Solució d'ARNm de longitud completa PacBio 2+3
Característiques
● Disseny de l'estudi:
Mostra agrupada seqüenciada amb PacBio per identificar isoformes de transcripció
Seqüenciació de mostres separades (replicats i condicions a provar).NGS per quantificar l'expressió de la transcripció
● Seqüenciació PacBio en mode CCS, generant lectures HiFi
● Seqüenciació de les transcripcions integrals
● L'anàlisi no requereix un genoma de referència; tanmateix, es pot emprar
● L'anàlisi bioinformàtica inclou no només l'expressió a nivell de gens i isoformes, sinó també l'anàlisi de lncRNA, fusions de gens, poliadenilació i estructura gènica.
Avantatges
● Alta precisió: HiFi llegeix amb una precisió >99,9% (Q30), comparable a NGS
● Anàlisi d'empalmament alternatiu: la seqüenciació de totes les transcripcions permet la identificació i caracterització d'isoformes.
● Combinació de PacBio i NGS Strengths: permet la quantificació de l'expressió a nivell d'isoforma, revelant el canvi que es pot emmascarar quan s'analitza tota l'expressió gènica
● Àmplia experiència: amb un historial de completar més de 1100 projectes de transcriptoma complet de PacBio i processar més de 2300 mostres, el nostre equip aporta una gran experiència a cada projecte.
● Suport postvenda: el nostre compromís s'estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei postvenda de 3 mesos. Durant aquest temps, oferim seguiment del projecte, assistència per a la resolució de problemes i sessions de preguntes i respostes per resoldre qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
Requisits de mostra i lliurament
| Biblioteca | Estratègia de seqüenciació | Dades recomanades | Control de qualitat |
| Biblioteca CCS d'ARNm enriquida amb PolyA | PacBio Seqüela II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A enriquit | Il·lumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nucleòtids
|
| Conc. (ng/μl) | Quantitat (μg) | Puresa | Integritat |
| Biblioteca Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Es mostra al gel una contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN. | Per a plantes: RIN≥4,0; Per a animals: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevació de referència limitada o nul·la |
| Biblioteca PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Es mostra al gel una contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN. | Plantes: RIN≥7,5 Animals: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; elevació de referència limitada o nul·la |
Lliurament de mostres recomanat
Envàs: tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana paper d'alumini)
Etiquetatge de la mostra: grup+rèplica, p. ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Enviament:
1. Gel sec:Les mostres s'han d'envasar en bosses i enterrar-les en gel sec.
2. Tubs RNAstable: les mostres d'ARN es poden assecar en un tub d'estabilització d'ARN (per exemple, RNAstable®) i enviar-se a temperatura ambient.
Inclou l'anàlisi següent:
Control de qualitat de dades en brut
Anàlisi de poliadenilació alternativa (APA)
Anàlisi de transcripcions de fusió
Anàlisi d'empalmament alternatiu
Anàlisi de Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
Anàlisi de transcripcions novedoses: predicció de seqüències codificants (CDS) i anotació funcional
Anàlisi de lncRNA: predicció de lncRNA i objectius
Identificació microsatèl·lit (SSR)
Anàlisi de transcripcions expressades de manera diferenciada (DET).
Anàlisi de gens expressats de manera diferencial (DEG).
Anotació funcional de DEG i DET
Anàlisi BUSCO
Anàlisi d'empalmament alternatiu
Anàlisi de poliadenilació alternativa (APA)
Gens expressats de manera diferencial (DEG) i transcripcions (anàlisi DETs9
Xarxes d'interacció proteïna-proteïna de DET i DEG
Exploreu els avenços facilitats per la seqüenciació d'ARNm de llarga durada PacBio 2+3 de BMKGene mitjançant una col·lecció de publicacions curada.
Chao, Q. et al. (2019) 'The developmental dynamics of the Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pàgs. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) "Canvis dinàmics en el contingut d'àcid ascòrbic durant el desenvolupament i la maduració de la fruita d'Actinidia latifolia (un cultiu de fruites rics en ascorbat) i els mecanismes moleculars associats", International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), pàg. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) "Predicció efectiva dels gens de la via biosintètica implicats en polifil·lines bioactives a Paris polyphylla", Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pàgs. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) "Anàlisi combinada de PacBio Iso-Seq i Illumina RNA-Seq del transcriptoma de Tuta absoluta (Meyrick) i dels gens del citocrom P450", Insectes, 14(4), pàg. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) "Una enquesta de la complexitat del transcriptoma mitjançant l'anàlisi en temps real d'una molècula única de PacBio combinada amb la seqüenciació d'ARN d'Illumina per a una millor comprensió de la biosíntesi de l'àcid ricinoleic a Ricinus communis", BMC Genomics, 20(1), pàgs. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
