Seqüenciació llarga no codificant-Illumina
Avantatges del servei
●Anàlisi conjunta d'ARNm i lncRNA: combinant la quantificació de transcripcions d'ARNm amb l'estudi de lncRNA i els seus objectius, és possible obtenir una visió general detallada del mecanisme regulador subjacent a la resposta cel·lular.
●Àmplia experiència: El nostre equip aporta una gran experiència a cada projecte, amb un historial de processament de més de 23.000 mostres a BMK que abasten diversos tipus de mostres i projectes lncRNA.
●Control de qualitat rigorós: Implementem punts de control bàsics en totes les etapes, des de la preparació de mostres i biblioteques fins a la seqüenciació i la bioinformàtica. Aquest control minuciós garanteix el lliurament de resultats d'alta qualitat constant.
●Suport postvenda: El nostre compromís s'estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei postvenda de 3 mesos. Durant aquest temps, oferim seguiment del projecte, assistència per a la resolució de problemes i sessions de preguntes i respostes per resoldre qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
Requisits de mostra i lliurament
| Biblioteca | Plataforma | Dades recomanades | QC de dades |
| Biblioteca direccional esgotada d'ARNr | Il·lumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Nucleòtids:
| Conc. (ng/μl) | Quantitat (μg) | Puresa | Integritat |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Es mostra al gel una contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevació de la línia de base limitada o nul·la |
● Plantes:
Arrel, tija o pètal: 450 mg
Fulla o llavor: 300 mg
Fruita: 1,2 g
● Animal:
Cor o intestí: 450 mg
Vísceres o cervell: 240 mg
Múscul: 600 mg
Ossos, cabell o pell: 1,5 g
● Artròpodes:
Insectes: 9g
Crustacis: 450 mg
● Sang sencera:2 tubs
● Cèl·lules: 106 cèl·lules
● Sèrum i Plasma: 6 ml
Lliurament de mostres recomanat
Envàs: tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana paper d'alumini)
Etiquetatge de la mostra: grup+rèplica, p. ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Enviament:
1. Gel sec: les mostres s'han d'envasar en bosses i enterrar-les en gel sec.
2. Tubs RNAstable: les mostres d'ARN es poden assecar en un tub d'estabilització d'ARN (per exemple, RNAstable®) i enviar-se a temperatura ambient.
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de la mostra
Extracció d'ARN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Bioinformàtica
Anàlisi de l'expressió gènica diferencial (DEG).
Quantificació de l'expressió de lncRNA – agrupació
Enriquiment dels gens diana de lncRNA
Anàlisi conjunta de la posició de l'ARNm i l'lncRNA: diagrama de Circos (el cercle mitjà és l'ARNm i el circle intern és l'ARNnc)
Exploreu els avenços facilitats pels serveis d'eqüenciació de lncRNA de BMKGene mitjançant una col·lecció de publicacions curada.
Ji, H. et al. (2020) "Identificació, predicció funcional i verificació clau de lncRNA de lncRNAs relacionats amb l'estrès fred al fetge de rates", Informes científics 2020 10: 1, 10 (1), pàgs. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) "L'anàlisi transcriptòmica integrada revela el mecanisme immune per a una soca de carpa comuna resistent a CyHV-3", Frontiers in Immunology, 12, pàg. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) "Priorització basada en la integració multiòmica de xarxes de regulació d'ARN endògens en competència en càncer de pulmó de cèl·lules petites: característiques moleculars i candidats a fàrmacs", Frontiers in Oncology, 12, pàg. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) "Dissecció genètica de la xarxa de coexpressió gènica subjacent a la fotosíntesi a Populus", Plant Biotechnology Journal, 18 (4), pàgs. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) "Una xarxa reguladora global per a l'expressió gènica desregulada i la senyalització metabòlica anormal en cèl·lules immunitàries en el microentorn de la malaltia de Graves i la tiroïditis de Hashimoto", Frontiers in Immunology, 13, pàg. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
