Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Log in

Mga produkto

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Ang 16S ug 18S rRNA nga mga gene, kauban ang Internal Trancribed Spacer (ITS) nga rehiyon, nagsilbing pivotal molecular fingerprinting marker tungod sa ilang kombinasyon sa labi ka konserbado ug hyper-variable nga mga rehiyon, nga naghimo kanila nga bililhon nga mga himan alang sa pagkilala sa prokaryotic ug eukaryotic nga mga organismo. Ang pagpadako ug pagkasunud-sunod sa kini nga mga rehiyon nagtanyag usa ka pamaagi nga wala’y pagbulag alang sa pag-imbestiga sa komposisyon sa microbial ug pagkalainlain sa lainlaing mga ekosistema. Samtang ang pagsunud sa Illumina kasagarang gipunting ang mubu nga hypervariable nga mga rehiyon sama sa V3-V4 sa 16S ug ITS1, gipakita nga ang labing maayo nga annotation sa taxonomic makab-ot pinaagi sa pagsunud sa tibuuk nga gitas-on sa 16S, 18S, ug ITS. Kini nga komprehensibo nga pamaagi nagresulta sa mas taas nga porsyento sa tukma nga giklasipikar nga mga han-ay, pagkab-ot sa usa ka lebel sa resolusyon nga moabot sa pag-ila sa mga espisye. Ang PacBio's Single-Molecule Real-Time (SMRT) sequencing platform nagbarug pinaagi sa paghatag og tukma kaayo nga taas nga pagbasa (HiFi) nga naglangkob sa tibuok nga gitas-on nga mga amplicon, nga nag-indigay sa katukma sa Illumina sequencing. Kini nga kapabilidad nagtugot sa mga tigdukiduki nga makab-ot ang usa ka dili hitupngan nga bentaha - usa ka panoramic nga pagtan-aw sa genetic nga talan-awon. Ang gipalapdan nga sakup labi nga nagpataas sa resolusyon sa anotasyon sa mga espisye, labi na sa sulod sa mga komunidad sa bakterya o fungal, nga nagpaarang sa usa ka labi ka lawom nga pagsabut sa mga kakuti sa mga populasyon sa microbial.

Kontaka Kami

Mga Detalye sa Serbisyo

Bioinformatics

Mga Resulta sa Demo

Gipili nga mga publikasyon

Mga Feature sa Serbisyo

● Sequencing platform: PacBio Revio

● Sequencing mode: CCS (HiFi reads)

● Pagpadako sa target nga rehiyon nga gisundan sa tandem linking sa mga amplicon sa wala pa ang HiFi SMRT bell library nga pag-andam

Mga Bentaha sa Serbisyo

●Mas taas nga resolusyon sa taxonomic: Than short-amplicon sequencing,makapahimo sa mas taas nga OTU classification rate sa lebel sa espisye.

●Tukma kaayo nga base calling: PacBio CCS mode sequencing (HiFi mabasa).

●Walay pagkahimulag: Paspas nga pag-ila sa komposisyon sa microbial sa mga sample sa kinaiyahan.

●Kaylap nga magamit: Nagkalainlain nga pagtuon sa komunidad sa microbial.

●Komprehensibo nga bioinformatic analysis: Ang pinakabag-o nga QIIME2 package (quantitative insight sa microbial ecology) nga adunay lain-laing mga pag-analisa sa termino sa database, annotation, OTU/ASV.

●Lapad nga Eksperto: Uban sa libu-libo nga amplicon sequencing nga mga proyekto nga gihimo matag tuig, ang BMKGENE nagdala sa kapin sa usa ka dekada nga kasinatian, usa ka hanas kaayo nga grupo sa pagtuki, komprehensibo nga sulud, ug maayo kaayo nga suporta sa post-sales.

Mga Detalye sa Serbisyo

Library	Estratehiya sa Pagsunodsunod	Girekomenda ang datos
Amplicon	PacBio Revio	10/30/50 K tag (CCS)

Sample nga Kinahanglanon

Konsentrasyon (ng/µL)	Kinatibuk-ang kantidad (µg)	Tomo (µL)
≥5	≥0.3	≥20

Girekomenda nga Sample Delivery

I-freeze ang mga sample sa liquid nitrogen sulod sa 3-4 ka oras ug tipigi sa liquid nitrogen o -80 degree ngadto sa long-term reservation. Gikinahanglan ang sample nga pagpadala gamit ang dry-ice.

Daloy sa Trabaho sa Serbisyo

Sample nga paghatod

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

After-sale nga serbisyo

Kaniadto: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Sunod: Pagsusi alang sa Transposase-Accessible Chromatin nga adunay High Throughput Sequencing (ATAC-seq)

Naglakip sa mosunod nga pagtuki:

●Pagkontrol sa kalidad sa hilaw nga datos

●OTU clustering/De-noise(ASV)

●OTU anotasyon

●Pagtuki sa pagkalainlain sa Alpha: daghang mga indeks, lakip ang Shannon, Simpson ug ACE.

●Pagtuki sa Beta diversity

●Pagtuki sa taliwala sa grupo

●Pagtuki sa correlation: tali sa environmental nga mga hinungdan ug OUT komposisyon ug diversity

●16S functional gene prediction

Histogram sa taxonomic distribution

Pag-apod-apod sa komunidad nga phylogenetic tree

Pagtuki sa pagkalainlain sa Alpha: ACE

indeks

Beta diversity analysis: PCoA

Pagtuki sa Intergroup: ANOVA

Susihon ang mga pag-uswag nga gipadali sa mga serbisyo sa pagsunud sa amplicon sa BMKGene kauban ang PacBio pinaagi sa usa ka curated nga koleksyon sa mga publikasyon.

Gao, X. and Wang, H. (2023) 'Comparative Analysis of Rumen Bacterial Profiles and Functions during Adaption to Different Phenology (Regreen vs. Grassy) in Alpine Merino Sheep with Two Growing Stage on an Alpine Meadow', Fermentation, 9( 1), p. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. ug uban pa. (2023) 'Pagkuha sa microbial dark matter sa desyerto nga yuta gamit ang culturomics-based metagenomics ug high-resolution analysis', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. ug uban pa. (2022) 'Mga epekto sa fatty acid salts sa fermentation nga mga kinaiya, bacterial diversity ug aerobic stability sa mixed silage nga giandam uban sa alfalfa, straw ug wheat bran', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), pp. 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) 'Ang Interaksyon tali sa Oxidative Stress Biomarkers ug Gut Microbiota sa Antioxidant Effects sa Extracts gikan sa Sonchus brachyotus DC. sa Oxazolone-Induced Intestinal Oxidative Stress sa Adult Zebrafish', Antioxidants 2023, Vol. 12, Pahina 192, 12(1), p. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.