lncrna

Els ARN no codificats llargs (LNCRNA) són ARN de més de 200 nucleòtids amb un baix potencial de codificació però amb funcions reguladores crítiques. El pipeline de LNCRNA BMKCLOUD està dissenyat per analitzar les biblioteques esgotades per rRNA amb un genoma de referència ben anotat de gran qualitat, analitzant junts l'expressió de lncrna i mRNA. Després de la retallada i el control de qualitat de la lectura, les lectures s’alineen al genoma de referència per muntar transcripcions, i l’anàlisi de l’estructura gènica posterior revela un splicing alternatiu i nous gens. Les transcripcions s’identifiquen com a ARNm o LNCRNAs, i l’anàlisi d’expressió diferencial identifica els LNCRNAs expressats de manera diferent, els seus objectius i els gens expressats de manera diferent (DEG). Tant els DEG com els objectius de LNCRNA expressats de manera diferent s’anoten funcionalment per trobar categories funcionals enriquides.