Mapa de calor
L’eina HeatMap accepta un fitxer de dades de matriu com a entrada i permet als usuaris filtrar, normalitzar i clúster dades. El cas d’ús primari per a mapes de calor és l’anàlisi de clústers del nivell d’expressió gènica entre diferents mostres.
Anotació del gen
L’eina d’anotació gènica realitza l’anotació de gens basada en l’alineació de seqüències de fitxers FASTA d’entrada contra diverses bases de dades.
Eina bàsica de cerca d'alineació local (BLAST)
L’eina BLAST és una versió integrada BMKCLOUD de NCBI BLAST i es pot utilitzar per realitzar les mateixes funcions mitjançant dades penjades al compte BMKCLOUD.
Predicció cds_utr
L’eina de predicció CDS_UTR està dissenyada per predir les regions de codificació (CD) i les regions no codificants (UTR) en seqüències de transcripció determinades basades en resultats explosius contra bases de dades de proteïnes conegudes i resultats de predicció ORF.
Parcel·la de Manhattan
L’eina de trama de Manhattan permet la visualització d’experiments alts de mostra i s’utilitza habitualment en estudis d’associació a tot el genoma (GWAS).
Diagrama de Circos
L’eina del diagrama de Circos proporciona una visualització eficient de com es distribueix la característica genòmica al genoma. Les característiques comunes inclouen loci quantitatius, SNPs, indels, variants de número estructural i de còpia.
Enriquiment Gene Ontology (GO)
L’eina d’enriquiment GO proporciona una anàlisi funcional d’enriquiment. El programari principal d’aquesta eina és el paquet Topgo-Bioconductor, que inclou l’anàlisi d’expressió diferencial, l’anàlisi d’enriquiment de GO i la visualització dels resultats.
Anàlisi de la xarxa de coexpressió de gens ponderades (WGCNA)
WGCNA és un mètode de mineria de dades àmpliament utilitzat per descobrir mòduls de co-expressió gènica. És aplicable a diversos conjunts de dades d’expressió, incloses les dades d’expressió gènica de microarray i NGS.
Interproscana
L’eina interproscana proporciona una anàlisi i classificació de seqüències de proteïnes interpro.
Go kegg enriquiment
L’eina d’enriquiment GO KEGG és el disseny per generar un histograma d’enriquiment GO, histograma d’enriquiment KEGG i una via d’enriquiment KEGG basada en un conjunt de gens proporcionat i una anotació corresponent.