● Dos panells exomes disponibles en funció de l'enriquiment de l'objectiu amb les sondes: Segur que seleccioneu Human All Exon V6 (Agilent) i XGen Exome Hybridization Panel V2 (IDT).
● Seqüenciació a Illumina Novaseq.
● Pipeline bioinformàtic dirigit a l’anàlisi de malalties o a l’anàlisi del tumor.
●Té com a objectiu la regió de codificació de proteïnes: En capturar i seqüenciar les regions de codificació de proteïnes, HWES s'utilitza per revelar variants relacionades amb l'estructura de proteïnes.
●Rendible:HWES produeix aproximadament el 85% de les mutacions associades a la malaltia humana de l’1% del genoma humà.
●Alta precisió: Amb una alta profunditat de seqüenciació, HWES facilita la detecció de variants comunes i variants rares amb freqüències inferiors a l’1%.
●Control de qualitat rigorós: Implemen cinc punts de control bàsics en totes les etapes, des de la preparació de mostres i biblioteques fins a la seqüenciació i la bioinformàtica. Aquest seguiment minuciós garanteix el lliurament de resultats constantment de gran qualitat.
●Anàlisi bioinformàtica completa: El nostre pipeline va més enllà de la identificació de variacions al genoma de referència, ja que incorpora anàlisis avançades dissenyades per abordar específicament qüestions de recerca relacionades amb aspectes genètics de malalties o anàlisi del tumor.
●Suport post-vendes:El nostre compromís s’estén més enllà de la finalització del projecte amb un període de servei posterior a tres mesos. Durant aquest temps, oferim un seguiment del projecte, assistència de resolució de problemes i sessions de Q&A per abordar qualsevol consulta relacionada amb els resultats.
Estratègia de captura exon | Estratègia de seqüenciació | Sortida de dades recomanada |
Segur que seleccioneu Human All Exon V6 (Agilent) o Xgen Exoma Panel V2 (IDT)
| Illumina novaseq PE150 | 5 -10 GB Per a trastorns mendelians/malalties rares:> 50x Per a mostres de tumors: ≥ 100x |
Tipus de mostra
| Quantitat(Qubit®)
| Concentració | Volum
| Puresa (nanodrop ™) |
ADN genòmic
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 µl | OD260/280 = 1,8-2.0 Sense degradació, sense contaminació
|
L’anàlisi bioinformàtica de mostres de malaltia HWES inclou:
● Seqüenciació de dades QC
● Alineació del genoma de referència
● Identificació de SNP i indels
● Anotació funcional de SNP i indels
L’anàlisi bioinformàtica de mostres de tumors inclou:
● Seqüenciació de dades QC
● Alineació del genoma de referència
● Identificació de SNP, indels i variacions somàtiques
● Identificació de variants de línia germinal
● Anàlisi de signatures de mutació
● Identificació de gens d'accionament basats en mutacions de guany de funció
● Anotació de mutació a nivell de susceptibilitat al fàrmac
● Anàlisi d’heterogeneïtat: càlcul de puresa i ploidy
Dades QC: estadístiques de captura de l'exoma
Identificació de variants: indels
Anàlisi avançada: identificació i distribució de SNPs/indels perjudicials - trama Circos
Anàlisi del tumor: Identificació i distribució de mutacions somàtiques: trama de circos
Anàlisi del tumor: llinatges clonals