Genoma

Muntatge a escala de cromosomes i anàlisi del genoma de cultiu de biomassa miscanthus lutarioriparius
Seqüenciació de nanopor | Illumina | Hola-C | RNA-seqüenciació | Filogenia
En aquest estudi, les tecnologies de biomarcadors van proporcionar suport tècnic en la seqüenciació de nanopors, el muntatge de genoma de nou, el muntatge assistit HI-C, etc.
Abstracte
Miscanthus, una planta perenne rizomatosa, té un gran potencial per a la producció de bioenergia per la seva alta biomassa i tolerància a l'estrès. Informem d’un conjunt d’escala de cromosomes deMiscanthus lutarioripariusGenoma combinant la seqüenciació de nanopors d'Oxford i les tecnologies HI-C. El conjunt de 2,07 GB cobreix el 96,64% del genoma, amb contig N50 de 1,71 MB. Les seqüències de centròmers i telòmers es reuneixen per als 19 cromosomes i el cromosoma 10, respectivament. L’origen allotetraploide del M. lutarioriparius es confifa mitjançant repeticions de satèl·lit centromèrics. Es demostra clarament l'estructura del genoma tetraploide i diversos reordenaments cromosòmics en relació amb el sorgo. Gens duplicats en tàndem deM. lutarioripariuss’enriqueixen funcionals no només en termes relacionats amb la resposta a l’estrès, sinó la biosíntesi de la paret cel·lular. Les famílies gèniques relacionades amb la resistència a les malalties, la biosíntesi de la paret cel·lular i el transport d’ions metàl·lics s’amplien i evolucionen molt. L’expansió d’aquestes famílies pot ser una base genòmica important per a la millora de trets notables deM. Lutarioriparius.
Estadístiques clau del muntatge del genoma


Figura. Visió general de l'Assemblea del genoma de M. lutarioriparius
Notícies i punts destacats Té com a objectiu compartir els últims casos d’èxit amb les tecnologies de biomarcadors, captar nous èxits científics i tècniques destacades aplicades durant l’estudi.
Posada Posada: 05-2022 de gener