BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
BMKMANU S3000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Mga bahin
- Resolusyon: 3.5 µM
- Spot Diametro: 2.5 µM
- Gidaghanon sa mga spots: gibana-bana nga 4 Million
- 3 nga posible nga mga format sa lugar nga makuha: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm o 15 mm * 20 mm
- Ang matag barcoded bead puno sa mga primer nga gilangkoban sa 4 ka seksyon:
• poly(dT) tail para sa mRNA priming ug cDNA synthesis,
• Talagsaon nga Molecular Identifier (UMI) aron matul-id ang bias sa amplification
• Spatial nga barcode
• Pagbugkos nga han-ay sa partial read 1 sequencing primer
- H&E ug fluorescent staining sa mga seksyon
- Posibilidad sa paggamit sa teknolohiya sa cell segmentation: paghiusa sa H&E staining, fluorescent staining, ug RNA sequencing aron mahibal-an ang mga utlanan sa matag cell ug husto nga pag-assign sa gene expression sa matag cell. Pagproseso sa downstream Spatial profiling analysis base sa cell bin.
- Posible nga makab-ot ang multilevel resolution analysis: Flexible multi-level analysis gikan sa 100um ngadto sa 3.5 um aron masulbad ang lain-laing bahin sa tissue sa kamalaumon nga resolusyon.
Mga bentaha sa BMKMANU S3000
-Pagdoble sa mga lugar nga makuha sa 4 Milyon: nga adunay mas maayo nga resolusyon sa 3.5 uM, nga mosangpot sa mas taas nga gene ug UMI detection kada cell. Nagresulta kini sa gipaayo nga pagkumpol sa mga selyula base sa mga profile sa transkripsyon, nga adunay labi ka maayo nga detalye nga katumbas sa istruktura sa mga tisyu.
- Sub-cellular nga resolusyon:Ang matag lugar nga makuha adunay> 2 milyon nga spatial Barcoded Spots nga adunay diyametro nga 2.5 µm ug usa ka gilay-on nga 5 µm taliwala sa mga sentro sa lugar, nga makapaarang sa pagtuki sa spatial transcriptome nga adunay sub-cellular nga resolusyon (5 µm).
-Multi-level nga pagtuki sa resolusyon:Flexible multi-level analysis gikan sa 100 μm ngadto sa 5 μm aron masulbad ang lain-laing mga bahin sa tisyu sa labing maayo nga resolusyon.
-Posibilidad sa paggamit sa "Three in one slide" cell segmentation technology:paghiusa sa fluorescence staining, H&E staining, ug RNA sequencing sa usa ka slide, ang among "three-in-one" analysis algorithm naghatag gahum sa pag-ila sa mga utlanan sa cell para sa sunod nga cell-based transcriptomics.
-Nahiuyon sa daghang mga platform sa pagsunud: anaa ang NGS ug long-read sequencing.
-Flexible nga disenyo sa 1-8 nga aktibo nga lugar sa pagkuha: ang gidak-on sa dapit sa pagdakop kay flexible, nga posible nga gamiton ang 3 ka format (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm ug 15 mm * 20 mm)
-One-stop nga serbisyo: naghiusa sa tanan nga kasinatian ug mga lakang nga nakabase sa kahanas, lakip ang cryo-sectioning, pagmantsa, pag-optimize sa tisyu, spatial barcoding, pag-andam sa librarya, pagsunud-sunod, ug bioinformatics.
-Komprehensibo nga bioinformatics ug user-friendly nga pagtan-aw sa mga resulta:Ang package naglakip sa 29 ka mga pag-analisa ug 100+ ka taas nga kalidad nga mga numero, inubanan sa paggamit sa inhouse nga naugmad nga software aron mahanduraw ug ipahiangay ang cell splitting ug spot clustering.
-Nahiangay nga pagtuki sa datos ug paghanduraw: anaa alang sa lain-laing mga hangyo sa panukiduki
-Taas nga hanas nga technical team: nga adunay kasinatian sa kapin sa 250 ka tipo sa tisyu ug 100+ ka espisye lakip ang tawo, ilaga, mammal, isda ug tanom.
-Real-time nga mga update sa tibuuk nga proyekto: nga adunay bug-os nga pagkontrol sa pag-uswag sa eksperimento.
-Opsyonal nga hiniusang pag-analisa nga adunay pagsunud sa Single-cell mRNA
Mga Detalye sa Serbisyo
| Sample nga Kinahanglanon | Library | Estratehiya sa Pagsunodsunod | Girekomenda ang Data | Pagkontrol sa Kalidad |
| OCT-embedded cryo samples (Optimal nga diametro: gibanabana. 6×6×6 mm³) 2 bloke matag sample 1 alang sa eksperimento, 1 alang sa backup | S3000 cDNA Library | Illumina PE150 | 160K PE nga pagbasa kada 100υM (250 Gb) | RIN> 7 |
Alang sa dugang nga mga detalye sa giya sa pag-andam sa sample ug dagan sa serbisyo, palihug ayaw pagduhaduha sa pagpakigsulti sa aEksperto sa BMKGENE
Daloy sa Trabaho sa Serbisyo
Sa yugto sa pag-andam sa sample, usa ka inisyal nga daghang pagsulay sa pagkuha sa RNA gihimo aron masiguro nga makuha ang usa ka taas nga kalidad nga RNA. Sa yugto sa pag-optimize sa tisyu ang mga seksyon nabulingan ug gitan-aw ug ang mga kondisyon sa permeabilisasyon alang sa pagpagawas sa mRNA gikan sa tisyu gi-optimize. Ang na-optimize nga protocol unya gipadapat sa panahon sa pagtukod sa librarya, gisundan sa pagkasunod-sunod ug pagtuki sa datos.
Ang kompleto nga service workflow naglakip sa real-time nga mga update ug mga pagkumpirma sa kliyente aron mapadayon ang usa ka responsive feedback loop, pagsiguro sa hapsay nga pagpatuman sa proyekto.
Ang datos nga namugna sa BMKMANU S3000 gisusi gamit ang software nga "BSTMatrix", nga independente nga gidisenyo sa BMKGENE, nga nagmugna og cell level ug multilevel resolution Gene Expression Matrix. Gikan didto, usa ka sumbanan nga taho ang nahimo nga naglakip sa pagkontrol sa kalidad sa datos, pagtuki sa sulud sa sulud ug pagtuki sa inter-grupo.
- Pagkontrol sa Kalidad sa Data:
- Output sa datos ug pag-apod-apod sa kalidad nga marka
- Pagsusi sa gene matag lugar
- Pagsakop sa tisyu
- Inner-sample nga pagtuki:
- Pagkadato sa gene
- Spot clustering, lakip ang pagkunhod sa pagtuki sa dimensyon
- Differential expression analysis tali sa clusters: pag-ila sa marker genes
- Functional nga anotasyon ug pagpalambo sa mga marker gene
- Pagtuki sa inter-grupo
- Re-kombinasyon sa mga spots gikan sa duha ka sample (eg. sakit ug kontrol) ug re-cluster
- Pag-ila sa mga marker genes alang sa matag cluster
- Functional nga anotasyon ug pagpalambo sa mga marker gene
- Differential Expression sa parehas nga cluster tali sa mga grupo
Dugang pa, gimugna sa BMKGene ang "BSTViewer" usa ka himan nga mahigalaon sa gumagamit nga makapahimo sa tiggamit nga mahanduraw ang ekspresyon sa gene ug pag-cluster sa lugar sa lainlaing mga resolusyon.
Ang BMKGene nagtanyag og spatial profiling services sa tukma nga single-cell resolution (base sa cell bin o multilevel square bin gikan sa 100um ngadto sa 3.5um).
Ang spatial profiling data gikan sa mga seksyon sa tisyu sa S3000 nga slide maayo nga nahimo sama sa ubos.
Pagtuon sa kaso 1: Utok sa ilaga
Ang pag-analisar sa usa ka seksyon sa utok sa mouse nga adunay S3000 miresulta sa pag-ila sa ~ 94 000 nga mga selula, nga adunay median nga pagkasunodsunod nga ~ 2000 nga mga gene matag selula. Ang gipaayo nga resolusyon sa 3.5 uM miresulta sa usa ka detalyado kaayo nga clustering sa mga selula base sa transcriptional patterns, uban sa mga clusters sa mga selula nagsundog sa utok differentiated istruktura. Kini dali nga maobserbahan pinaagi sa paghanduraw sa pag-apod-apod sa mga selula nga gihugpong ingon oligodendrocytes ug microglia nga mga selula, nga halos eksklusibo nga nahimutang sa gray ug puti nga butang, matag usa.
Pagtuon sa kaso 2: Mouse embryo
Ang pag-analisar sa seksyon sa embryo sa mouse nga adunay S3000 miresulta sa pag-ila sa ~ 2200 000 nga mga selula, nga adunay median nga pagkasunod-sunod nga ~ 1600 nga mga gene matag selula. Ang gipaayo nga resolusyon sa 3.5 uM miresulta sa usa ka detalyado kaayo nga clustering sa mga selula base sa transcriptional patterns, uban sa 12 clusters sa dapit sa mata ug 28 clusters sa dapit sa utok.
Inner-sample Analysis Cell clustering:
Pag-ila sa mga gene sa marker ug spatial distribution:
- mas taas nga sub-cellular resolution: Kung itandi sa S1000 slide, ang matag capture area sa S3000 adunay>4 million spatial Barcoded Spots nga adunay diametro nga 2.5 µm ug usa ka gilay-on nga 3.5 µm tali sa mga spot center, nga makapahimo sa spatial transcriptome analysis nga adunay mas taas nga sub-cellular resolution (square bin: 3.5 µm).
- Mas taas nga pagkaayo sa pagkuha: kung itandi sa S1000 slide, ang Median_UMI nga pagtaas gikan sa 30% hangtod 70%, ang Median_Gene nga pagtaas gikan sa 30% hangtod 60%
Scheme sa S1000 chip:
Scheme sa S3000 chip:
