Transcriptoma de longitud completa de Pacbio

Seqüenciació de transcriptomes de longitud completa de Pacbio, ISOSEQ, permet identificar precisos de les isoformes de transcripció, disminuir la llum sobre poliadenilació i splicing alternatius i conduint a una anàlisi més precisa d’expressió gènica. El pipeline de transcriptoma de longitud completa BMKCLOUD PACBIO està dissenyat per analitzar les biblioteques d'ADNc seqüenciades en mode de seqüenciació de consens circular (CCS) i identifica seqüències no quimèriques (FLNC) de longitud completa, que després es agrupen en transcripcions no redundants. Una posterior anàlisi BUSCO avalua la integritat del conjunt del transcriptoma. A partir del transcriptoma muntat, es realitzen múltiples anàlisis: splicing alternatiu, repetició de seqüència simple (SSR), predicció de lncRNA i gens diana corresponents, predicció de gens nous, anàlisi de la família de gens, anàlisi del factor de transcripció i anotació funcional de transcripcions.