Seqüenciació del genoma de planta/animal sencer
Característiques del servei
● La preparació de la biblioteca pot ser lliure o lliure de PCR
● Disponible en 4 plataformes de seqüenciació: Illumina novaseq, MGI T7, Nanopore Prometion P48 o Pacbio Revio.
● L'anàlisi bioinformàtica es va centrar en la detecció de variants: SNP, Indel, SV i CNV
Avantatges del servei
●Expertes àmplies i registres de publicacions: L’experiència acumulada en la seqüenciació del genoma per a més de 1000 espècies ha donat lloc a més de 1000 casos publicats amb un factor d’impacte acumulat de més de 5000.
●Anàlisi bioinformàtica completa: Incloent trucades de variació i anotació de funcions.
● Suport post-vendes:El nostre compromís s’estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei posterior a tres mesos. Durant aquest temps, oferim un seguiment del projecte, assistència de resolució de problemes i sessions de Q&A per abordar qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
●Anotació completa: Utilitzem diverses bases de dades per anotar funcionalment els gens amb variacions identificades i realitzar l’anàlisi d’enriquiment corresponent, proporcionant informació sobre diversos projectes de recerca.
Especificacions del servei
| Variants a identificar | Estratègia de seqüenciació | Profunditat recomanada |
| Snp i Indel | Illumina novaseq PE150 o MGI T7 | 10 vegades |
| SV i CNV (menys precisos) | 30x | |
| SV i CNV (més precisos) | Nanopore Prom p48 | 20 x |
| SNPs, Indels, SV i CNV | Pacbio Revio | 10 vegades |
Requisits de la mostra
| Teixit o àcids nucleics extrets | Illumina/MGI | Nanopor | Pacbio
| ||
| Animal Víscera | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Múscul animal | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Sang de mamífers | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Sang/peix de corral/peix | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Plant: fulla fresca | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Cèl·lules cultivades |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Teixit tou d’insectes/individu | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| ADN extret
| Concentració: ≥ 1 ng/ µl Quantitat: ≥ 30 ng Degradació o contaminació limitada o sense
| Concentració Quantitat
OD260/280
OD260/230
Degradació o contaminació limitada o sense
| ≥ 40 ng/ µl 4 µg/cel·la/mostra
1.7-2.2
≥1.5 | Concentració Quantitat
OD260/280
OD260/230
Degradació o contaminació limitada o sense | ≥ 50 ng/ µl 10 µg/cel·la/mostra
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Preparació de la biblioteca lliure de PCR: Concentració 1 40 ng/ µl Quantitat 1 500 ng | |||||
Flux de treball del servei
Lliurament de mostra
Extracció d'ADN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Lliurament de dades
Inclou l’anàlisi següent:
- Control de qualitat de les dades en brut
- Estadístiques d'alineació per fer referència al genoma
- Identificació de variants: SNP, Indel, SV i CNV
- Anotació funcional de variants
Estadístiques d'alineació per fer referència al genoma: distribució de profunditat de seqüenciació
SNP trucant entre diverses mostres
Identificació indel: estadístiques de la longitud indel a la regió CDS i a la regió del genoma
Distribució variant a través del Genoma - Circos Plot
Anotació funcional de gens amb variants identificades - Ontologia del gen
Chai, Q. et al. (2023) "Un glutatió s -transferasa GHTT19 determina la pigmentació de pètals florals mitjançant la regulació de l'acumulació de l'antocianina en cotó", Plant Biotechnology Journal, 21 (2), pàg. 433. Doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) "El genoma de Hevea Brasiliensis a nivell de cromosoma proporciona noves eines per a la cria assistida genòmica i els loci valuosos per elevar el rendiment de goma", Plant Biotechnology Journal, 21 (5), pp. 1058–1072. doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. (2021) "El genoma de l'ostra estuarina proporciona informació sobre l'impacte climàtic i la plasticitat adaptativa", Comunicacions Biologia 2021 4: 1, 4 (1), pp. 1-12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) "L'anàlisi dels canvis del genoma i la metilació en els pollastres indígenes xinesos al llarg del temps proporciona una visió detallada de la conservació de les espècies", Biologia de les comunicacions, 5 (1), pàg. 1-12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
