Seqüenciació de l'ARN procariota
Característiques
● El processament de mostres d'ARN va implicar l'esgotament de l'ARNr seguit de la preparació direccional de la biblioteca d'ARN.
● Anàlisi bioinformàtica basada en l'alineació amb un genoma de referència
● L'anàlisi inclou l'expressió gènica i els DEG, però també l'anàlisi de l'estructura de la transcripció i l'ARNs
Avantatges del servei
●Control de qualitat rigorós: implementem punts de control bàsics en totes les etapes, des de la preparació de mostres i biblioteques fins a la seqüenciació i la bioinformàtica. Aquest control minuciós garanteix el lliurament de resultats d'alta qualitat constant.
●Dades de seqüenciació específiques de cadena: perquè la preparació de la biblioteca d'ARN és direccional, permetent la identificació de transcripcions anti-sentit.
●Anàlisi completa adaptada als transcriptomes procariotes: el pipeline bioinformàtic inclou no només l'anàlisi de l'expressió gènica, sinó també l'anàlisi de l'estructura de la transcripció, inclosa la identificació d'operons, UTR i promotors. També inclou l'anàlisi dels ARNs, és a dir, l'anotació i la predicció de l'estructura secundària i els objectius.
●Suport postvenda: el nostre compromís s'estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei postvenda de 3 mesos. Durant aquest temps, oferim seguiment del projecte, assistència per a la resolució de problemes i sessions de preguntes i respostes per resoldre qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
Requisits de mostra i lliurament
| Biblioteca | Estratègia de seqüenciació | Dades recomanades | Control de qualitat |
| Biblioteca direccional esgotada d'ARNr | Il·lumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Requisits de mostra:
| Conc. (ng/μl) | Quantitat (μg) | Puresa | Integritat |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1,8-2,0 OD260/230=1,0-2,5 Es mostra al gel una contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN. | RIN≥6,5 |
Lliurament de mostres recomanat
Envàs: tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana paper d'alumini)
Etiquetatge de la mostra: grup+rèplica, p. ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Enviament:
1. Gel sec: les mostres s'han d'envasar en bosses i enterrar-les en gel sec.
2. Tubs RNAstable: les mostres d'ARN es poden assecar en un tub d'estabilització d'ARN (per exemple, RNAstable®) i enviar-se a temperatura ambient.
Flux de treball del servei
Lliurament de la mostra
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Flux de treball d'anàlisi bioinformàtica
Inclou l'anàlisi següent:
● Control de qualitat de les dades en brut
● Alineació amb el genoma de referència
● Avaluació de la qualitat de la biblioteca: aleatorietat de la fragmentació de l'ARN, mida de la inserció i saturació de la seqüenciació
● Anotació funcional dels gens codificants predits
● Anàlisi d'expressió: correlació i anàlisi de components principals (PCA)
● Expressió gènica diferencial (DEG)
● Anotació funcional i enriquiment de DEG
● Anàlisi de sRNA: predicció, anotació, objectiu i predicció d'estructura secundària
● Anàlisi de l'estructura de la transcripció: operons, posicions inicials i finals, regió no traduïda (UTS), promotor i anàlisi SNP/InDel
Saturació de seqüenciació
Anotació funcional de gens codificants
Correlació entre mostres
Anàlisi de gens expressats diferencials (DEG).
Anàlisi d'enriquiment funcional
anotació de sRNA
Exploreu els avenços facilitats pels serveis de seqüenciació d'ARNm de longitud completa Nanopore de BMKGene en aquesta publicació destacada.
Guan, CP et al. (2018) "Canvis globals en el transcriptoma de Staphylococcus epidermidis que forma biofilm que responen als alcaloides totals de Sophorea alopecuroides",Revista polonesa de microbiologia, 67(2), pàg. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
