Transcriptoma de longitud completa de nanopor

La seqüenciació del transcriptoma de nanopor és un mètode potent per seqüenciar ADNc de longitud completa, identificar i quantificar amb precisió les isoformes de transcripció. El canalització de transcriptoma de longitud completa de BMKCLOUD Nanopor està dissenyat per analitzar les dades RNA-Seq generades a la plataforma nanopor contra un genoma de referència ben anotat de gran qualitat, proporcionant anàlisis qualitatives i quantitatives tant al nivell del gen com a la transcripció. Després del control de qualitat, s’obtenen seqüències no quimèriques (FLNC) de longitud completa i es mapen les seqüències de consens al genoma de referència per eliminar les transcripcions redundants. A partir d’aquest conjunt de transcripcions, l’expressió es quantifica i s’expressen de manera diferent els gens i les transcripcions s’identifiquen i s’anoten funcionalment. El pipeline també inclou l’anàlisi alternativa de poliadenilació (APA), anàlisi de splicing alternatiu, anàlisi de repetició de seqüències simples (SSR), predicció de lncRNA i objectius corresponents, predicció de seqüències de codificació (CDS), anàlisi de la família de gens, anàlisi del factor de transcripció, predicció de nous gens i anotació funcional de transcripcions.