-
Interacció de la cromatina basada en Hi-C
Hi-C és un mètode dissenyat per capturar la configuració genòmica combinant interaccions basades en la proximitat i la seqüenciació d'alt rendiment. El mètode es basa en la reticulació de la cromatina amb formaldehid, seguida de la digestió i la relligada de manera que només els fragments que estan enllaçats de manera covalent formaran productes de lligament. Mitjançant la seqüenciació d'aquests productes de lligadura, és possible estudiar l'organització 3D del genoma. Hi-C permet estudiar la distribució de les parts del genoma que estan lleugerament empaquetades (compartiments A, eucromatina) i amb més probabilitats de ser transcripcionalment actives, i les regions que estan més compactades (compartiments B, heterocromatina). Hi-C també es pot utilitzar per identificar dominis associats topològicament (TAD), regions del genoma que tenen estructures plegades i que és probable que tinguin patrons d'expressió similars, i per identificar bucles de cromatina, regions d'ADN que estan ancorades juntes per proteïnes i que són sovint enriquit en elements reguladors. El servei de seqüenciació Hi-C de BMKGene permet als investigadors explorar les dimensions espacials de la genòmica, obrint noves vies per entendre la regulació del genoma i les seves implicacions en la salut i la malaltia.
-
Seqüenciació d'immunoprecipitació de cromatina (ChIP-seq)
La immunoprecipitació de la cromatina (CHIP) és una tècnica que aprofita els anticossos per enriquir selectivament les proteïnes d'unió a l'ADN i els seus objectius genòmics corresponents. La seva integració amb NGS permet el perfil de tot el genoma de les dianes d'ADN associades a la modificació d'histones, factors de transcripció i altres proteïnes d'unió a l'ADN. Aquest enfocament dinàmic permet comparar els llocs d'unió entre diversos tipus de cèl·lules, teixits o condicions. Les aplicacions de ChIP-Seq abasten des de l'estudi de la regulació transcripcional i les vies de desenvolupament fins a dilucidar els mecanismes de la malaltia, cosa que la converteix en una eina indispensable per entendre els paisatges de regulació genòmica i avançar en les idees terapèutiques.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Seqüenciació de bisulfit del genoma sencer (WGBS)
La seqüenciació de bisulfits del genoma sencer (WGBS) és la metodologia estàndard d'or per a l'exploració en profunditat de la metilació de l'ADN, concretament la cinquena posició de la citosina (5-mC), un regulador fonamental de l'expressió gènica i l'activitat cel·lular. El principi subjacent al WGBS consisteix en el tractament amb bisulfits, que indueix la conversió de citosines no metilades a uracil (C a U), alhora que deixa inalterades les citosines metilades. Aquesta tècnica ofereix una resolució d'una sola base, que permet als investigadors investigar exhaustivament el metiloma i descobrir patrons de metilació anormals associats a diverses condicions, especialment el càncer. Mitjançant l'ús de WGBS, els científics poden obtenir una visió inigualable dels paisatges de metilació de tot el genoma, proporcionant una comprensió matisada dels mecanismes epigenètics que subjauen a diversos processos biològics i malalties.
-
Assaig de cromatina accessible a transposasa amb seqüenciació d'alt rendiment (ATAC-seq)
ATAC-seq és una tècnica de seqüenciació d'alt rendiment que s'utilitza per a l'anàlisi de l'accessibilitat de la cromatina a tot el genoma. El seu ús proporciona una comprensió més profunda dels mecanismes complexos del control epigenètic global sobre l'expressió gènica. El mètode utilitza una transposasa Tn5 hiperactiva per fragmentar i etiquetar simultàniament regions de cromatina obertes mitjançant la inserció d'adaptadors de seqüenciació. L'amplificació posterior de la PCR dóna com a resultat la creació d'una biblioteca de seqüenciació, que permet la identificació completa de regions obertes de cromatina en condicions espai-temps específiques. ATAC-seq proporciona una visió holística dels paisatges de cromatina accessibles, a diferència dels mètodes que se centren únicament en llocs d'unió del factor de transcripció o regions específiques modificades per histones. Mitjançant la seqüenciació d'aquestes regions de cromatina obertes, ATAC-seq revela regions amb més probabilitats de tenir seqüències reguladores actives i llocs potencials d'unió del factor de transcripció, oferint informació valuosa sobre la modulació dinàmica de l'expressió gènica a tot el genoma.
-
Seqüenciació de bisulfits de representació reduïda (RRBS)
La seqüenciació de bisulfits de representació reduïda (RRBS) ha sorgit com una alternativa rendible i eficient a la seqüenciació de bisulfits del genoma sencer (WGBS) en la investigació de metilació de l'ADN. Tot i que WGBS proporciona una visió exhaustiva examinant tot el genoma amb una resolució de base única, el seu alt cost pot ser un factor limitant. RRBS mitiga estratègicament aquest repte mitjançant l'anàlisi selectiva d'una part representativa del genoma. Aquesta metodologia es basa en l'enriquiment de regions riques en illes CpG mitjançant la divisió MspI seguida de la selecció de mida de fragments de 200-500/600 bps. En conseqüència, només es seqüencian les regions proximals a les illes CpG, mentre que les que tenen illes CpG llunyanes queden excloses de l'anàlisi. Aquest procés, combinat amb la seqüenciació de bisulfits, permet la detecció d'alta resolució de la metilació de l'ADN, i l'enfocament de seqüenciació, PE150, se centra específicament en els extrems de les insercions en lloc del mig, augmentant l'eficiència del perfil de metilació. El RRBS és una eina inestimable que permet una investigació rendible sobre la metilació de l'ADN i avança el coneixement dels mecanismes epigenètics.
