Exclusive Agency for Korea

Bmkcloud log sa

Mga produkto

10x genomics visium spatial transcriptome

Ang spatial transcriptomics usa ka teknolohiya sa pagputol nga nagtugot sa mga tigdukiduki nga mag-imbestiga sa mga sumbanan sa ekspresyon sa gene sa mga tisyu samtang gipreserbar ang ilang konteksto sa spatial. Ang usa ka gamhanan nga plataporma sa kini nga domain mao ang 10x genomics visium nga gisumpay sa Illangina SEQUENCECE. Ang prinsipyo sa 10x Visium nahimutang sa usa ka espesyalista nga chip nga adunay usa ka gitudlo nga lugar sa pagdakup diin gibutang ang mga seksyon sa tisyu. Kini nga lugar nga nakuha naglangkob sa mga barcoded spots, matag usa nga katumbas sa usa ka talagsaon nga lokasyon sa spatial sa sulod sa tisyu. Ang nadakup nga mga molekula sa RNA gikan sa tisyu nga gi-sumbanan nga adunay talagsaon nga molekular identifier (Umis) sa panahon sa reverse transconment nga proseso. Kini nga mga barcoded spots ug umis nakapahimo sa tukma nga spatial mapa ug pag-ihap sa ekspresyon sa gene sa usa ka resolusyon sa single-cell. Ang kombinasyon sa spatially barcoded nga mga sampol ug umtang gisiguro sa Umis ang katukma ug katulundon sa mga datos nga gihimo. By using this Spatial Transcriptomics technology, researchers can gain a deeper understanding of the spatial organization of cells and the complex molecular interactions occurring within tissues, offering invaluable insights into the mechanisms underlying biological processes in multiple fields, including oncology, neuroscience, developmental biology, immunology , ug mga pagtuon sa botanical.

Platform: 10x genomics visium ug illumina Novasq

Kontaka kami

Mga Detalye sa Serbisyo

Bioinformatics

Mga resulta sa Demo

Gipili nga Publikasyon

Teknikal nga Scheme

Bahin

● Resolution: 100 μm

● Diameter sa Spen: 55 μm

● KURSO SA MGA SPOTS: 4992

● Pagkuha sa lugar: 6.5 x 6.5 mm

● Ang matag lugar nga barcoded gikarga sa mga primer nga gilangkuban sa 4 nga mga seksyon:

- Poly (DT) nga ikog alang sa MRNA priming ug cdna synthesis

- Talagsaon nga molekula nga nagpaila (UMI) aron matul-id ang bias nga amplification

- Spatial barcode

- Pagsunud sa Seksyon sa Partial Basaha 1 Pag-abut sa Primer

● H & E Staining of Sections

Bentaha

●Usa ka hunong nga serbisyo: integrates all experience and skill-based steps, including cryo-sectioning, staining, tissue optimization, spatial barcoding, library preparation, sequencing and bioinformatics .

● Talagsaon nga teknikal nga team: Uban sa kasinatian sa kapin sa 250 nga mga tipo sa tisyu ug 100+ nga mga espisye lakip ang tawo, mouse, mammal, isda ug tanum.

●Real-time nga pag-update sa tibuuk nga proyekto: nga adunay bug-os nga pagkontrol sa pag-uswag sa eksperimento.

●Komprehensibo nga Standard Bioinformatics:Ang package naglakip sa 29 nga pag-analisar ug 100+ high-kalidad nga mga numero.

●Nahiangay nga Data Analysis ug Visualization: Magamit alang sa lainlaing mga hangyo sa panukiduki.

●Opsyonal nga Joint Analysis nga adunay Single-Cell Mrna nga Sinta

Mga detalye

Mga kinahanglanon nga sample

Laybrari

SEQUENCING SCHATEGY

Girekomenda ang datos

Kinaandan nga Kontrol

Mga Samples sa Struo sa Oktubre

(Kamalaumon nga diameter: gibana-bana nga 6x6x6 mm³)

2 bloke matag sample

10X Visium CDNA Library

Illlarina PE150

Ang 50k PE mabasa matag lugar

(60GB)

Rin> 7

Alang sa dugang nga mga detalye sa sample nga giya sa pag-andam ug pag-agay sa serbisyo, palihug mobati nga gawasnon sa pagpakigsulti sa usa kaEksperto sa BMKGENE

Workflow of Service

Sa sample nga bahin sa pag-andam, usa ka inisyal nga paghusay sa pagkuha sa RNA ang gihimo aron masiguro nga makuha ang usa ka taas nga kalidad nga RNA. Sa yugto sa pag-optimize sa tisyu ang mga seksyon gipintalan ug mahanduraw ug ang mga kondisyon sa permeabilisasyon alang sa pagpagawas sa MRNA gikan sa tisyu. Ang optimized protocol dayon gipadapat sa panahon sa pagtukod sa librarya, gisundan sa pag-analisar ug pag-analisar sa datos.

Ang kompleto nga workflow sa serbisyo naglangkit sa mga pag-update sa real-time ug kliyente aron mapadayon ang usa ka tubag nga reaksibo nga feedback loop, pagseguro sa hapsay nga pagpatay sa proyekto.

Kaniadto: Tibuok-kadak-an nga MRNA SEQUENCE-NANPORE

Sunod: Tanum / hayop nga tibuuk nga genome

Naglakip sa mosunod nga pag-analisar:

Kontrol sa kalidad sa Data:

o Pag-apod-apod sa Output sa Data ug kalidad

o GENE SEARCATION PER SITUP

o sakup sa tisyu

Inner-sample nga pagtuki:

o Kadato sa Gene

o Spot Clustering, lakip na ang pagkunhod sa pag-analisar sa sukod

o Ang pag-analisar sa ekspresyon nga pagpahayag tali sa mga Clusters: Pag-ila sa mga Marker Genes

o Functional Annotation ug pagpalambo sa mga marmer gen

Pagtuki sa inter-group

o Pag-usab sa mga Spots gikan sa parehong mga sample (eg. Sakit sa Sakit ug Kontrol) ug Re-Cluster

o Pag-ila sa mga marmer gen alang sa matag pungpong

o Functional Annotation ug pagpalambo sa mga marmer gen

o Pagkalainlain nga pagpahayag sa parehas nga pungpong tali sa mga grupo

Siling-Sample Analysis

Spot Clustering

10x (10)

Ang mga marka sa marka sa marka ug pag-apod-apod sa spatial

10x (12)

Pagtuki sa inter-group

Kombinasyon sa datos gikan sa duha nga mga grupo ug re-cluster

Mga Marker Genes sa Bag-ong mga Punggayon

Susihon ang mga kauswagan nga gipadali sa Spatial Transcripomics Spatial Serbisyo sa Transcripomics sa 10x Visium sa kini nga gipakita nga mga publikasyon:

Chen, D. at al. .Mga Pagdumala sa National Academy of Science sa Estados Unidos sa Amerika, 120 (30), p. E2303462120. Doi: /10.1073/PNAS.2303462120

Chen, Y. et al. (2023) 'Ang steel nagtugot sa high-resolution dislineation sa spatiotemproral transcriptomic data',Mga Briftings sa Bioinformatics, 24 (2), p. 1-10. DOI: 10.1093 / BIB / BBAD068.

Liu, C. et al. (2022) 'Usa ka spatiotemporal atlas sa organogogenesis sa pag-uswag sa mga bulak nga orkid',Panukiduki sa nukleyar acid, 50 (17), PP. 9724-9737. DOI: 10.1093 / NAR / GKAC773.

Wang, j. et al. .Internasyonal nga journal sa mga siyensya sa biological, 19 (8), p. 2515-2530. DOI: 10.7150 / IJBS.83510.