-
Seqüenciació metagenòmica -NGS
Un metagenoma és una col·lecció del material genètic total d'una comunitat mixta d'organismes, com ara metagenomes ambientals i humans. Conté genomes de microorganismes cultivables i no cultivables. La seqüenciació metagenòmica d'escopeta amb NGS permet l'estudi d'aquests paisatges genòmics intricats incrustats en mostres ambientals proporcionant més que un perfil taxonòmic, donant també una visió granular de la diversitat d'espècies, la dinàmica d'abundància i les estructures poblacionals complexes. Més enllà dels estudis taxonòmics, la metagenòmica d'escopeta també ofereix una perspectiva de la genòmica funcional, que permet l'exploració de gens codificats i els seus papers putatius en els processos ecològics. Finalment, l'establiment de xarxes de correlació entre elements genètics i factors ambientals contribueix a una comprensió holística de la intricada interacció entre les comunitats microbianes i el seu fons ecològic. En conclusió, la seqüenciació metagenòmica és un instrument fonamental per aclarir les complexitats genòmiques de diverses comunitats microbianes, il·luminant les relacions polièdriques entre la genètica i l'ecologia dins d'aquests ecosistemes complexos.
Plataformes: Illumina NovaSeq i DNBSEQ-T7
-
Seqüenciació metagenòmica-TGS
Un metagenoma és una col·lecció del material genètic d'una comunitat mixta d'organismes, com ara metagenomes ambientals i humans. Conté genomes de microorganismes cultivables i no cultivables. La seqüenciació metagenòmica permet l'estudi d'aquests paisatges genòmics intricats incrustats en mostres ecològiques proporcionant més que un perfil taxonòmic. També ofereix una perspectiva de la genòmica funcional explorant els gens codificats i els seus papers putatius en els processos ambientals. Si bé els enfocaments tradicionals d'escopeta amb seqüenciació Illumina s'han utilitzat àmpliament en estudis metagenòmics, l'arribada de la seqüenciació de lectura llarga Nanopore i PacBio ha canviat el camp. La tecnologia Nanopore i PacBio milloren les anàlisis bioinformàtiques aigües avall, sobretot el muntatge del metagenoma, garantint assemblatges més continus. Els informes indiquen que la metagenòmica basada en Nanopore i PacBio ha generat amb èxit genomes bacterians complets i tancats a partir de microbiomes complexos (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). La integració de lectures de Nanopore amb lectures d'Illumina proporciona un enfocament estratègic per a la correcció d'errors, mitigant la baixa precisió inherent de Nanopore. Aquesta combinació sinèrgica aprofita els punts forts de cada plataforma de seqüenciació, oferint una solució sòlida per superar les limitacions potencials i avançar en la precisió i la fiabilitat de les anàlisis metagenòmics.
Plataforma: Nanopore PromethION 48, Illumia i PacBio Revio
-
Seqüenciació de bisulfits del genoma sencer (WGBS)
La seqüenciació de bisulfits del genoma sencer (WGBS) és la metodologia estàndard d'or per a l'exploració en profunditat de la metilació de l'ADN, concretament la cinquena posició de la citosina (5-mC), un regulador fonamental de l'expressió gènica i l'activitat cel·lular. El principi subjacent al WGBS consisteix en el tractament amb bisulfits, que indueix la conversió de citosines no metilades a uracil (C a U), alhora que deixa inalterades les citosines metilades. Aquesta tècnica ofereix una resolució d'una sola base, que permet als investigadors investigar exhaustivament el metiloma i descobrir patrons de metilació anormals associats a diverses condicions, especialment el càncer. Mitjançant l'ús de WGBS, els científics poden obtenir una visió inigualable dels paisatges de metilació de tot el genoma, proporcionant una comprensió matisada dels mecanismes epigenètics que subjauen a diversos processos biològics i malalties.
-
Assaig de cromatina accessible a transposasa amb seqüenciació d'alt rendiment (ATAC-seq)
ATAC-seq és una tècnica de seqüenciació d'alt rendiment que s'utilitza per a l'anàlisi de l'accessibilitat de la cromatina a tot el genoma. El seu ús proporciona una comprensió més profunda dels mecanismes complexos del control epigenètic global sobre l'expressió gènica. El mètode utilitza una transposasa Tn5 hiperactiva per fragmentar i etiquetar simultàniament regions de cromatina obertes mitjançant la inserció d'adaptadors de seqüenciació. L'amplificació posterior de la PCR dóna com a resultat la creació d'una biblioteca de seqüenciació, que permet la identificació completa de regions obertes de cromatina en condicions espai-temps específiques. ATAC-seq proporciona una visió holística dels paisatges de cromatina accessibles, a diferència dels mètodes que se centren únicament en llocs d'unió del factor de transcripció o regions específiques modificades per histones. Mitjançant la seqüenciació d'aquestes regions de cromatina obertes, ATAC-seq revela regions amb més probabilitats de tenir seqüències reguladores actives i llocs potencials d'unió del factor de transcripció, oferint informació valuosa sobre la modulació dinàmica de l'expressió gènica a tot el genoma.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Els gens de l'ARNr 16S i 18S, juntament amb la regió de l'espaiador transcrit intern (ITS), serveixen com a marcadors d'empremtes dactilars moleculars fonamentals a causa de la seva combinació de regions altament conservades i hipervariables, cosa que els converteix en eines inestimables per caracteritzar organismes procariotes i eucariotes. L'amplificació i la seqüenciació d'aquestes regions ofereixen un enfocament lliure d'aïllament per investigar la composició i la diversitat microbianes en diversos ecosistemes. Tot i que la seqüenciació d'Illumina normalment s'adreça a regions hipervariables curtes com V3-V4 de 16S i ITS1, s'ha demostrat que es pot aconseguir una anotació taxonòmica superior seqüenciant la longitud completa de 16S, 18S i ITS. Aquest enfocament integral dóna lloc a percentatges més alts de seqüències classificades amb precisió, aconseguint un nivell de resolució que s'estén a la identificació d'espècies. La plataforma de seqüenciació en temps real de molècula única (SMRT) de PacBio destaca per oferir lectures llargues (HiFi) molt precises que cobreixen els amplicons de longitud completa, rivalitzant amb la precisió de la seqüenciació d'Illumina. Aquesta capacitat permet als investigadors obtenir un avantatge inigualable: una visió panoràmica del paisatge genètic. La cobertura ampliada augmenta significativament la resolució en l'anotació d'espècies, especialment dins de les comunitats bacterianes o fúngiques, permetent una comprensió més profunda de les complexitats de les poblacions microbianes.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
La seqüenciació d'amplicons amb tecnologia Illumina, dirigida específicament als marcadors genètics 16S, 18S i ITS, és un mètode potent per desentranyar la filogènia, la taxonomia i l'abundància d'espècies dins de les comunitats microbianes. Aquest enfocament implica seqüenciar les regions hipervariables dels marcadors genètics de la casa. Originalment introduït com a empremta digital molecular perWoeses et alel 1977, aquesta tècnica ha revolucionat el perfil del microbioma permetent anàlisis sense aïllament. Mitjançant la seqüenciació de 16S (bacteris), 18S (fongs) i l'espaiador transcrit intern (ITS, fongs), els investigadors poden identificar no només espècies abundants, sinó també rares i no identificades. Ampliament adoptada com a eina fonamental, la seqüenciació d'amplicons s'ha convertit en fonamental per discernir composicions microbianes diferencials en diversos entorns, com ara la boca humana, els intestins, les femtes i més enllà.
-
Re-seqüenciació del genoma sencer de bacteris i fongs
Els projectes de reseqüenciació del genoma sencer de bacteris i fongs són fonamentals per avançar en la genòmica microbiana, ja que permeten completar i comparar genomes microbians. Això facilita l'enginyeria de fermentació, l'optimització dels processos industrials i l'exploració de vies del metabolisme secundari. A més, la re-seqüenciació de fongs i bacteris és crucial per entendre l'adaptació ambiental, optimitzar les soques i revelar la dinàmica d'evolució genètica, amb àmplies implicacions en medicina, agricultura i ciències ambientals.
-
PacBio-Seqüenciació d'amplicon 16S/18S/ITS de longitud completa
La plataforma Amplicon (16S/18S/ITS) es desenvolupa amb anys d'experiència en l'anàlisi de projectes de diversitat microbiana, que conté anàlisi bàsica estandarditzada i anàlisi personalitzada: l'anàlisi bàsica cobreix el contingut d'anàlisi principal de la investigació microbiana actual, el contingut de l'anàlisi és ric i complet, i els resultats de l'anàlisi es presenten en forma d'informes de projecte; El contingut de l'anàlisi personalitzada és divers. Es poden seleccionar mostres i els paràmetres es poden establir de manera flexible segons l'informe d'anàlisi bàsic i el propòsit de la investigació, per realitzar requisits personalitzats. Sistema operatiu Windows, senzill i ràpid.
-
PacBio-Full-length Transcriptome (no de referència)
Prenent les dades de seqüenciació d'isoformes de Pacific Biosciences (PacBio) com a entrada, aquesta aplicació és capaç d'identificar seqüències de transcripció de llarga durada (sense muntatge). Mitjançant el mapeig de seqüències de longitud completa contra el genoma de referència, les transcripcions es poden optimitzar mitjançant gens coneguts, transcripcions, regions codificants, etc. En aquest cas, es pot aconseguir una identificació més precisa de les estructures d'ARNm, com ara splicing alternatiu, etc. L'anàlisi conjunta amb les dades de seqüenciació del transcriptoma NGS permet una anotació més completa i una quantificació més precisa de l'expressió a nivell de transcripció, cosa que beneficia en gran mesura l'expressió diferencial i l'anàlisi funcional aigües avall.
-
Seqüenciació de bisulfits de representació reduïda (RRBS)
La seqüenciació de bisulfits de representació reduïda (RRBS) ha sorgit com una alternativa rendible i eficient a la seqüenciació de bisulfits del genoma sencer (WGBS) en la investigació de metilació de l'ADN. Tot i que WGBS proporciona una visió exhaustiva examinant tot el genoma amb una resolució de base única, el seu alt cost pot ser un factor limitant. RRBS mitiga estratègicament aquest repte mitjançant l'anàlisi selectiva d'una part representativa del genoma. Aquesta metodologia es basa en l'enriquiment de regions riques en illes CpG mitjançant la divisió MspI seguida de la selecció de mida de fragments de 200-500/600 bps. En conseqüència, només es seqüencian les regions proximals a les illes CpG, mentre que les que tenen illes CpG llunyanes queden excloses de l'anàlisi. Aquest procés, combinat amb la seqüenciació de bisulfits, permet la detecció d'alta resolució de la metilació de l'ADN, i l'enfocament de seqüenciació, PE150, se centra específicament en els extrems de les insercions en lloc del mig, augmentant l'eficiència del perfil de metilació. El RRBS és una eina inestimable que permet una investigació rendible sobre la metilació de l'ADN i avança el coneixement dels mecanismes epigenètics.
-
Seqüenciació de l'ARN procariota
La seqüenciació d'ARN permet el perfil complet de totes les transcripcions d'ARN dins de les cèl·lules en condicions específiques. Aquesta tecnologia d'avantguarda serveix com una eina potent, revelant perfils d'expressió gènica complexos, estructures gèniques i mecanismes moleculars associats a diversos processos biològics. Ampliament adoptada en la investigació fonamental, el diagnòstic clínic i el desenvolupament de fàrmacs, la seqüenciació d'ARN ofereix informació sobre les complexitats de la dinàmica cel·lular i la regulació genètica. El nostre processament de mostres d'ARN procariota està dissenyat per a transcriptomes procariotes, que implica l'esgotament de l'ARNr i la preparació de la biblioteca direccional.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Seqüenciació del metatranscriptoma
Aprofitant la tecnologia de seqüenciació Illumina, el servei de seqüenciació de metatranscriptoma de BMKGENE revela l'expressió gènica dinàmica d'una gran varietat de microbis, que abasten eucariotes a procariotes i virus, en entorns naturals com el sòl, l'aigua, el mar, les femtes i l'intestí. El nostre servei integral permet als investigadors aprofundir en els perfils complets d'expressió gènica de comunitats microbianes complexes. Més enllà de l'anàlisi taxonòmica, el nostre servei de seqüenciació de metatranscriptoma facilita l'exploració de l'enriquiment funcional, aportant llum sobre els gens expressats de manera diferencial i els seus rols. Descobriu una gran quantitat de coneixements biològics mentre navegueu pels paisatges complexos de l'expressió gènica, la diversitat taxonòmica i la dinàmica funcional dins d'aquests diversos nínxols ambientals.
-
Assemblea de genoma fúngic de novo
BMKGENE ofereix solucions versàtils per als genomes de fongs, atenent a diverses necessitats de recerca i la integritat del genoma desitjada. L'ús de la seqüenciació Illumina de lectura curta només permet la generació d'un esborrany de genoma. Les lectures curtes i la seqüenciació de lectura llarga utilitzant Nanopore o Pacbio es combinen per obtenir un genoma de fongs més refinat amb contigs més llargs. A més, la integració de la seqüenciació Hi-C millora encara més les capacitats, permetent l'assoliment d'un genoma complet a nivell de cromosoma.
