Seqüenciació de bisulfits del genoma sencer (WGBS)
La seqüenciació de bisulfits del genoma sencer (WGBS) és la metodologia estàndard d'or per a l'exploració en profunditat de la metilació de l'ADN, concretament la cinquena posició de la citosina (5-mC), un regulador fonamental de l'expressió gènica i l'activitat cel·lular. El principi subjacent al WGBS consisteix en el tractament amb bisulfits, que indueix la conversió de citosines no metilades a uracil (C a U), alhora que deixa inalterades les citosines metilades. Aquesta tècnica ofereix una resolució d'una sola base, que permet als investigadors investigar exhaustivament el metiloma i descobrir patrons de metilació anormals associats a diverses condicions, especialment el càncer. Mitjançant l'ús de WGBS, els científics poden obtenir una visió inigualable dels paisatges de metilació de tot el genoma, proporcionant una comprensió matisada dels mecanismes epigenètics que subjauen a diversos processos biològics i malalties.
Característiques del servei
● Requereix un genoma de referència.
● S'afegeix ADN lambda per controlar l'eficiència de conversió de bisulfits.
● Seqüenciació a Illumina NovaSeq.
Avantatges del servei
●Estàndard d'or per a la investigació de metilació de l'ADN: Aquesta tecnologia de processament de conversió de metilació madura té una alta precisió i una bona reproductibilitat.
●Àmplia cobertura i resolució de base única:detecció de llocs de metilació a nivell de tot el genoma.
●Plataforma completa:proporcionar un servei excel·lent únic, des del processament de mostres, la construcció de biblioteques, la seqüenciació fins a l'anàlisi bioinformàtica.
●Àmplia experiència: amb els projectes de seqüenciació WGBS completats amb èxit en una àmplia gamma d'espècies, BMKGENE aporta més d'una dècada d'experiència, un equip d'anàlisi altament qualificat, contingut complet i un excel·lent suport postvenda.
●Possibilitat d'unir-se amb l'anàlisi de transcriptòmica: permet l'anàlisi integrada de WGBS amb altres dades òmiques com ara RNA-seq.
Especificacions de mostra
| Biblioteca | Estratègia de seqüenciació | Sortida de dades recomanada | Control de qualitat |
| Tractat amb bisulfit | Il·lumina PE150 | 30x de profunditat | Q30 ≥ 85% Conversió de bisulfit > 99% |
Exemples de requisits
| Concentració (ng/µL) | Quantitat total (µg) | Requisits addicionals | |
| ADN genòmic | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Degradació o contaminació limitada |
Flux de treball del servei
Lliurament de la mostra
Extracció d'ADN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Lliurament de dades
Inclou l'anàlisi següent:
● Control de qualitat de la seqüenciació en brut;
● Cartografia al genoma de referència;
● Detecció de bases metilades 5mC;
● Anàlisi de la distribució i anotació de la metilació;
● Anàlisi de regions diferencialment metilades (DMR);
● Anotació funcional de gens associats a DMR.
Detecció de metilació de 5 mC: tipus de llocs metilats
Mapa de metilació. Distribució a tot el genoma de metilació de 5 mC
Anotació de regions molt metilades
Regions diferencialment metilades: gens associats
Regions diferencialment metilades: anotació de gens associats (Gene Ontologia)
Exploreu els avenços de la investigació facilitats pels serveis de seqüenciació de bisulfits del genoma sencer de BMKGene mitjançant una col·lecció de publicacions curada.
Fan, Y. et al. (2020) "Anàlisi dels perfils de metilació de l'ADN durant el desenvolupament del múscul esquelètic de les ovelles mitjançant la seqüenciació de bisulfits de genoma sencer",BMC Genòmica, 21(1), pàgs. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) "Noves pertorbacions de la metilació de l'àcid desoxiribonucleic en treballadors exposats al clorur de vinil",Toxicologia i Salut Industrial, 38(7), pàgs. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) "Relacions entre la metilació del genoma, els nivells d'ARN no codificants, ARNm i metabòlits en la fruita de tomàquet en maduració",El diari de les plantes, 103(3), pàg. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
