Seqüenciació del genoma de plantes/animals de nou
De NovoLa seqüenciació es refereix a la construcció d’un genoma sencer d’una espècie mitjançant tecnologies de seqüenciació en absència d’un genoma de referència. La introducció i l’adopció generalitzada de la seqüenciació de tercera generació, amb lectures més llargues, han millorat significativament el muntatge del genoma augmentant el solapament entre les lectures. Aquesta millora és particularment pertinent quan es tracta de genomes desafiants, com els que presenten una alta heterozigositat, una elevada proporció de regions repetitives, poliploides i regions amb elements repetitius, continguts de GC anormals o una alta complexitat que normalment estan mal muntades amb seqüenciació de lectura curta sol.
La nostra solució única proporciona serveis de seqüenciació integrats i anàlisis bioinformàtics que proporcionen un genoma muntat de nou de qualitat de nou. Una enquesta inicial del genoma amb Illumina proporciona estimacions de la mida i la complexitat del genoma, i aquesta informació s'utilitza per guiar el següent pas de seqüenciació de lectura llarga amb Pacbio Hifi, seguit deDe Novomuntatge de contigs. L’ús posterior del conjunt HIC permet l’ancoratge dels contigus al genoma, obtenint un conjunt a nivell de cromosoma. Finalment, el genoma s’anota per la predicció de gens i per la seqüenciació de gens expressats, recorrent a transcriptomes amb lectures curtes i llargues.
Característiques del servei
● Integració de diversos serveis de seqüenciació i bioinformat en una solució única:
Enquesta del genoma amb Illumina per estimar la mida del genoma i guiar els passos posteriors;
Seqüenciació de lectura llarga per aDe Novomuntatge de contigs;
Seqüenciació HI-C per a l’ancoratge del cromosoma;
Seqüenciació de mRNA per a l’anotació de gens;
Validació de l’assemblea.
● Servei adequat per a la construcció de genomes nous o la millora dels genomes de referència existents per a espècies d'interès.
Avantatges del servei
Desenvolupament de plataformes de seqüenciació i bioinformàtica aDe NovoAssemblea del genoma
(Amarasinghe Sl et al.,Biologia del genoma, 2020)
●Expertesa i rècord de publicacions: BMKGENE ha acumulat una experiència massiva en un muntatge de genoma d'alta qualitat d'espècies diverses, incloent genomes diploides i genomes altament complexos d'espècies poliploides i al·lopolisploides. Des del 2018, hem contribuït a sobrepassar300 publicacions d’impacte d’impacte i 20+ d’elles es publiquen a Nature Genetics.
● Solució única: El nostre enfocament integrat combina diverses tecnologies de seqüenciació i anàlisis bioinformàtiques en un flux de treball cohesionat, proporcionant un genoma muntat de gran qualitat.
●Adaptat a les vostres necessitats: El nostre flux de treball de servei és personalitzable, permetent l'adaptació per a genomes amb funcions diverses i necessitats específiques de recerca. Això inclou acomodar genomes gegants, genomes poliploides, genomes altament heterozigots i molt més.
●Bioinformàtica i equip de laboratori altament qualificats: Amb una gran experiència tant en el front experimental com en la bioinformàtica dels conjunts complexos del genoma i una sèrie de patents i drets d'autor de programari.
●Suport post-vendes:El nostre compromís s’estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei posterior a tres mesos. Durant aquest temps, oferim un seguiment del projecte, assistència de resolució de problemes i sessions de Q&A per abordar qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
Especificacions del servei
| Enquesta del genoma | Assemblea del genoma | Nivell de cromosoma | Anotació del genoma |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x Pacbio CCS Hifi llegeix | 100x hi-c | RNA-seq Illumina PE150 10 GB + (Opcional) RNA-seq de longitud completa Pacbio 40 GB o Nanopor 12 GB |
Requisits del servei
Per a l'enquesta del genoma, l'assemblea del genoma i l'assemblea HI-C:
| Teixit o àcids nucleics extrets | Enquesta del genoma | Assemblea del genoma amb Pacbio | HI-C ASSEMBLEA |
| Animal Víscera | 0,5-1 g
| ≥ 3,5 g | ≥2 g |
| Múscul animal | ≥ 5 g | ||
| Sang de mamífers | 1,5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Sang/peix de corral/peix | ≥ 0,5 ml | ||
| Plant: fulla fresca | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Cèl·lules cultivades |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Insecte | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| ADN extret | Concentració: ≥1 ng/ µl Quantitat ≥ 30 ng Degradació o contaminació limitada o sense | Concentració: ≥ 50 ng/ µl Import: 10 µg/cel·la/mostra OD260/280 = 1,7-2.2 OD260/230 = 1,8-2,5 Degradació o contaminació limitada o sense |
-
|
Per a l’anotació del genoma amb transcriptòmica:
| Teixit o àcids nucleics extrets | Transcriptoma Illumina | Transcriptoma de Pacbio | Transcriptoma de nanopor |
| Planta-arrel/tija/pètal | 450 mg | 600 mg | |
| Planta - Fulla/llavor | 300 mg | 300 mg | |
| Planta - Fruita | 1,2 g | 1,2 g | |
| Cor/Intestí animal | 300 mg | 300 mg | |
| Víscera/cervell animal | 240 mg | 240 mg | |
| Múscul animal | 450 mg | 450 mg | |
| Ossos dels animals/pèl/pell | 1 g | 1 g | |
| Artròpode - insecte | 6 | 6 | |
| Artropod -rustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Sang sencera | 1 tub | 1 tub | |
| ARN extret | Concentració: ≥ 20 ng/ µl Quantitat ≥ 0,3 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 RIN≥ 6 5≥28s/18s≥1 | Concentració: ≥ 100 ng/ µl Quantitat ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 RIN≥ 8 5≥28s/18s≥1 | Concentració: ≥ 100 ng/ µl Quantitat ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 RIN≥ 7,5 5≥28s/18s≥1 |
Lliurament de mostres recomanat
Contenidor: Tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana la làmina de llauna)
(Per a la majoria de les mostres, recomanem no preservar en etanol.)
Etiquetatge de mostres: les mostres han de ser marcades clarament i idèntiques al formulari d'informació de la mostra enviat.
Enviament: gel sec: les mostres han de ser envasades en bosses primer i enterrades en gel sec.
Flors
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de mostra
Extracció d'ADN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Anàlisi bioinformàtica completa, separada en 4 passos:
1) Enquesta del genoma, basada en l'anàlisi K-Mer amb NGS diu:
Estimació de la mida del genoma
Estimació de l’heterozigositat
Estimació de les regions repetitives
2) Assemblea del genoma amb Pacbio Hifi:
De Novoreunió
Avaluació del muntatge: incloent l'anàlisi de Busco per a la seva integritat del genoma i mapeig de les lectures de NGS i Pacbio Hifi
3) Assemblea HI-C:
Biblioteca HI-C QC: Estimació de les interaccions HI-C vàlides
Assemblea HI-C: agrupació de contigs en grups, seguit de la comanda de contig
Avaluació HI-C
4) Anotació del genoma:
Predicció de l'ARN no codificant
Identificació de seqüències repetitives (transposons i repeticions de tàndem)
Predicció de gens
§De Novo: AB Initio Algoritmes
§ Basat en l’homologia
§ Basat en el transcriptoma, amb lectures llargues i curtes: les lectures sónDe Novomuntat o mapejat al genoma del projecte
§ Anotació de gens previstos amb diverses bases de dades
1) Enquesta del genoma: anàlisi
2) Assemblea del genoma
2) Assemblea del genoma - Pacbio hifi llegeix el mapeig al muntatge de l'esborrany
2) Assemblea HI-C-Estimació de parells d'interacció vàlids hi-c
3) Avaluació de post-assemblea HI-C
4) Anotació del genoma: integració de gens previstos
4) Anotació del genoma: anotació de gens previstos
Exploreu els avenços facilitats pels serveis de Genoma de Genoma de nou de BMKGENE mitjançant una col·lecció curada de publicacions:
Li, C. et al. (2021) "Les seqüències del genoma revelen rutes de dispersió globals i suggereixen adaptacions genètiques convergents en l'evolució de Seahorse", Nature Communications, 12 (1). doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. (2023) Els canvis cromosòmics a gran escala condueixen a alteracions de l'expressió a nivell del genoma, l'adaptació ambiental i l'especiació en el gai (BOS frontalis) ", la biologia molecular i l'evolució, 40 (1). doi: 10.1093/molbev/msad006.
Tian, T. et al. (2023) "Assemblea del genoma i dissecció genètica d'un gran germoplasma de blat de moro resistent a la sequera", Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) "Reveal Evolution of Tropane Biosíntesi alcaloide analitzant dos genomes de la família Solanaceae", Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), pp. 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Estudis de casos desafiants:
Assemblea de telòmer a telòmer:Fu, A. et al. (2023) "Assemblea del genoma de telòmer a telòmer de meló amarg (Momordica Charantia L. Var. Abreviata Ser.) Reveals de desenvolupament de fruites, composició i de maduració de característiques genètiques", Horticulture Research, 10 (1). doi: 10.1093/h/uhac228.
Assemblea de haplotip:Hu, W. et al. (2021) "El genoma definit per al·lel revela la diferenciació biallèlica durant l'evolució de la iuca", Planta molecular, 14 (6), pp. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Assemblea del genoma gegant:Yuan, J. et al. (2022) "Bases genòmiques dels cromosomes giga i el genoma de giga de l'arbre peony paeonia ostii", Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), pp. 1-16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Assemblea del genoma poliploide:Zhang, Q. et al. (2022) "Informació genòmica sobre la recent reducció del cromosoma de la canya de sucre autopoliploide Saccharum spontaneum", Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), pp. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
