Les isoformes alternatives complexes i variables en els organismes són mecanismes genètics importants per regular l'expressió gènica i la diversitat de proteïnes. La identificació precisa de les estructures de transcripció és la base per a l'estudi en profunditat dels patrons de regulació de l'expressió gènica. La plataforma de seqüenciació Nanopore ha portat amb èxit l'estudi transcriptòmic a nivell d'isoforme. Aquesta plataforma d'anàlisi està dissenyada per analitzar les dades d'ARN-Seq generades a la plataforma Nanopore a partir del genoma de referència, que aconsegueix anàlisis qualitatives i quantitatives tant a nivell de gens com de transcripcions.