● CDNA synthesis gikan sa Poly-A mrna nga gisundan sa pag-andam sa Library
● Pagsunud sa CCS mode, ang paghimo sa HIFI mabasa
● Pagsunud sa tibuuk nga mga transcripts
● Ang pag-analisar wala kinahanglana ang usa ka reperensya nga genome; Bisan pa, mahimo kini nga magamit
● Ang pag-analisar sa BioInInformatic nakapahimo sa pag-analisar sa mga transkrip sa ISOForm sa LNCRNA, fusions, poly-adenylation, ug istruktura sa gene
●Taas nga katukma: Ang HIFI mabasa uban ang katukma> 99.9% (Q30), itandi sa ngs
● Alternatibong Pag-analisar sa Splicing: Ang pagkasunud sa tibuuk nga mga transkrip nga nagpahimo sa Isoform identification ug kinaiya
●Daghang kahanas: Uban sa usa ka track record sa pagkompleto sa kapin sa 1100 Pacbio Full-Length nga transcriptome nga mga proyekto ug pagproseso sa kapin sa 2300 ka mga sample, ang among koponan nagdala usa ka bahandi sa matag proyekto.
●Suporta sa post-sales: Ang among pasalig molapas sa pagkompleto sa proyekto nga adunay 3-bulan nga pagkahuman sa pag-alagad sa serbisyo. Niining panahona, nagtanyag kami sa pag-follow-up sa proyekto, pagsulbad sa tabang, ug Q & usa ka sesyon aron matubag ang bisan unsang mga pangutana nga may kalabutan sa mga sangputanan.
Laybrari | SEQUENCING SCHATEGY | Girekomenda ang datos | Kinaandan nga Kontrol |
Gipalambo ni Polya ang Grna CCS Library | Pacbio Sequel II Pacbio Revio | 20/40 GB 5/10 M CCS | Q30085% |
Nucleotides:
● Mga tanum:
Gamut, stem o petal: 450 mg
Dahon o liso: 300 mg
Bunga: 1.2 g
● hayop:
Kasingkasing o tinai: 300 mg
Viscera o utok: 240 mg
Kaunoran: 450 mg
Mga bukog, buhok o panit: 1g
● Arthropods:
Mga insekto: 6g
Crustacea: 300 mg
● bug-os nga dugo: 1 tube
● Mga selula: 106 mga selula
Paghiusa. (NG / μL) | Kantidad (μg) | Kalig-on | Kaligdong |
≥ 100 | ≥ 1.0 | Od260 / 280 = 1.7-2.5 Od260 / 230 = 0.5-2.5 Limitado o wala'y kontaminasyon sa protina o DNA nga gipakita sa gel. | Alang sa mga tanum: Rin≥7.5; Alang sa mga hayop: rinto8.0; 5.06 28s / 18s≥1.0; limitado o wala'y basehanan nga kahitas-an |
Sudlanan: 2 ml centrifuge tube (wala girekomenda ang Tin Foil)
Sample nga labeling: Group + replicling eg A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pagpadala:
1. Ang uga nga yelo: Ang mga sample kinahanglan nga maputos sa mga bag ug gilubong sa uga nga yelo.
2. RNANASTITU PUBES: Ang mga sample sa RNA mahimong mamala sa RNA stabilization tube (eg rnastable®) ug gipadala sa temperatura sa kwarto.
Naglakip sa mosunod nga pag-analisar:
● HARW DATAD SA DATALION COLLOCT
● Alternatibong Pagtuki sa Polyadenylation (APA)
● Pag-analisa sa transkrip sa fusion
● Alternatibong Pag-analisar sa Splicing
● Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (Busco) Pag-analisar
● Pag-analisa sa Pagbalhin sa Nobela: Prediksyon sa Mga Sunud-sunod sa Coding (CD) ug Pag-anikal nga Annotation
● Pag-analisa sa LNCRNA: Prediksyon sa LNCRNA ug Target
● Pag-ila sa Microsatemite (SSR)
Pag-analisar sa busco
Alternatibong Pag-analisar sa Splicing
Alternatibong Pag-analisar sa Polyadenylation (APA)
Functional annotation sa mga transcript sa nobela
Susihon ang mga kauswagan nga gipadali sa Nanopore sa Bmkgene Full-Length nga mga serbisyo sa MRNA sa kini nga gipakita nga publikasyon.
Ma, Y. et al. (2023) 'pagtandi sa pag-analisar sa Pacbio ug Ont RNA nga mga pamaagi alang sa Nemopilema sa Nomurai Venom Identification', Genomics, 115), p. 110709. DOI: 10.1016 / J.Ygeno.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'Ang mga dinamika sa pag-uswag sa populus stem transcriptome', magtanum sa biotechnology journal, 17 (1), p. 206-219. Doi: 10.1111 / PBI.12958.
Deng, H. et al. . 5808. DOI: 10.3390 / IJMS2310580808 / S1.
Hua, X. et al. . Doi: 10.1038 / S42003-022-03000-Z.
Liu, M. ATON AL. . 363. DOI: 10.3390 / Mga Insekto14040363 / S1.
Wang, Lijun et al. . DOI: 10.1186 / S12864-019-5832-9.