-
BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
La transcriptòmica espacial es troba a l'avantguarda de la innovació científica, donant poder als investigadors per aprofundir en patrons d'expressió gènica complexos dins dels teixits mentre es preserva el seu context espacial. Enmig de diverses plataformes, BMKGene ha desenvolupat el xip de transcriptoma espacial BMKManu S3000, amb una resolució millorada de 3,5 µm, arribant al rang subcel·lular i habilitant la configuració de resolució de diversos nivells. El xip S3000, amb aproximadament 4 milions de taques, utilitza micropous en capes amb perles carregades amb sondes de captura amb codi de barres espacials. Una biblioteca d'ADNc, enriquida amb codis de barres espacials, es prepara a partir del xip S3000 i, posteriorment, es seqüencia a la plataforma Illumina NovaSeq. La combinació de mostres amb codi de barres espacial i UMI garanteix la precisió i l'especificitat de les dades generades. El xip BMKManu S3000 és extremadament versàtil, oferint configuracions de resolució de diversos nivells que es poden ajustar finament a diferents teixits i nivells de detall desitjats. Aquesta adaptabilitat posiciona el xip com una opció excel·lent per a diversos estudis de transcriptòmica espacial, assegurant una agrupació espacial precisa amb un soroll mínim. L'ús de la tecnologia de segmentació cel·lular amb BMKManu S3000 permet delimitar les dades transcripcionals als límits de les cèl·lules, donant lloc a una anàlisi que té un significat biològic directe. A més, la resolució millorada de S3000 dóna com a resultat un major nombre de gens i UMI detectats per cèl·lula, permetent una anàlisi molt més precisa dels patrons de transcripció espacial i l'agrupament de cèl·lules.
-
Seqüenciació d'ARN d'un sol nucli
El desenvolupament de tècniques de captura d'una sola cèl·lula i de construcció de biblioteques personalitzades, juntament amb la seqüenciació d'alt rendiment, ha revolucionat els estudis d'expressió gènica a nivell cel·lular. Aquest avenç permet una anàlisi més profunda i completa de les poblacions cel·lulars complexes, superant les limitacions associades a la mitjana de l'expressió gènica a totes les cèl·lules i preservant la veritable heterogeneïtat dins d'aquestes poblacions. Tot i que la seqüenciació d'ARN unicel·lular (scRNA-seq) té avantatges innegables, es troba amb reptes en determinats teixits on la creació d'una suspensió unicel·lular resulta difícil i requereix mostres fresques. A BMKGene, abordem aquest obstacle oferint la seqüenciació d'ARN d'un sol nucli (snRNA-seq) mitjançant la tecnologia d'última generació 10X Genomics Chromium. Aquest enfocament amplia l'espectre de mostres susceptibles de l'anàlisi del transcriptoma a nivell d'una sola cèl·lula.
L'aïllament dels nuclis s'aconsegueix mitjançant l'innovador xip 10X Genomics Chromium, que inclou un sistema de microfluídica de vuit canals amb dobles encreuaments. Dins d'aquest sistema, les perles de gel que incorporen codis de barres, primers, enzims i un sol nucli s'encapsulen en gotes d'oli de mida nanolitres, formant una emulsió de gel en emulsió (GEM). Després de la formació de GEM, es produeix la lisi cel·lular i l'alliberament de codi de barres dins de cada GEM. Posteriorment, les molècules d'ARNm es sotmeten a una transcripció inversa en ADNc, incorporant codis de barres 10X i identificadors moleculars únics (UMI). Aquests ADNc es sotmeten a una construcció estàndard de biblioteques de seqüenciació, facilitant una exploració robusta i completa dels perfils d'expressió gènica a nivell d'una sola cèl·lula.
Plataforma: plataforma 10× Genomics Chromium i Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
La transcriptòmica espacial és una tecnologia d'avantguarda que permet als investigadors investigar els patrons d'expressió gènica dins dels teixits tot preservant el seu context espacial. Una plataforma potent en aquest domini és 10x Genomics Visium juntament amb la seqüenciació Illumina. El principi de 10X Visium es troba en un xip especialitzat amb una àrea de captura designada on es col·loquen seccions de teixit. Aquesta àrea de captura conté punts amb codi de barres, cadascun corresponent a una ubicació espacial única dins del teixit. A continuació, les molècules d'ARN capturades del teixit s'etiqueten amb identificadors moleculars únics (UMI) durant el procés de transcripció inversa. Aquests punts de codi de barres i UMI permeten un mapeig espacial precís i la quantificació de l'expressió gènica amb una resolució d'una sola cèl·lula. La combinació de mostres amb codi de barres espacial i UMI garanteix la precisió i l'especificitat de les dades generades. Mitjançant l'ús d'aquesta tecnologia de transcriptòmica espacial, els investigadors poden obtenir una comprensió més profunda de l'organització espacial de les cèl·lules i de les complexes interaccions moleculars que es produeixen dins dels teixits, oferint informació inestimable sobre els mecanismes subjacents als processos biològics en múltiples camps, com l'oncologia, la neurociència, la biologia del desenvolupament i la immunologia. , i estudis botànics.
Plataforma: 10X Genomics Visium i Illumina NovaSeq
