ARNm-seq (NGS) - De nou
La seqüenciació d'ARNm permet perfilar totes les transcripcions d'ARNm a les cèl·lules en condicions específiques i és una tecnologia àmpliament utilitzada en diverses àrees de recerca. El pipeline BMKCloud De novo mRNA-seq està dissenyat per analitzar biblioteques de seqüenciació enriquides amb poli-A quan no hi ha cap genoma de referència disponible. El pipeline comença amb el control de qualitat, seguit dede noumuntatge de transcripció i selecció de conjunts unigene. L'anàlisi de l'estructura unigène prediu la seqüència de codificació (CDS) i les repeticions de seqüència simple (SSR). Posteriorment, l'anàlisi de l'expressió diferencial troba gens expressats de manera diferencial (DEG) entre les condicions provades, seguits de l'anotació funcional i l'enriquiment de DEG per extreure coneixements biològics.
Bioinformàtica
