Seqüenciació de mRNA basada en no referència-NG
Funcions
● Captura d'ARNm poli abans de la preparació de la biblioteca
● Independentment de qualsevol genoma de referència: basat en el conjunt de transcripcions de nou, generant una llista d'unigenes que s'anoten amb diverses bases de dades (NR, Swiss-Prot, COG, Kog, Eggnog, PFAM, GO, KEGG)
● Anàlisi bioinformàtica completa de l'expressió gènica i l'estructura de transcripcions
Avantatges del servei
●Àmplia experiència: Amb un historial de processament de més de 600.000 mostres a BMKGENE, que abasta diversos tipus de mostres com ara cultius cel·lulars, teixits i líquids corporals, el nostre equip aporta una gran experiència a tots els projectes. Hem tancat amb èxit més de 100.000 projectes de mRNA-seq en diversos dominis de recerca.
●Control de qualitat rigorós: Implementa punts de control bàsics a totes les etapes, des de la preparació de mostres i biblioteques fins a la seqüenciació i la bioinformàtica. Aquest seguiment minuciós garanteix el lliurament de resultats constantment de gran qualitat.
● Anotació completa: Utilitzem diverses bases de dades per anotar funcionalment els gens expressats de manera diferent (DEG) i realitzar l’anàlisi d’enriquiment corresponent, proporcionant informació sobre els processos cel·lulars i moleculars subjacents a la resposta del transcriptoma.
●Suport post-vendes: El nostre compromís s’estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei posterior a tres mesos. Durant aquest temps, oferim un seguiment del projecte, assistència de resolució de problemes i sessions de Q&A per abordar qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
Requisits de mostra i lliurament
| Biblioteca | Estratègia de seqüenciació | Dades recomanades | Control de qualitat |
| Poli un enriquit | Illumina PE150 Dnbseq-t7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Requisits de mostra:
Nucleòtids:
| Conc. (NG/μL) | Quantitat (μg) | Puresa | Integritat |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN que es mostra al gel. | Per a plantes: RIN≥4,0; Per als animals: RIN≥4,5; 5.0≥28s/18S≥1.0; elevació de base limitada o sense base |
● Plantes:
Arrel, tija o pètal: 450 mg
Fulla o llavor: 300 mg
Fruita: 1,2 g
● Animal:
Cor o intestí: 300 mg
Vísceres o cervells: 240 mg
Múscul: 450 mg
Ossos, cabells o pell: 1g
● Artròpodes:
Insectes: 6G
Crustacea: 300 mg
● Sang sencera: 1 tub
● Cel·les: 106 cèl·lules
Lliurament de mostres recomanat
Contenidor: Tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana la làmina de llauna)
Etiquetatge de mostres: grup+replica per exemple A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Enviament:
1. Gole sec: cal que les mostres siguin envasades en bosses i enterrades en gel sec.
2. Tubs rnastables: les mostres d’ARN es poden assecar en tub d’estabilització d’ARN (per exemple, RNastable®) i enviades a temperatura ambient.
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de mostra
Extracció d’ARN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Bioinformàtica
Muntatge del transcriptoma i selecció Unigene
Annotació Unigene
Correlació i avaluació de mostres de rèpliques biològiques
Gens expressats de manera diferent (DEG)
Anotació funcional de DEG
Enriquiment funcional de DEG
Exploreu els avenços facilitats pels serveis de seqüenciació de mRNA de NGS NGS de BMKGENE mitjançant una col·lecció de publicacions curat.
Shen, F. et al. (2020) 'De nou Conjunt de transcriptoma i expressió gènica biaixada per sexe a les gònades del peix de gat amur (Silurus asotus)', Genomics, 112 (3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) "Anàlisi del transcriptoma del metabolisme de la sacarosa durant la inflor i el desenvolupament de la bombeta a la ceba (Allium Cepa L.)", Frontiers in Plant Science, 7 (setembre), pàg. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/bibtex.
Zhu, C. et al. (2017) 'De Novo Assemblea, Caracterització i Anotació del transcriptoma de Sarcocheilichthys sinensis', plos un, 12 (2). doi: 10.1371/journal.pone.0171966.
Zou, L. et al. (2021) "L'anàlisi del transcriptoma de nou proporciona informació sobre la tolerància a la sal de Podocarpus macrophyllus sota estrès de salinitat", BMC Plant Biology, 21 (1), pàg. 1-17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/Figures/9.
