ARNm-seq (NGS) amb genoma de referència
L'ARN-seq és una eina estàndard en les ciències de la vida i dels cultius, superant la bretxa entre els genomes i els proteomes. La seva força rau a descobrir noves transcripcions i quantificar-ne l'expressió en un sol assaig. S'utilitza àmpliament per a estudis transcriptòmics comparatius, aportant llum sobre gens relacionats amb diversos trets o fenotips, com ara comparar mutants amb tipus salvatges o revelar l'expressió gènica en condicions específiques. L'APP BMKCloud mRNA (Reference) integra la quantificació d'expressió, l'anàlisi d'expressió diferencial (DEG) i les anàlisis de l'estructura de la seqüència al pipeline de bioinformàtica mRNA-seq (NGS) i amalgama els punts forts d'un programari similar, assegurant la comoditat i la facilitat d'ús. Els usuaris poden carregar les seves dades d'ARN-seq al núvol, on l'aplicació ofereix una solució integral d'anàlisi bioinformàtica. A més, prioritza l'experiència del client, oferint operacions personalitzades adaptades a les necessitats específiques dels usuaris. Els usuaris poden establir paràmetres i enviar la missió de pipeline per ells mateixos, comprovar l'informe interactiu, visualitzar dades/diagrames i completar la mineria de dades, com ara: selecció de gens objectiu, agrupació funcional, diagrames, etc.
Plataforma:Illumina, MGI
Estratègia:RNA-Seq
Disseny: Dades emparellades i netes.
Tipus de biblioteca:fr-unstranded, fr-firststrand o fr-secondstrand
Longitud de lectura:150 pb
Tipus de fitxer:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz o *.fq.gz. El sistema ho faràemparellar automàticament els fitxers .fastq segons els seus noms de fitxer,p. ex. *_1.fastq emparellat amb *._2.fastq.
Nombre de mostres:No hi ha restriccions en el nombrede mostres, però el temps d'anàlisi augmentarà a mesura que el nombre deles mostres creixen.
Quantitat de dades recomanada:6G per mostra