≥1.2μg | ≥120 ng / μl | ≥15μL | Od260 / 280 = 1.7-2.5; Od260 / 230 = 0.5-2.5;walay kontaminasyon | Kantidad nga kantidad ≥7.5 5≥28s / 18s≥1 |
Workflow of Service
Sample Pagpangandam
Pagtukod sa Library
Sunud-sunod
Data Analysis
Paghatud sa proyekto
1.Nag-house data ani
Ang mga datos nga gihimo gikan sa 63 CCS cells (gikan sa 26 nga mga espisye)
| Kasayoran-Pacbio-CCS-15 KB | Kasagaran | Max | Aga | Median |
| Paghatag - mga subreads (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polymerase N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| Mga Sulud sa N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| Average nga gitas-on nga Poymerase | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| Average nga mga subread sa gitas-on | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| Average nga gitas-on-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
Ang mga datos nga gihimo gikan sa 16 nga mga cler cells (gikan sa 76 nga mga espisye)
| Data-Pacbio-Clr-30kb | Kasagaran | Max | Aga | Median |
| Paghatag - mga subreads (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polymerase N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| Mga Sulud sa N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| Average nga gitas-on nga Poymerase | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| Average nga mga subread sa gitas-on | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.DATA QC - DEMOMga istatistika sa ani sa datos
| Panig-ingnan | Gibasa sa CCS NUM | Total nga mga sukaranan sa CCS (BP) | Gibasa sa CCS N50 (BP) | Ang CCS nagpasabut sa gitas-on (BP) | Ang CCS labing taas nga pagbasa (BP) | Mga baso sa subreads (BP) | CCS rate (%) |
| PB_BMKXXX | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
