Seqüenciació de fragments amplificats de locus específics (SLAF-Seq)
Flux de treball
Esquema Tècnic
Característiques del servei
● Seqüenciació a NovaSeq amb PE150.
● Preparació de la biblioteca amb codi de barres doble, que permet agrupar més de 1000 mostres.
● Aquesta tècnica es pot utilitzar amb o sense genoma de referència, amb diferents pipelines bioinformàtics per a cada cas:
Amb genoma de referència: descobriment de SNP i InDel
Sense genoma de referència: agrupació de mostres i descobriment de SNP
● En elin silicoLes combinacions d'enzims de restricció múltiple de l'etapa prèvia al disseny es mostren per trobar les que generen una distribució uniforme d'etiquetes SLAF al llarg del genoma.
● Durant el pre-experiment, es proveen tres combinacions d'enzims en 3 mostres per generar 9 biblioteques SLAF, i aquesta informació s'utilitza per triar la combinació òptima d'enzims de restricció per al projecte.
Avantatges del servei
●Descobriment de marcadors genètics alts: La integració d'un sistema de codi de barres doble d'alt rendiment permet la seqüenciació simultània de grans poblacions, i l'amplificació específica del lloc millora l'eficiència, assegurant que els números d'etiquetes compleixin els diversos requisits de diverses preguntes de recerca.
● Baixa dependència del genoma: Es pot aplicar a espècies amb o sense genoma de referència.
●Disseny d'esquemes flexibles: Es poden seleccionar una digestió d'un enzim únic, un enzim dual, una digestió multienzim i diversos tipus d'enzims per atendre diferents objectius o espècies de recerca. Elin silicoes realitza el disseny previ per garantir un disseny enzimàtic òptim.
● Alta eficiència en la digestió enzimàtica: La conducció d'unin silicoEl pre-disseny i un pre-experiment van assegurar un disseny òptim amb una distribució uniforme de les etiquetes SLAF al cromosoma (1 etiqueta SLAF/4Kb) i una seqüència repetitiva reduïda (<5%).
●Àmplia experiència: El nostre equip aporta una gran experiència a cada projecte, amb un historial de tancament de més de 5000 projectes SLAF-Seq sobre centenars d'espècies, incloses plantes, mamífers, ocells, insectes i organismes aquàtics.
● Flux de treball bioinformàtic de desenvolupament propi: BMKGENE va desenvolupar un flux de treball bioinformàtic integrat per a SLAF-Seq per garantir la fiabilitat i la precisió de la sortida final.
Especificacions del servei
| Tipus d'anàlisi | Escala de població recomanada | Estratègia de seqüenciació | |
| Profunditat de la seqüenciació d'etiquetes | Número d'etiqueta | ||
| Mapes genètics | 2 pares i >150 fills | Pares: 20x WGS Desenvolupament: 10x | Mida del genoma: <400 Mb: es recomana WGS <1 Gb: 100.000 etiquetes 1-2 Gb:: 200.000 etiquetes > 2 Gb: 300.000 etiquetes Màxim 500.000 etiquetes |
| Estudis d'associació a tot el genoma (GWAS) | ≥200 mostres | 10x | |
| Evolució genètica | ≥30 mostres, amb >10 mostres de cada subgrup | 10x | |
Requisits del servei
Concentració ≥ 5 ng/µL
Import total ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Gel d'agarosa: degradació o contaminació nula o limitada
Lliurament de mostres recomanat
Envàs: tub de centrífuga de 2 ml
(Per a la majoria de les mostres, recomanem no conservar en etanol)
Etiquetatge de la mostra: les mostres han d'estar clarament etiquetades i idèntiques al formulari d'informació de la mostra enviat.
Enviament: gel sec: primer s'han d'envasar les mostres en bosses i enterrar-les en gel sec.
Flux de treball del servei
Mostra de control de qualitat
Experiment pilot
SLAF-experiment
Preparació de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Inclou l'anàlisi següent:
- Seqüenciació de dades QC
- Desenvolupament d'etiquetes SLAF
Mapatge al genoma de referència
Sense genoma de referència: agrupació
- Anàlisi de les etiquetes SLAF.: estadístiques, distribució a través del genoma
- Descobriment de marcadors: SNP, InDel, SNV, trucada i anotació de CV
Distribució de les etiquetes SLAF als cromosomes:
Distribució dels SNP als cromosomes:
Anotació SNP
| Any | Diari | IF | Títol | Aplicacions |
| 2022 | Comunicacions de natura | 17.694 | Bases genòmica dels giga-cromosomes i giga-genoma de la peònia d'arbre Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nou fitòleg | 7.433 | Les petjades de domesticació ancoran regions genòmiques d'importància agronòmica soja | SLAF-GWAS |
| 2022 | Revista de Recerca Avançada | 12.822 | Introgressions artificials a tot el genoma de Gossypium barbadense a G. hirsutum revelen llocs superiors per a la millora simultània de la qualitat i el rendiment de la fibra de cotó trets | SLAF-Genètica evolutiva |
| 2019 | Planta Molecular | 10.81 | L'anàlisi genòmica de la població i l'assemblea De Novo revelen l'origen de Weedy L'arròs com a joc evolutiu | SLAF-Genètica evolutiva |
| 2019 | Genètica de la natura | 31.616 | Seqüència del genoma i diversitat genètica de la carpa comuna, Cyprinus carpio | Mapa SLAF-Linkage |
| 2014 | Genètica de la natura | 25.455 | El genoma del cacauet conreat proporciona informació sobre els cariotips de llegums, poliploides evolució i domesticació dels cultius. | Mapa SLAF-Linkage |
| 2022 | Revista de Biotecnologia Vegetal | 9.803 | La identificació de ST1 revela una selecció que implica fer autostop de la morfologia de les llavors i contingut d'oli durant la domesticació de la soja | Desenvolupament SLAF-Marker |
| 2022 | Revista Internacional de Ciències Moleculars | 6.208 | Identificació i desenvolupament de marcadors d'ADN per a un Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Substitució disòmica de cromosomes | Desenvolupament SLAF-Marker |
| Any | Diari | IF | Títol | Aplicacions |
| 2023 | Fronteres en la ciència vegetal | 6.735 | Mapeig QTL i anàlisi del transcriptoma del contingut de sucre durant la maduració de la fruita de Pyrus pyrifolia | Mapa genètic |
| 2022 | Revista de Biotecnologia Vegetal | 8.154 | La identificació de ST1 revela una selecció que implica fer autostop de morfologia de llavors i contingut d'oli durant la domesticació de la soja
| Trucada SNP |
| 2022 | Fronteres en la ciència vegetal | 6.623 | Cartografia de l'associació a tot el genoma de fenotips sense casc en un entorn de sequera.
| GWAS |
